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- PDB-7nn4: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nn4
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgD with prosthetic group pyridoxal 5'-phosphate and 3-hydroxy-2-naphthoic acid.
要素Acetylornithine aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / ArgD / N-acetylornithine aminotrasferase / AcOAT
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylornithine transaminase / N2-acetyl-L-ornithine:2-oxoglutarate 5-aminotransferase activity / L-arginine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acetylornithine/Succinylornithine transaminase family / : / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
3-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / NITRATE ION / Acetylornithine aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Gupta, P. / Mendes, V. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1158806 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylornithine aminotransferase
B: Acetylornithine aminotransferase
C: Acetylornithine aminotransferase
D: Acetylornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,30310
ポリマ－165,3004
非ポリマー1,0036
水25,6711425
1
A: Acetylornithine aminotransferase
B: Acetylornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0264
ポリマ－82,6502
非ポリマー3762
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
2
C: Acetylornithine aminotransferase
D: Acetylornithine aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2776
ポリマ－82,6502
非ポリマー6274
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9690 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.190, 184.350, 71.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Acetylornithine aminotransferase / ACOAT


分子量: 41325.035 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: argD, Rv1655, MTCY06H11.20 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPZ7, acetylornithine transaminase
#2: 化合物
ChemComp-BZJ / 3-hydroxynaphthalene-2-carboxylic acid / 3-ヒドロキシ-2-ナフトエ酸


分子量: 188.179 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris Propane pH 8.5 18% PEG Smear High (PEGs 6K, 8K, 10K) 0.2 M ammonium nitrate 10 mM nickel chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→68.47 Å / Num. obs: 265823 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 16.5 / Num. measured all: 1192624 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.5130.81251854175100.50.5470.9871.286.7
6.57-68.475.10.01715841310910.0080.01954.299.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.2 Å68.47 Å
Translation4.2 Å68.47 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ADB

4adb


解像度: 1.47→68.465 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1959 13042 4.91 %
Rwork0.1769 252719 -
obs0.1778 265761 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 57.33 Å2 / Biso mean: 24.1684 Å2 / Biso min: 11.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→68.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11344 0 74 1427 12845
Biso mean--30.78 33.48 -
残基数----1564
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.47-1.48670.32713590.3033730683
1.4867-1.50420.30484260.2871757089
1.5042-1.52250.32834170.2862790091
1.5225-1.54180.31154160.2739786492
1.5418-1.56210.2744150.2726802793
1.5621-1.58350.27784320.2531816294
1.5835-1.60610.26394340.2436815795
1.6061-1.63010.25064250.2323832396
1.6301-1.65560.25244310.2377824396
1.6556-1.68270.24814000.2319846697
1.6827-1.71180.25824370.2282864999
1.7118-1.74290.25574320.21258565100
1.7429-1.77640.24644520.21778598100
1.7764-1.81270.24514380.20878621100
1.8127-1.85210.24414570.20258605100
1.8521-1.89520.22474590.19438545100
1.8952-1.94260.22184460.19278662100
1.9426-1.99510.21764330.19228623100
1.9951-2.05380.20624530.19418657100
2.0538-2.12010.20674410.18648604100
2.1201-2.19590.19614520.17388634100
2.1959-2.28380.20654920.17568598100
2.2838-2.38770.20074230.17188655100
2.3877-2.51360.21664150.17538669100
2.5136-2.67110.18864120.17118674100
2.6711-2.87740.18034220.17088679100
2.8774-3.16690.17724800.16088618100
3.1669-3.62520.16624400.15528675100
3.6252-4.56720.14894350.13318665100
4.5672-68.4650.15624680.15618705100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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