PDB-7nna: Toxin Import Through the Antibiotic Efflux Channel TolC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nna

タイトル

Toxin Import Through the Antibiotic Efflux Channel TolC

要素

Klebicin C activity

キーワード

ANTIBIOTIC / TOXIN / IMPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

cytolysis / hydrolase activity, acting on ester bonds / : / ribosome binding / defense response to bacterium / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Lowe, E.D. / Kleanthous, C. / Housden, N.G.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Toxin import through the antibiotic efflux channel TolC.
著者: Nicholas G Housden / Melissa N Webby / Edward D Lowe / Tarick J El-Baba / Renata Kaminska / Christina Redfield / Carol V Robinson / Colin Kleanthous /

要旨: Bacteria often secrete diffusible protein toxins (bacteriocins) to kill bystander cells during interbacterial competition. Here, we use biochemical, biophysical and structural analyses to show how a ...

履歴

登録	2021年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年10月13日	Group: Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_proc Item: _atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country ..._atom_site.pdbx_tls_group_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	12309C 12310C 7ng8C 7ng9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4o9b-4 2e7s-4 7bgf-d 7d2e-d 3uf1-1 6z26-2 4o9b-3 4zry-d 6ec0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Klebicin C activity

23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.914, 47.914, 200.488
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Klebicin C activity / KlebC Tol binding domain 分子量: 23796.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: kca / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): T7 Express Crystal / 参照: UniProt: Q5V9K0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Condition G1 from Morpheus screen (0.1M Morpheus Carboxylic acids, 0.1M Morpheus Buffer 1 pH 6.5, 30% v/v Morpheus Precipitant Mix 1)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: DIAMOND / ビームライン: I03 / 波長: 0.97932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40.63 Å / Num. obs: 22045 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1386 / CC_1/2: 0.913 / R_pim(I) all: 0.318 / R_rim(I) all: 0.54 / Χ²: 0.99 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.901→40.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU R Cruickshank DPI: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.171 / SU R_free Blow DPI: 0.131 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.117

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2017	1073	-	RANDOM
R_work	0.1884	-	-	-
obs	0.1891	21983	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-7.6082 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-7.6082 Å²	0 Å²
3-	-	-	15.2163 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→40.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1509	0	0	360	1869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.015	1708	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	2296	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		697	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		316	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1708	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		229	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2262	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.58
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.55

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.91 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	29	-
R_work	0.1962	-	-
obs	-	-	99.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5441	-1.0991	0.4698	5.7962	-3.0428	7.3265	-0.2255	0.5061	-0.0083	0.5061	-0.0819	-0.3288	-0.0083	-0.3288	0.3075	-0.0443	0.0047	0.1124	0.1186	-0.0195	-0.0562	-23.787	10.8146	29.0542
2	1.4106	-0.3001	-2.3704	0.3727	0.6108	4.2001	0.0018	-0.0421	0.1211	-0.0421	-0.027	-0.1452	0.1211	-0.1452	0.0252	-0.0445	-0.0022	0.0277	0.0069	-0.0039	0.0347	-10.3677	7.8195	6.3365
3	3.4445	-0.6395	-3.1583	-1.8198	-0.3504	7.9979	-0.1717	-0.2396	0.5645	-0.2396	-0.027	-0.089	0.5645	-0.089	0.1988	0.1088	0.0137	0.1101	-0.0648	-0.0249	-0.0004	7.4548	6.0135	-20.9022
4	1.0225	1.0345	-0.9695	0.8537	-3.877	0	-0.029	-0.2794	0.1119	-0.2794	0.1771	-0.2573	0.1119	-0.2573	-0.1481	0.1818	0.0195	0.1696	-0.0668	0.0102	-0.0599	11.9459	7.2401	-31.4465
5	-2.5205	1.4552	-2.1594	2.5205	-2.0807	8.3154	-0.2302	0.2315	0.5373	0.2315	-0.1789	0.1578	0.5373	0.1578	0.4091	0.1288	0.0353	0.141	-0.0761	0.0597	-0.0341	16.9095	8.7543	-38.9003
6	2.1281	0.244	-1.311	1.7031	2.3547	2.5765	-0.0148	-0.382	0.653	-0.382	-0.1202	-0.0603	0.653	-0.0603	0.1349	0.1205	-0.0047	0.0907	-0.0835	0.0624	-0.0007	20.9221	10.1302	-46.4628
7	3.1811	-1.0889	-2.6778	-1.653	-1.1827	7.0347	-0.1759	0.0369	0.4217	0.0369	0.0026	0.3581	0.4217	0.3581	0.1733	0.0475	0.0802	0.0618	-0.0485	0.0157	0.0245	26.8675	13.9409	-55.6932
8	1.9983	4.0641	3.9757	4.0267	-1.0653	1.6532	-0.0165	-0.3437	-0.555	-0.3437	-0.4368	0.0661	-0.555	0.0661	0.4533	-0.0205	0.0748	0.1681	0.0969	0.0129	0.1045	28.2555	24.3512	-71.0166
9	3.4611	4.2132	1.1823	5.3174	-0.0095	3.1432	0.0075	-0.3281	0.1406	-0.3281	-0.1547	0.7018	0.1406	0.7018	0.1472	0.0127	0.1421	0.0458	0.0885	0.0065	-0.0532	23.9206	16.4852	-72.1161
10	1.0597	-0.8598	-0.0221	-0.2006	0.1548	3.8464	0.0877	-0.0434	0.3189	-0.0434	-0.058	-0.2451	0.3189	-0.2451	-0.0297	0.0205	-0.0136	0.0121	0.0026	-0.0104	-0.0137	18.7466	16.0723	-58.4
11	5.9356	0.1576	1.8183	6.2795	0.2272	2.0346	-0.011	0.1685	-0.1606	0.1685	0.134	-0.7211	-0.1606	-0.7211	-0.123	-0.0149	-0.0294	0.0673	0.1212	0.0424	-0.0793	11.3572	15.9005	-46.0304
12	8.9165	-0.4343	0.903	6.3301	3.4142	5.2841	-0.4051	0.0581	-0.241	0.0581	0.4731	-0.121	-0.241	-0.121	-0.068	0.0115	0.0141	0.0991	0.0757	0.0818	-0.0959	8.8044	15.4033	-37.1158
13	-2.3943	1.2945	-2.6151	2.8322	-0.0094	6.2552	0.1573	0.198	-0.2984	0.198	0.0605	0.3678	-0.2984	0.3678	-0.2179	0.1122	-0.0024	0.1515	0.0163	0.0415	-0.0985	8.7543	15.5641	-24.0456
14	1.1881	0.0089	-1.7601	0.0319	0.005	6.8507	0.1694	-0.1336	-0.294	-0.1336	-0.0306	0.1153	-0.294	0.1153	-0.1388	0.0168	0.0277	0.0523	-0.0565	0.0005	0.0435	1.8516	13.7529	-5.1768
15	-1.8306	0.423	-0.7706	4.0264	-0.1072	5.781	-0.0182	0.0191	-0.2621	0.0191	0.1893	-0.0188	-0.2621	-0.0188	-0.1711	-0.0317	0.0235	-0.0119	0.0001	-0.0344	0.0437	-2.8092	12.2919	9.6694
16	1.1507	0.2453	-3.162	0.6223	-0.3441	1.811	0.0077	0.08	0.1932	0.08	-0.0367	0.2545	0.1932	0.2545	0.029	-0.0363	0.0127	0.0025	0.0922	0.025	-0.0107	-10.288	7.9126	22.5166
17	-1.5745	-0.1833	0.8892	5.3584	-2.8473	3.5732	0.0604	0.2688	0.1694	0.2688	-0.2781	0.1242	0.1694	0.1242	0.2177	0.0311	0.0314	0.0945	0.1068	0.0871	-0.1106	-16.4531	5.2611	34.6709
18	6.3689	-4.0343	3.9757	4.3059	-1.0653	0.1466	0.1399	0.1471	-0.3215	0.1471	-0.1137	0.2475	-0.3215	0.2475	-0.0263	0.0923	0.0343	0.1536	-0.0036	0.038	-0.0833	-20.2887	4.834	42.3141
19	6.5991	0.7418	1.227	-0.5842	3.6957	5.6652	-0.0793	-0.1602	0.3512	-0.1602	-0.11	0.4801	0.3512	0.4801	0.1893	0.173	0.0092	0.1119	-0.0597	0.0595	-0.0821	-23.9352	2.1128	50.3459
20	4.4753	1.363	-3.9757	0.0821	1.0653	8.3095	-0.0463	0.0162	-0.092	0.0162	-0.0939	0.5753	-0.092	0.5753	0.1402	0.0186	-0.0016	0.0843	0.0091	0.0255	-0.0182	-24.801	3.0046	57.9468
21	1.8124	0.0054	2.8925	-0.5979	0.3023	7.2286	-0.1471	-0.1084	-0.247	-0.1084	-0.0815	0.0204	-0.247	0.0204	0.2287	-0.0103	-0.008	-0.0155	-0.0074	-0.0156	0.0296	-27.911	1.143	66.6268
22	5.7679	-4.3812	-2.5998	4.1056	1.8597	1.8638	-0.2563	0.3774	-0.0218	0.3774	0.155	-0.641	-0.0218	-0.641	0.1013	0.0615	-0.0045	0.034	-0.0469	-0.0806	-0.0169	-27.0978	-11.763	67.8908

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|62 - A\|65 }	A	62 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|66 - A\|98 }	A	66 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|99 - A\|108 }	A	99 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|109 - A\|113 }	A	109 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|114 - A\|120 }	A	114 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|121 - A\|125 }	A	121 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|126 - A\|134 }	A	126 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|135 - A\|142 }	A	135 - 142
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|143 - A\|145 A\|146 - A\|146 }	A	143 - 145
10	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|143 - A\|145 A\|146 - A\|146 }	A	146
11	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|147 - A\|160 }	A	147 - 160
12	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|161 - A\|165 }	A	161 - 165
13	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|166 - A\|173 }	A	166 - 173
14	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|174 - A\|182 }	A	174 - 182
15	X-RAY DIFFRACTION	14	{ A\|183 - A\|199 }	A	183 - 199
16	X-RAY DIFFRACTION	15	{ A\|200 - A\|204 }	A	200 - 204
17	X-RAY DIFFRACTION	16	{ A\|205 - A\|218 }	A	205 - 218
18	X-RAY DIFFRACTION	17	{ A\|219 - A\|224 }	A	219 - 224
19	X-RAY DIFFRACTION	18	{ A\|225 - A\|229 }	A	225 - 229
20	X-RAY DIFFRACTION	19	{ A\|230 - A\|235 }	A	230 - 235
21	X-RAY DIFFRACTION	20	{ A\|236 - A\|240 }	A	236 - 240
22	X-RAY DIFFRACTION	21	{ A\|241 - A\|250 }	A	241 - 250
23	X-RAY DIFFRACTION	22	{ A\|251 - A\|255 }	A	251 - 255

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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