PDB-7nlr: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nlr

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with 2-phenyl-1H-imidazole

要素

Acetylglutamate kinase

キーワード

TRANSFERASE / ArgB Acetylglutamate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.254 Å

データ登録者

Mendes, V. / Thomas, S.E. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nlr.cif.gz	125.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nlr.ent.gz	97.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nlr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nlr_validation.pdf.gz	535.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nlr_full_validation.pdf.gz	536.8 KB	表示
XML形式データ	7nlr_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7nlr_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nlr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nlr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nlnC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nncC 7nnfC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnvC 7nnwC 7nnyC 7nnzC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 2ap9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nls-1 7nn8-1 7nlz-1 7nlu-1 7nnb-1 7nlw-1 7nly-1 7nlf-1 7nn7-1 7nlq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

31.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_556	x-y,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	6_556	-x,-x+y,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	173.819, 173.819, 72.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-301- SO4

#1: タンパク質	Acetylglutamate kinase / N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase / NAG kinase / NAGK 分子量: 31212.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argB, Rv1654, MTCY06H11.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ01, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-PIY / 2-phenyl-1H-imidazole / 2-フェニル-1H-イミダゾ-ル分子量: 144.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.5 詳細: 1260 mM ammonium sulphate 100 mM CHES pH 9.5 200 mM NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→86.91 Å / Num. obs: 19795 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 60.15 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.017 / R_rim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 23.1 / Num. measured all: 199430

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.25-2.39	10.1	0.861	31714	3139	0.843	0.284	0.907	2.3	98.9
6.76-86.91	9.5	0.028	7394	782	0.999	0.01	0.029	66.7	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.85 Å	86.91 Å
Translation	6.85 Å	86.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.1	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AP9

2ap9

解像度: 2.254→52.19 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	921	4.65 %
R_work	0.1836	18870	-
obs	0.185	19791	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.65 Å² / B_iso mean: 75.8657 Å² / B_iso min: 45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.254→52.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2124	0	21	23	2168
B_iso mean	-	-	96.09	65.11	-
残基数	-	-	-	-	291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.908	2975
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	365
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	384
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.246	1284

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2545-2.3733	0.2949	135	0.2542	2627	99
2.3733-2.522	0.2695	145	0.2322	2681	100
2.522-2.7168	0.2887	138	0.2379	2680	100
2.7168-2.9901	0.2649	131	0.2187	2667	100
2.9901-3.4227	0.2646	130	0.2301	2704	100
3.4227-4.312	0.2167	128	0.1764	2715	100
4.312-52.19	0.1552	114	0.1473	2796	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0089	0.2465	4.1586	6.9237	1.1546	4.6555	0.2604	0.5532	0.9555	-0.2553	-0.0875	-0.8802	-0.3377	1.2562	-0.1649	0.5635	-0.0836	0.1556	0.7747	0.0597	0.7821	37.722	3.1912	33.9043
2	6.9317	3.3586	3.4903	2.1253	1.27	7.0973	0.4803	0.3774	0.0074	-0.5953	-0.4676	-0.5178	0.5585	0.8236	0.0082	0.5129	0.1045	0.1342	0.5433	0.1707	0.5401	28.6186	-15.7842	29.4546
3	7.039	-2.152	-0.0808	7.2138	3.7319	2.8345	-0.0353	-0.4065	0.1058	0.7184	-0.1786	-0.3281	0.1864	0.6683	0.1802	0.5991	0.065	0.023	0.5696	0.1532	0.684	30.276	-12.826	37.334
4	1.7965	-0.5148	0.2022	3.1782	-0.626	0.0516	0.0652	0.3873	0.032	-0.2587	-0.0491	-0.0552	0.1077	0.1274	-0.0359	0.5921	0.1514	0.053	0.5826	-0.0071	0.4532	26.156	-34.1095	25.9966
5	1.5516	1.9021	1.4948	7.8689	7.5778	7.8998	0.1286	0.1294	-0.0376	0.9351	-0.3975	0.0062	0.6952	0.0633	0.0871	0.6298	0.1537	0.0165	0.4881	0.0921	0.4862	21.8493	-29.4922	34.5045
6	3.0169	1.7133	1.8967	1.0508	0.2364	4.2601	0.1939	0.2344	0.1827	0.1798	-0.2653	0.071	0.5974	-0.1171	0.0186	0.582	0.1366	0.0391	0.484	0.0313	0.5489	14.5788	-21.8202	29.8068
7	2.7811	-0.0431	3.2292	7.807	2.2562	7.0817	0.5882	1.1439	-0.3518	-2.3196	-0.571	0.3521	-0.2564	0.5004	-0.2091	0.9526	0.2328	0.0572	0.9288	0.147	0.5417	18.9182	-31.2439	13.1568
8	1.5938	1.1192	0.1419	4.5738	-0.5924	1.7366	-0.0687	0.3654	0.3416	-0.0774	0.088	0.3638	-0.1682	-0.0861	-0.0296	0.5866	0.1962	0.0469	0.5603	0.0765	0.5529	17.8779	-18.8972	24.5857
9	5.5391	-4.0983	0.9228	8.8882	0.5021	7.8594	0.2808	1.104	-0.506	-0.112	-0.7715	-0.623	-0.9499	1.1561	0.5127	0.9962	0.2301	0.091	1.2038	0.0455	1.0886	44.3975	-16.1344	14.4378
10	4.4861	-0.1388	0.2098	1.7098	1.9327	3.5851	0.0124	0.8588	-0.1869	-1.463	-0.3581	-1.0923	-0.0064	1.2904	0.3261	1.3726	0.1689	0.3202	1.1002	0.1848	0.7565	34.776	-15.7296	7.7309
11	5.5688	-2.3632	1.3209	1.9908	-2.0589	2.731	-0.1852	0.4626	-1.0676	-1.2338	0.4929	0.308	1.0612	-0.1082	-0.413	1.1088	0.1497	0.13	0.7232	0.0711	0.7707	28.8865	-18.7923	13.5752
12	2.1936	2.1151	1.6529	2.0641	1.6881	9.5657	-0.1342	0.2694	0.2042	-0.4816	0.2078	-0.1806	-0.4165	0.535	-0.0406	0.645	0.1303	0.0955	0.6041	0.1758	0.7574	34.0384	-9.2865	22.9996

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 26 )	A	4 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 42 )	A	27 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 43 through 59 )	A	43 - 59
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 60 through 94 )	A	60 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 119 )	A	95 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 139 )	A	120 - 139
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 140 through 161 )	A	140 - 161
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 162 through 213 )	A	162 - 213
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 214 through 230 )	A	214 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 231 through 245 )	A	231 - 245
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 246 through 260 )	A	246 - 260
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 261 through 294 )	A	261 - 294

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