PDB-7nnc: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nnc

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthetic group pyridoxal-5'-phosphate and 6-Methoxyquinoline-3-carboxylic acid

要素

Acetylornithine aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / ArgD / N-acetylornithine aminotrasferase / AcOAT

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / L-arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Gupta, P. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nnc.cif.gz	599.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nnc.ent.gz	487.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nnc_validation.pdf.gz	622 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nnc_full_validation.pdf.gz	625.2 KB	表示
XML形式データ	7nnc_validation.xml.gz	68.4 KB	表示
CIF形式データ	7nnc_validation.cif.gz	103.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nlnC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlrC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nnfC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnvC 7nnwC 7nnyC 7nnzC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 4adbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nnc-2 6v8d-2 6v8c-1 2byj-1 1wkg-d 7nn1-2 7jx9-1 2byj-2 7nn1-1 7jx9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylornithine aminotransferase

B: Acetylornithine aminotransferase

C: Acetylornithine aminotransferase

D: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylornithine aminotransferase

B: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Acetylornithine aminotransferase

D: Acetylornithine aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.461, 184.944, 71.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.060, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Acetylornithine aminotransferase / ACOAT 分子量: 41325.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argD, Rv1655, MTCY06H11.20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPZ7, acetylornithine transaminase
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-UMH / 6-methoxyquinoline-3-carboxylic acid / 6-メトキシキノリン-3-カルボン酸分子量: 203.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5 18% PEG Smear High (PEGs 6K, 8K, 10K) 0.2 M ammonium nitrate 10 mM nickel chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97625 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→68.78 Å / Num. obs: 177420 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 34 / Num. measured all: 948793

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.7-1.73	4.9	0.089	41174	8457	0.994	0.044	0.1	12.1	95.6
9.31-68.78	5	0.029	5314	1071	0.998	0.014	0.032	58.9	96.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.93 Å	55.19 Å
Translation	5.93 Å	55.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ADB

4adb

解像度: 1.7→68.78 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1622	8907	5.02 %
R_work	0.1455	168461	-
obs	0.1463	177368	99.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.48 Å² / B_iso mean: 22.79 Å² / B_iso min: 8.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→68.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11324	0	23	1609	12956
B_iso mean	-	-	36.24	33.74	-
残基数	-	-	-	-	1564

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.72	0.1851	289	0.1527	5417	95
1.72-1.74	0.1866	261	0.146	5424	96
1.74-1.76	0.1796	296	0.1421	5511	97
1.76-1.78	0.1771	310	0.144	5546	98
1.78-1.81	0.1667	316	0.1405	5537	99
1.81-1.83	0.167	312	0.1431	5615	99
1.83-1.86	0.1658	306	0.1392	5604	99
1.86-1.89	0.17	317	0.1382	5653	99
1.89-1.91	0.1744	280	0.1407	5565	99
1.91-1.95	0.1734	284	0.1425	5634	99
1.95-1.98	0.1771	307	0.1448	5651	100
1.98-2.02	0.1812	316	0.1459	5561	100
2.02-2.05	0.1668	317	0.1469	5624	100
2.05-2.1	0.1654	300	0.1445	5630	100
2.1-2.14	0.1731	275	0.143	5631	100
2.14-2.19	0.1537	295	0.14	5660	100
2.19-2.25	0.1722	282	0.145	5678	100
2.25-2.31	0.1806	324	0.1435	5613	100
2.31-2.38	0.178	308	0.1466	5602	100
2.38-2.45	0.1795	297	0.1547	5652	100
2.45-2.54	0.1731	294	0.1507	5667	100
2.54-2.64	0.1688	284	0.152	5670	100
2.64-2.76	0.1777	300	0.159	5659	100
2.76-2.91	0.1621	282	0.1519	5646	100
2.91-3.09	0.1547	294	0.1497	5649	100
3.09-3.33	0.1591	307	0.1466	5648	100
3.33-3.66	0.1438	314	0.1425	5642	100
3.66-4.19	0.1408	287	0.1307	5687	100
4.19-5.28	0.1427	247	0.132	5720	100
5.28-68.78	0.1559	306	0.1559	5665	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.241	-0.1931	-0.0457	1.3779	-0.0719	0.4962	-0.1096	-0.0505	0.1242	0.102	0.0416	-0.2617	-0.2223	0.1837	0.0706	0.2259	-0.0662	-0.0546	0.2001	-0.0002	0.1745	33.0519	45.6594	33.7355
2	0.8418	0.7221	0.1385	1.6912	-0.5105	0.5947	-0.0313	-0.1752	-0.0172	0.3095	-0.0003	0.1524	-0.2018	0.0474	0.0422	0.204	0.0339	0.0372	0.2053	0.0182	0.1449	12.9505	31.5761	45.4388
3	0.4341	-0.1712	0.2042	1.2353	-0.2162	1.5249	-0.0161	-0.0151	-0.0507	-0.0772	0.0661	0.227	-0.023	-0.0674	-0.0421	0.1099	0.0056	-0.0199	0.1072	0.0249	0.1494	7.9464	32.8333	22.9827
4	1.0187	-0.8654	0.3246	1.2753	-0.6716	0.7728	0.1151	0.17	-0.0378	-0.331	-0.0911	0.0886	0.0594	0.1785	-0.0242	0.2446	-0.0016	-0.0196	0.1837	-0.0031	0.1335	17.6364	35.159	8.5734
5	0.2719	-0.1461	0.085	0.9099	-0.2837	0.8714	-0.0519	-0.0241	-0.0045	-0.0444	0.0623	0.1805	-0.1339	-0.0677	-0.0096	0.1426	0.0075	-0.0207	0.1255	0.0125	0.1587	7.8195	39.4693	22.8436
6	0.5201	0.4955	0.2375	1.1256	-0.5652	1.0675	-0.2716	0.3398	0.3722	-0.2657	0.1546	0.2286	-0.4704	-0.1371	0.0238	0.4046	-0.0747	-0.0958	0.1741	0.0534	0.208	18.505	61.2148	20.4796
7	0.5622	0.3161	0.2274	0.9041	-0.1165	0.8751	-0.1621	0.0719	0.0875	-0.0135	0.0463	-0.2181	-0.2886	0.2551	0.0952	0.3248	-0.1011	-0.0648	0.1811	0.0256	0.1908	27.9005	58.3988	25.2088
8	0.9648	-0.1143	0.0685	1.089	-0.01	0.5921	-0.0583	-0.136	-0.1346	0.1195	0.2081	0.5389	0.017	-0.3719	-0.0459	0.1471	0.028	0.0725	0.2284	0.0823	0.3019	-0.2728	23.9227	37.8272
9	0.3497	-0.1678	0.1309	0.5056	-0.2641	0.4977	-0.0889	-0.2013	-0.0728	0.2895	0.0875	0.0543	-0.1818	-0.0631	0.013	0.1723	0.0402	0.0478	0.1888	0.0312	0.1123	19.1756	28.3128	45.9631
10	1.4075	-0.2942	0.4636	1.8407	-0.3962	1.54	-0.0722	-0.0123	-0.0139	0.1447	-0.0261	-0.3318	-0.0649	0.2116	0.0465	0.1219	-0.018	-0.0077	0.1855	0.0102	0.1737	37.3042	27.8545	33.1166
11	0.6655	-0.2795	0.2568	1.5573	-0.0803	0.9393	-0.0085	0.1083	-0.0706	-0.155	-0.0241	0.1095	0.0074	0.024	0.0346	0.1475	0.0044	0.0062	0.1577	-0.003	0.1339	25.7363	19.1393	19.3623
12	1.5087	-0.6226	0.2753	1.5014	-0.0027	0.6493	0.063	0.2103	-0.1948	-0.2729	-0.0722	0.0473	0.0322	0.1092	0.0243	0.2018	0.0037	0.0014	0.1728	-0.0324	0.1933	20.5716	11.9839	17.645
13	1.0888	0.1254	0.0292	1.5274	-0.615	1.3827	-0.0484	0.1496	-0.2347	-0.2375	-0.0162	-0.0103	0.214	0.0771	0.0526	0.1449	0.0379	0.0406	0.184	-0.0095	0.1679	31.9077	9.4105	22.6522
14	0.1963	0.1067	-0.0594	0.4132	-0.5222	1.3662	-0.0485	-0.0224	-0.1495	-0.0096	-0.0177	-0.0549	0.0606	0.1812	0.052	0.139	0.0259	0.0304	0.198	0.0312	0.1817	33.0164	14.8094	34.297
15	0.4984	-0.0527	0.1747	0.7498	-0.0045	0.5818	-0.0653	-0.0579	-0.0292	0.055	0.0266	-0.0812	-0.1546	0.0971	0.0468	0.1319	-0.0038	0.0068	0.1823	0.0137	0.1265	30.2013	28.29	33.8959
16	1.6848	0.721	-0.029	0.9009	-0.1057	0.5083	-0.3713	-0.0753	-1.0438	0.0006	0.2036	-0.2132	0.4635	0.1046	0.0088	0.1878	0.0906	0.1194	0.1783	0.1248	0.4563	21.8692	1.7041	44.117
17	0.1959	-0.0106	-0.4736	0.8378	0.612	1.573	-0.2216	-0.0366	-0.3648	-0.0283	0.027	0.3259	0.0561	-0.4409	0.03	0.1365	0.0066	0.112	0.2656	0.0797	0.2715	7.8086	8.082	43.4565
18	0.5552	0.0562	-0.2405	0.2161	-0.0788	1.0997	-0.237	-0.2706	-0.7108	0.1649	0.1422	0.229	0.3018	-0.1001	0.0538	0.1269	0.0085	0.2429	0.2162	0.2012	0.335	14.8691	5.5911	47.7206
19	1.0664	-0.1078	0.0688	1.0916	-0.5231	1.0562	0.0555	0.3334	-0.2836	-0.5158	-0.0421	-0.1751	0.1741	0.0864	-0.0261	0.2389	0.024	0.0275	0.2216	-0.0737	0.1914	12.013	-21.9047	-15.8154
20	0.4945	-0.1484	-0.0942	1.2104	0.1428	0.5748	0.0474	-0.0211	-0.1485	0.0533	0.0426	0.1547	0.115	-0.0828	-0.0842	0.1224	-0.0145	-0.0236	0.1513	0.0321	0.1593	-4.1046	-22.5024	5.0266
21	0.7625	-0.2249	0.1311	1.2348	-0.4705	0.8428	0.03	-0.0069	-0.0535	0.2208	-0.026	-0.2065	0.0017	0.1076	-0.0248	0.1712	-0.0044	-0.0682	0.1443	0.0131	0.1684	18.9068	-18.8035	17.4572
22	0.7269	0.0433	0.0963	0.8145	-0.0808	0.4228	0.0484	-0.0829	-0.143	0.1194	0.0437	-0.0146	0.0703	-0.0411	-0.0866	0.1729	-0.0017	-0.0357	0.1514	0.03	0.1413	4.6495	-23.5297	16.1208
23	0.6091	0.0024	0.2005	1.4844	0.415	0.9081	0.1007	0.0205	-0.2464	0.0794	0.1358	-0.2068	0.2878	0.105	-0.1773	0.1786	0.0197	-0.085	0.1435	-0.0206	0.2254	8.5777	-35.9289	4.3144
24	0.134	-0.0068	0.0844	1.3722	-0.2781	1.1538	-0.0284	-0.2497	-0.0565	0.4127	0.1395	0.4152	-0.0895	-0.297	-0.0958	0.222	0.0453	0.0852	0.2456	0.0444	0.2067	-10.0516	-6.791	19.4539
25	0.7633	-0.2191	-0.0116	0.7865	-0.0185	0.6472	0.063	0.0515	-0.0533	-0.0918	0.0425	0.1555	-0.0027	-0.1282	-0.0877	0.1001	-0.0049	-0.0091	0.1462	0.0234	0.1166	-4.4508	-10.7985	-5.9481
26	0.8031	-0.0047	-0.0596	1.0601	-0.4308	1.179	0.0339	0.0341	0.0864	0.089	-0.0232	-0.1386	-0.1478	0.067	-0.0083	0.119	-0.0179	0.0036	0.1259	0.0066	0.137	16.029	4.458	0.6295
27	1.1599	0.0103	-0.3109	0.6433	-0.1331	0.8525	0.1259	0.0559	0.2196	-0.0144	0.0332	0.0602	-0.2136	-0.1226	-0.1407	0.1368	0.0253	0.0392	0.1455	0.0336	0.1418	-3.9771	4.4008	-3.2433

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 62 )	A	7 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 85 )	A	63 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 86 through 143 )	A	86 - 143
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 144 through 180 )	A	144 - 180
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 181 through 306 )	A	181 - 306
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 307 through 346 )	A	307 - 346
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 347 through 397 )	A	347 - 397
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 29 )	B	7 - 29
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 30 through 85 )	B	30 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 112 )	B	86 - 112
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 113 through 143 )	B	113 - 143
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 144 through 180 )	B	144 - 180
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 181 through 224 )	B	181 - 224
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 225 through 251 )	B	225 - 251
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 252 through 304 )	B	252 - 304
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 305 through 346 )	B	305 - 346
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 347 through 365 )	B	347 - 365
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 366 through 397 )	B	366 - 397
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 7 through 29 )	C	7 - 29
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 30 through 112 )	C	30 - 112
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 113 through 224 )	C	113 - 224
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 225 through 272 )	C	225 - 272
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 273 through 397 )	C	273 - 397
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 7 through 29 )	D	7 - 29
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 30 through 112 )	D	30 - 112
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 113 through 224 )	D	113 - 224
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 225 through 397 )	D	225 - 397

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)