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万見
- PDB-7nm4: Solution structure of MLKL executioner domain in complex with a f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nm4
タイトルSolution structure of MLKL executioner domain in complex with a fragment
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Necroptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRP channels / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / cell junction / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Mixed lineage kinase domain-like N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UJ8 / Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Ruebbelke, M. / Bauer, M. / Hamilton, J. / Binder, F. / Nar, H. / Zeeb, M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Discovery and Structure-Based Optimization of Fragments Binding the Mixed Lineage Kinase Domain-like Protein Executioner Domain.
著者: Rubbelke, M. / Hamilton, J. / Binder, F. / Bauer, M. / King, J. / Nar, H. / Zeeb, M.
履歴
登録2021年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年11月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4512
ポリマ－18,1851
非ポリマー2661
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 18184.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NB16
#2: 化合物 ChemComp-UJ8 / (~{S})-1~{H}-benzimidazol-2-yl-(4-propan-2-ylphenyl)methanol


分子量: 266.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D 1H-15N HSQC
222isotropic23D HN(CA)CB
242isotropic23D HNccH TOCSY
252isotropic23D HNCC TOCSY
262isotropic13D 1H-15N NOESY
171isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
181isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
191isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1131isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1111isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1101isotropic13D filt. 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1385 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 2000 uM Cpd 3, 100% D2Oin D20100% D2O
solution2315 uM [U-13C; U-15N] MLKL executioner domain, 1600 uM Cpd 3, 93% H2O/7% D2Oin H2093% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
385 uMMLKL executioner domain[U-13C; U-15N]1
2000 uMCpd 3natural abundance1
315 uMMLKL executioner domain[U-13C; U-15N]2
1600 uMCpd 3natural abundance2
試料状態
Conditions-ID詳細イオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM sodium phosphate 150 mM sodium chloride 5 mM DTT170 mMin D207.11 atm298 K
220 mM sodium phosphate 150 mM sodium chloride 5 mM DTT170 mMin H207.51 atm298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.9Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.4.2CCPNpeak picking
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
TopSpin3.6Bruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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