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- PDB-7nnd: Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with 13mer Amot-p130... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nnd
タイトルCrystal structure of 14-3-3 sigma in complex with 13mer Amot-p130 peptide and fragment 09
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Amot-p130 phosphopeptide (pS175)
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein-peptide complex fragment soaking
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / cell migration involved in gastrulation / Regulation of CDH11 function / positive regulation of embryonic development / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / angiostatin binding / hippo signaling / negative regulation of vascular permeability / gastrulation with mouth forming second ...establishment of cell polarity involved in ameboidal cell migration / cell migration involved in gastrulation / Regulation of CDH11 function / positive regulation of embryonic development / blood vessel endothelial cell migration / establishment of epithelial cell polarity / angiostatin binding / hippo signaling / negative regulation of vascular permeability / gastrulation with mouth forming second / Signaling by Hippo / cell-cell junction assembly / regulation of small GTPase mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of localization of FOXO transcription factors / endocytic vesicle / keratinocyte proliferation / positive regulation of cell size / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / Activation of BAD and translocation to mitochondria / bicellular tight junction / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / establishment of skin barrier / vasculogenesis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / stress fiber / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of stress fiber assembly / negative regulation of innate immune response / ruffle / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / regulation of cell migration / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of angiogenesis / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / chemotaxis / protein localization / cell junction / lamellipodium / regulation of protein localization / signaling receptor activity / actin cytoskeleton organization / cytoplasmic vesicle / positive regulation of cell growth / angiogenesis / in utero embryonic development / regulation of cell cycle / cadherin binding / external side of plasma membrane / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / : / Angiomotin C terminal / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues ...Angiomotin / Angiomotin, C-terminal / : / Angiomotin C terminal / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K7N / 14-3-3 protein sigma / Angiomotin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Centorrino, F. / Ottmann, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission675179European Union
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Fragment-based exploration of the 14-3-3/Amot-p130 interface.
著者: Centorrino, F. / Andlovic, B. / Cossar, P. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Amot-p130 phosphopeptide (pS175)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2245
ポリマ－29,8532
非ポリマー3713
水6,431357
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Amot-p130 phosphopeptide (pS175)
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Amot-p130 phosphopeptide (pS175)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,44910
ポリマ－59,7074
非ポリマー7426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5110 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area23200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.835, 111.600, 62.702
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Amot-p130 phosphopeptide (pS175) / Angiomotin


分子量: 1626.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q4VCS5

-
非ポリマー , 4種, 360分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-K7N / 5-[1-(2-azanylethyl)imidazol-4-yl]-4-phenyl-thiophene-2-carboximidamide


分子量: 311.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17N5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.095 M Hepes pH 7.5, 26% PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→62.72 Å / Num. obs: 55890 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 13.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 4058 / CC1/2: 0.915

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JC3

4jc3


解像度: 1.4→45.46 Å / SU ML: 0.0952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.043 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1723 2776 4.97 %
Rwork0.1529 53114 -
obs0.1539 55890 98.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1876 0 24 357 2257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01292699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061296
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7886763
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.20041480.19682521X-RAY DIFFRACTION94.95
1.42-1.450.17951380.18062605X-RAY DIFFRACTION97.72
1.45-1.480.17971150.16922633X-RAY DIFFRACTION97.62
1.48-1.510.19981220.16052645X-RAY DIFFRACTION97.98
1.51-1.540.19251390.16832584X-RAY DIFFRACTION97.81
1.54-1.580.19471440.162588X-RAY DIFFRACTION96.85
1.58-1.620.17071350.15582629X-RAY DIFFRACTION98.01
1.62-1.660.1851390.15472612X-RAY DIFFRACTION98.36
1.66-1.710.17661460.15342648X-RAY DIFFRACTION98.35
1.71-1.760.18471320.15892646X-RAY DIFFRACTION98.76
1.76-1.830.17761530.15432648X-RAY DIFFRACTION98.98
1.83-1.90.16581270.1582632X-RAY DIFFRACTION97.53
1.9-1.990.1751400.15112674X-RAY DIFFRACTION99.4
1.99-2.090.15021270.1482678X-RAY DIFFRACTION98.94
2.09-2.220.19151240.14472716X-RAY DIFFRACTION99.61
2.22-2.390.15921470.13522690X-RAY DIFFRACTION99.44
2.39-2.630.16051470.1422672X-RAY DIFFRACTION98.81
2.63-3.020.15911690.15262714X-RAY DIFFRACTION99.97
3.02-3.80.16921510.14482724X-RAY DIFFRACTION99.55
3.8-45.460.18021330.16412855X-RAY DIFFRACTION98.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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