PDB-7nnf: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in apo form.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nnf

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in apo form.

要素

Ornithine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nnf.cif.gz	708.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nnf.ent.gz	588.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nnf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nlnC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlrC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nncC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnvC 7nnwC 7nnyC 7nnzC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 2p2gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nov-1 2p2g-1 7nos-2 7nnw-2 7nnv-2 7nnz-2 2p2g-2 7nov-2 7nny-2 7nor-1 7np0-2 7nnw-1 7nnf-2 7nou-2 7np0-1 7nnv-1 7nos-1 7nny-1 2i6u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

200 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
100 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
100 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.341, 142.381, 98.278
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.360, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase / OTCase 分子量: 33208.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIT9, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1795 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9159 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→81.12 Å / Num. obs: 338738 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 1731990 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.52-1.61	4.2	1.156	209268	49398	0.449	0.632	1.325	1	100
4.82-81.12	5.3	0.084	57641	10863	0.99	0.04	0.093	17.8	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.97 Å	81.12 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
Aimless	0.7.1	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P2G

2p2g

解像度: 1.52→71.19 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1828	16834	4.97 %
R_work	0.1686	321829	-
obs	0.1693	338663	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.33 Å² / B_iso mean: 30.7571 Å² / B_iso min: 15.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.52→71.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13548	0	50	1797	15395
B_iso mean	-	-	41.33	41.09	-
残基数	-	-	-	-	1807

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.52-1.54	0.3136	600	0.2988	10611	11211
1.54-1.56	0.2887	595	0.2861	10702	11297
1.56-1.58	0.286	599	0.2752	10643	11242
1.58-1.6	0.2761	541	0.2633	10764	11305
1.6-1.62	0.2833	619	0.2679	10688	11307
1.62-1.64	0.2874	576	0.2698	10648	11224
1.64-1.66	0.2688	598	0.2545	10694	11292
1.66-1.69	0.263	531	0.2366	10728	11259
1.69-1.72	0.2423	510	0.22	10756	11266
1.72-1.74	0.2496	566	0.2122	10684	11250
1.74-1.77	0.2126	527	0.1986	10757	11284
1.77-1.81	0.2056	559	0.1806	10715	11274
1.81-1.84	0.2124	537	0.18	10751	11288
1.84-1.88	0.1997	487	0.1715	10773	11260
1.88-1.92	0.2049	595	0.1795	10694	11289
1.92-1.96	0.2036	540	0.1803	10767	11307
1.96-2.01	0.1907	624	0.1822	10670	11294
2.01-2.07	0.1952	592	0.168	10661	11253
2.07-2.13	0.1883	552	0.1654	10725	11277
2.13-2.2	0.1877	504	0.1573	10801	11305
2.2-2.28	0.1854	598	0.1624	10695	11293
2.28-2.37	0.1641	441	0.1594	10813	11254
2.37-2.47	0.1769	537	0.1609	10801	11338
2.47-2.6	0.1752	591	0.1638	10685	11276
2.6-2.77	0.1933	528	0.1653	10769	11297
2.77-2.98	0.1715	556	0.1638	10761	11317
2.98-3.28	0.1709	603	0.1578	10720	11323
3.28-3.76	0.1612	597	0.1516	10703	11300
3.76-4.73	0.1499	587	0.1379	10743	11330
4.73-71.19	0.1651	544	0.1658	10907	11451

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0447	0.5332	-0.539	2.2908	-1.1286	2.7072	-0.0311	0.018	-0.0389	0.0356	-0.0353	-0.0734	0.0637	-0.2932	0.0602	0.1759	-0.0094	-0.0004	0.2188	-0.0039	0.1884	42.2853	10.309	117.4714
2	2.5246	-1.0624	-0.7538	1.6157	-0.1719	0.414	0.0183	-0.477	0.0714	0.6998	0.1382	0.1037	-0.4491	-0.1067	-0.1263	0.5251	0.0642	0.0597	0.3006	0.0195	0.2755	38.3124	27.3071	123.6221
3	0.6232	0.6449	0.0533	1.5121	-1.5326	3.1865	-0.0222	0.0427	0.0637	0.1861	0.0065	0.1056	-0.2152	-0.4538	0.0101	0.2057	0.0007	0.0272	0.2498	-0.0091	0.2029	38.5192	10.7395	125.9293
4	0.9683	0.0455	-0.503	1.002	-0.3438	2.5466	-0.176	0.1355	-0.1261	-0.0949	0.106	0.063	0.4608	-0.45	0.0717	0.2983	-0.1122	0.0485	0.2545	-0.0168	0.2152	36.1734	-4.6858	135.3008
5	1.8134	-0.1191	-0.405	0.2243	-0.7791	3.1244	-0.0973	-0.2822	0.0855	-0.1028	-0.1356	0.0942	-0.1062	0.1144	0.1512	0.2596	-0.0044	0.0526	0.2046	0.0029	0.2415	47.8612	-0.2132	141.7728
6	1.6561	0.1174	-0.0198	1.0784	-0.3717	1.6415	-0.139	-0.0592	-0.1742	-0.0761	-0.1249	-0.1318	0.3821	0.3067	0.2528	0.3065	0.025	0.0632	0.1965	0.0367	0.2553	52.8822	-5.354	138.0814
7	2.243	-0.7417	0.3974	2.0855	-1.251	2.523	-0.0011	-0.0281	-0.021	-0.2196	-0.0131	-0.0123	0.2397	-0.2628	0.0476	0.2158	-0.0358	0.0401	0.206	-0.0153	0.1979	44.4368	6.1842	118.0578
8	1.9676	0.5926	0.4564	0.923	0.2296	1.0755	0.0344	-0.2152	-0.0862	0.1691	-0.0324	-0.017	0.0634	-0.0847	-0.0044	0.1832	0.0077	0.0039	0.1298	0.0008	0.1563	69.594	18.8343	119.6598
9	1.1352	0.385	0.6498	1.1875	0.3525	1.2146	-0.0497	-0.0265	0.0102	0.1249	0.0463	-0.1359	-0.1083	0.079	0.0071	0.2048	0.0011	-0.0178	0.1804	-0.0121	0.1876	84.3838	32.8972	122.6059
10	1.6256	-0.7289	0.0462	1.8841	0.2995	0.7701	-0.0218	-0.024	0.0013	0.1159	0.0438	-0.0076	0.0176	-0.0165	0.0039	0.1845	0.0262	0.0184	0.2039	0.0101	0.1773	47.5701	38.1083	109.1441
11	1.9498	0.8118	0.3542	2.6546	0.517	0.1153	-0.0624	-0.4927	0.1902	0.5185	0.0268	0.015	0.0342	-0.1039	-0.0382	0.3233	0.0817	-0.0386	0.294	-0.0341	0.2509	61.7946	37.1648	120.66
12	1.9165	-0.8554	-0.3473	1.0407	0.1116	0.4721	-0.0704	-0.1825	0.2096	0.1514	0.1355	-0.0613	-0.0889	-0.0283	-0.0513	0.2435	0.062	0.0148	0.2272	-0.0035	0.2085	40.2789	51.2792	116.473
13	1.8353	-0.6569	-0.5589	2.2102	0.4523	1.1722	-0.126	-0.3088	-0.103	0.3848	0.078	0.1865	0.0568	0.0473	0.0377	0.3028	0.0856	0.0908	0.3329	0.0556	0.2622	25.6056	45.1568	123.5865
14	3.5498	-0.1474	-0.9506	1.7522	0.2622	1.5602	-0.0114	0.0945	-0.0076	0.0776	0.0717	-0.0001	0.0503	0.012	-0.0388	0.2098	0.0442	-0.0026	0.1777	0.0117	0.1802	43.0573	38.3411	108.4427
15	1.2175	-0.4558	0.3007	2.1327	-1.1217	2.2352	0.0033	0.0219	-0.0135	-0.0997	-0.058	0.0424	-0.0179	-0.0208	0.055	0.1873	0.0136	-0.0129	0.2193	-0.0263	0.1815	47.3326	30.4372	82.9789
16	2.6003	0.5745	0.7922	1.0922	-0.6283	0.9082	-0.0828	0.5673	-0.1531	-0.6883	0.1455	0.1951	0.3168	-0.0559	0.0218	0.4439	-0.0408	-0.0671	0.3204	-0.0289	0.3234	38.4824	15.6795	76.2824
17	0.805	0.0674	-0.6497	1.0243	-0.8164	2.6036	-0.005	0.0923	0.0734	-0.1498	0.0292	0.0616	-0.1915	-0.1654	-0.0265	0.2725	0.0159	-0.063	0.2122	-0.0091	0.2062	47.592	39.2259	67.7091
18	0.9109	0.236	0.1927	0.6815	-0.3104	1.9022	0.0151	0.037	0.0502	-0.0627	-0.0403	-0.0545	-0.2358	0.3747	0.0484	0.2484	-0.0046	-0.0322	0.2124	-0.0021	0.22	58.5456	36.9131	67.6525
19	1.2751	-0.7107	-0.4963	1.4865	0.3364	0.8451	0.0262	0.1466	0.04	-0.1151	-0.0485	0.0018	-0.1054	-0.063	0.0172	0.1598	-0.0075	-0.0178	0.2077	-0.0107	0.1606	70.1363	13.1784	83.3612
20	0.7009	0.0115	-0.3492	1.126	0.4465	1.3759	-0.0907	-0.0166	-0.0815	-0.0268	0.0998	-0.0842	0.1599	0.0665	-0.0015	0.1636	-0	0.0015	0.2063	-0.0046	0.1928	79.3907	-4.9628	80.112
21	1.5284	0.4053	0.0401	1.8961	0.5162	1.0895	-0.0254	-0.0307	-0.1179	0.0402	0.0021	0.1785	0.0542	-0.0729	0.0325	0.165	0.0083	0.0073	0.2191	-0.009	0.2442	41.8504	2.7115	91.4803
22	1.6562	0.0733	0.0362	1.2171	0.3922	0.5519	-0.0343	0.4384	-0.219	-0.3662	0.0005	-0.0801	0.036	0.0058	0.0311	0.2454	-0.0106	0.028	0.2931	-0.0575	0.2435	53.0475	-3.606	81.4301
23	1.6699	0.1581	0.7867	0.9529	0.2166	1.2731	0.0983	0.084	-0.3875	-0.0038	-0.1285	0.4652	0.1591	-0.2168	0.0133	0.1851	-0.0308	0.0055	0.2644	-0.0877	0.4793	26.8862	-6.795	83.7381
24	1.9052	0.9456	0.6681	1.8718	0.3074	0.6945	-0.2138	0.1945	0.1363	-0.4849	-0.0433	0.6189	-0.2107	-0.1519	0.1918	0.2986	0.0124	-0.1579	0.3982	-0.061	0.5584	19.6918	4.163	75.1369
25	1.9964	0.2324	0.9677	2.1469	0.1252	1.7556	-0.047	-0.0457	-0.0127	0.0886	-0.0083	0.3013	-0.0308	-0.14	0.0648	0.1773	-0.0152	0.0374	0.2417	-0.0354	0.2867	37.523	4.3275	91.7321

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 64 )	A	0 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 94 )	A	65 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 143 )	A	95 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 144 through 215 )	A	144 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 216 through 239 )	A	216 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 240 through 284 )	A	240 - 284
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 285 through 307 )	A	285 - 307
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 143 )	B	1 - 143
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 144 through 307 )	B	144 - 307
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 0 through 64 )	C	0 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 65 through 94 )	C	65 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 95 through 215 )	C	95 - 215
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 216 through 284 )	C	216 - 284
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 285 through 307 )	C	285 - 307
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 1 through 64 )	D	1 - 64
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 65 through 94 )	D	65 - 94
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 95 through 231 )	D	95 - 231
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 232 through 307 )	D	232 - 307
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 1 through 143 )	E	1 - 143
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 144 through 307 )	E	144 - 307
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 0 through 64 )	F	0 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 65 through 114 )	F	65 - 114
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 115 through 215 )	F	115 - 215
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 216 through 284 )	F	216 - 284
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 285 through 307 )	F	285 - 307

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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