PDB-7nlv: WILDTYPE CORE-STREPTAVIDIN WITH a conjugated BIOTINYLATED PYRROLI...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nlv

タイトル

WILDTYPE CORE-STREPTAVIDIN WITH a conjugated BIOTINYLATED PYRROLIDINE II

要素

Streptavidin

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Biotin-binding protein / streptavidin / artificial enzyme / beta-barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.29 Å

データ登録者

Nodling, A.R. / Santi, N. / Tsai, Y.H. / Rizkallah, P. / Luk, L.Y.P. / Jin, Y.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The role of streptavidin and its variants in catalysis by biotinylated secondary amines.
著者: Nodling, A.R. / Santi, N. / Castillo, R. / Lipka-Lloyd, M. / Jin, Y. / Morrill, L.C. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Luk, L.Y.P.

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nlv.cif.gz	193.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nlv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6zytC 6gh7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1swp-d 7cpz-1 1ndj-d 1nqm-d 6m9b-d 1lcz-1 4cpe-1 1swr-d 7kbz-d 4cpi-1 6aue-1 1mep-d 2wpu-1 1df8-1 6s50-d 2qcb-1 6vp2-d 1lcv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Streptavidin

BBB: Streptavidin

CCC: Streptavidin

DDD: Streptavidin

ヘテロ分子

54.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.320, 97.600, 50.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.260, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 13412.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Biotin-binding, homotetramer, beta-barrel 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-UJE / 5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)-N-((S)-pyrrolidin-3-yl)pentanamide / 5-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-[(3~{S})-pyrrolidin-3-yl]pentanamide 分子量: 312.431 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₄N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 25 mg/mL protein in deionised water is mixed at equal volume with 52% MPD.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.91587 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91587 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.29→46.27 Å / Num. obs: 112641 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.07-46.27	1.8	0.023	699	0.995	0.023	0.032
1.29-1.31	1.9	0.49	5593	0.596	0.49	0.694

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データ削減
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot	0.9.4.1.	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GH7

6gh7

解像度: 1.29→46.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 5.229 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.063 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	5708	5.068 %
R_work	0.2074	106931	-
all	0.209	-	-
obs	-	112639	99.405 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.217 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.684 Å²	-0 Å²	2.78 Å²
2-	-	-2.086 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.512 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.29→46.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3537	0	84	280	3901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3782
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.01	0.018	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.603	1.648	5191
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.517	1.576	7597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.329	5	483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.655	21.547	181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.277	15	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.563	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	524
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.339	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	662
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	3048
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1746
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	228
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.161	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.06	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.623	2.397	1923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.578	2.395	1922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.095	3.608	2409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.107	3.61	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.841	2.482	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.841	2.483	1860
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.38	3.673	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.38	3.673	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.16	28.439	4259
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.998	28.148	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	10.371	3	7095

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.29-1.323	0.334	457	0.296	7898	X-RAY DIFFRACTION	99.7969
1.323-1.36	0.334	383	0.283	7768	X-RAY DIFFRACTION	99.8408
1.36-1.399	0.304	399	0.271	7500	X-RAY DIFFRACTION	99.6971
1.399-1.442	0.293	369	0.233	7318	X-RAY DIFFRACTION	99.8831
1.442-1.489	0.288	365	0.226	7087	X-RAY DIFFRACTION	99.8794
1.489-1.542	0.28	369	0.219	6852	X-RAY DIFFRACTION	99.8617
1.542-1.6	0.266	317	0.204	6592	X-RAY DIFFRACTION	99.6395
1.6-1.665	0.252	360	0.197	6301	X-RAY DIFFRACTION	99.4773
1.665-1.739	0.272	314	0.2	6114	X-RAY DIFFRACTION	99.628
1.739-1.824	0.245	349	0.19	5795	X-RAY DIFFRACTION	99.4819
1.824-1.923	0.217	304	0.188	5460	X-RAY DIFFRACTION	99.6026
1.923-2.039	0.238	283	0.202	5259	X-RAY DIFFRACTION	99.3724
2.039-2.18	0.273	267	0.216	4860	X-RAY DIFFRACTION	99.0916
2.18-2.355	0.255	226	0.213	4606	X-RAY DIFFRACTION	98.9353
2.355-2.579	0.283	199	0.211	4177	X-RAY DIFFRACTION	98.5808
2.579-2.883	0.22	228	0.194	3759	X-RAY DIFFRACTION	98.3231
2.883-3.329	0.218	145	0.184	3359	X-RAY DIFFRACTION	98.2338
3.329-4.076	0.231	154	0.183	2833	X-RAY DIFFRACTION	98.4509
4.076-5.759	0.216	151	0.199	2172	X-RAY DIFFRACTION	99.1041

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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