PDB-7nr2: The structure of the SBP TarP_Sse in complex with coumarate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nr2

タイトル

The structure of the SBP TarP_Sse in complex with coumarate

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / TRAP transporter / solute binding protein / hydroxycinnamate

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / periplasmic space / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

機能・相同性情報

生物種

Sagittula stellata E-37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2021年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nr2.cif.gz	490 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nr2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nr2_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nr2_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7nr2_validation.xml.gz	49.4 KB	表示
CIF形式データ	7nr2_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nqgC 7nraC 7nrrC 7nswC 7ntdC 7nteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4pgn-1 7nr2-2 2ijo-d 7nra-2 7nr2-3 3vjd-d 3b2z-5 4f8c-2 6n4l-d 4ehz-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

BBB: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

CCC: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

EEE: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

152 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

CCC: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

EEE: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.840, 88.080, 96.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.280, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 37549.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: SeMet derivative. C-terminal linker and 6xHIS tag, not visible in structure. 由来: (組換発現) Sagittula stellata E-37 (バクテリア) 遺伝子: SSE37_24379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3K0X1
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HC4 / 4'-HYDROXYCINNAMIC ACID / PARA-COUMARIC ACID / 4-ヒドロキシけい皮酸分子量: 164.158 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25 詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.25 and 1.8 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.97918, 0.97938

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月10日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97918	1
2	0.97938	1

反射

解像度: 2.13→50.5 Å / Num. obs: 77509 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12.5

反射シェル

解像度: 2.13→2.19 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5746 / R_pim(I) all: 0.343 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	xia2	データ削減
XSCALE	xia2	データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.13→50.496 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 6.078 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.222 / ESU R Free: 0.193 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	3698	4.772 %
R_work	0.1796	73792	-
all	0.182	-	-
obs	-	77490	99.698 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.713 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.468 Å²	-0 Å²	-0.059 Å²
2-	-	0.895 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→50.496 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9904	0	95	425	10424

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	10244
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.788	1.647	13977
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.301	1.575	21719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.339	5	1289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.297	24.371	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.478	15	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.973	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	8891
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4864
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4537
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	430
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.132	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.268	3.588	5159
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.268	3.588	5158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.515	5.367	6444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.514	5.368	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.116	3.93	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.104	3.927	5082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.015	5.732	7532
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.996	5.727	7527
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.215	42.716	11267
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.215	42.714	11268

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.13-2.185	0.316	286	0.269	5448	0.271	5745	0.818	0.836	99.8085	0.251
2.185-2.245	0.284	265	0.251	5299	0.253	5575	0.861	0.865	99.8027	0.229
2.245-2.31	0.292	265	0.233	5136	0.236	5411	0.871	0.891	99.8152	0.209
2.31-2.381	0.289	251	0.229	5006	0.232	5259	0.864	0.885	99.962	0.205
2.381-2.459	0.306	228	0.219	4853	0.223	5087	0.877	0.898	99.8821	0.195
2.459-2.545	0.288	198	0.215	4735	0.218	4938	0.884	0.906	99.8987	0.191
2.545-2.641	0.299	208	0.196	4530	0.2	4744	0.901	0.924	99.8735	0.174
2.641-2.748	0.262	227	0.199	4396	0.202	4629	0.907	0.921	99.8704	0.178
2.748-2.87	0.275	267	0.21	4101	0.214	4375	0.897	0.911	99.84	0.191
2.87-3.01	0.274	170	0.201	4040	0.204	4215	0.895	0.927	99.8814	0.184
3.01-3.172	0.286	195	0.201	3819	0.205	4018	0.901	0.93	99.9005	0.19
3.172-3.363	0.246	190	0.199	3596	0.201	3796	0.918	0.936	99.7366	0.191
3.363-3.594	0.214	180	0.169	3370	0.171	3573	0.942	0.96	99.3563	0.165
3.594-3.881	0.2	198	0.151	3087	0.154	3305	0.955	0.965	99.3949	0.15
3.881-4.249	0.186	110	0.146	2957	0.147	3089	0.957	0.963	99.2878	0.148
4.249-4.746	0.152	122	0.121	2634	0.122	2779	0.975	0.979	99.1724	0.123
4.746-5.472	0.165	120	0.129	2354	0.131	2488	0.97	0.979	99.4373	0.132
5.472-6.682	0.215	82	0.159	1986	0.161	2079	0.948	0.963	99.4709	0.16
6.682-9.369	0.184	91	0.148	1559	0.15	1659	0.96	0.968	99.4575	0.156
9.369-50.496	0.274	45	0.152	885	0.156	953	0.917	0.975	97.5866	0.166

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