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- PDB-4o9b: The Structure of CC1-IH in human STIM1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9b
タイトルThe Structure of CC1-IH in human STIM1.
要素Stromal interaction molecule 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / ALPHA HELICES / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / cortical endoplasmic reticulum / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / microtubule plus-end binding / regulation of calcium ion transport / plasma membrane raft ...store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / cortical endoplasmic reticulum / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / microtubule plus-end binding / regulation of calcium ion transport / plasma membrane raft / detection of calcium ion / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / calcium channel regulator activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / protease binding / microtubule / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Stromal interaction molecule 1, SAM domain / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Stromal interaction molecule 1, SAM domain / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #340 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Stromal interaction molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Cui, B. / Yang, X. / Li, S. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: The inhibitory helix controls the intramolecular conformational switching of the C-terminus of STIM1.
著者: Cui, B. / Yang, X. / Li, S. / Lin, Z. / Wang, Z. / Dong, C. / Shen, Y.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年1月15日ID: 4IOZ
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal interaction molecule 1
B: Stromal interaction molecule 1
C: Stromal interaction molecule 1
D: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5387
ポリマ－50,2004
非ポリマー3373
水1,11762
1
A: Stromal interaction molecule 1
D: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2133
ポリマ－25,1002
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15380 Å2
手法PISA
2
B: Stromal interaction molecule 1
C: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3254
ポリマ－25,1002
非ポリマー2252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
3
A: Stromal interaction molecule 1

B: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2133
ポリマ－25,1002
非ポリマー1121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
Buried area2330 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
4
D: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子

C: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3254
ポリマ－25,1002
非ポリマー2252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_445x-y-1,-y-1,-z+1/31
Buried area2570 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
5
C: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子

B: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子

A: Stromal interaction molecule 1
D: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5387
ポリマ－50,2004
非ポリマー3373
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_664-y+1,x-y+1,z-1/31
crystal symmetry operation5_445x-y-1,-y-1,-z+1/31
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.852, 101.852, 104.565
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-503-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Stromal interaction molecule 1


分子量: 12550.119 Da / 分子数: 4 / 断片: CC1-IH, UNP RESIDUES 237-340 / 変異: M244L, L321M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GOK, STIM1, STIM1 / プラスミド: pET-M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus / 参照: UniProt: Q13586
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 24% PEGMME 2000, 0.1M sodium acetate, 0.02M magnesium chloride hexahydrate, 0.02M nickel chloride hexahydrate, 0.02M cadmium chloride hexahydrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 19528 / Num. obs: 17510 / % possible obs: 89.67 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.5 %
反射 シェル最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 10.5 % / Num. unique all: 19528 / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.604→33.711 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2892 907 5.18 %RANDOM
Rwork0.2279 ---
all0.247 19528 --
obs0.2311 17510 89.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.176 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.3188 Å2-0 Å20 Å2
2---9.3188 Å2-0 Å2
3---1.8375 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→33.711 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2855 0 3 62 2920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092869
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1193828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0731146
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6037-2.76670.36931080.28551850X-RAY DIFFRACTION61
2.7667-2.98020.3471360.26232456X-RAY DIFFRACTION80
2.9802-3.27990.341490.25672980X-RAY DIFFRACTION97
3.2799-3.7540.31991770.22923073X-RAY DIFFRACTION99
3.754-4.72750.25771710.18623096X-RAY DIFFRACTION100
4.7275-33.71370.24621660.2293148X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -19.069 Å / Origin y: 3.601 Å / Origin z: 14.03 Å
111213212223313233
T0.3877 Å2-0.0514 Å20.0009 Å2--0.0821 Å20.0376 Å2--0.1673 Å2
L0.3417 °20.0599 °2-0.006 °2-0.3679 °2-0.0422 °2--0.266 °2
S-0.1117 Å °0.0374 Å °0.1638 Å °0.1117 Å °0.2958 Å °0.1263 Å °-0.0725 Å °0.0456 Å °-0.0833 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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