PDB-7nln: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nln

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgB in complex with N-acetyl-glutamate

要素

Acetylglutamate kinase

キーワード

TRANSFERASE / ArgB Acetylglutamate kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylglutamate kinase / acetylglutamate kinase activity / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.92 Å

データ登録者

Mendes, V. / Thomas, S.E. / Cory-Wright, J. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7nln.ent.gz	187.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nln_validation.pdf.gz	839.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nln_full_validation.pdf.gz	841.9 KB	表示
XML形式データ	7nln_validation.xml.gz	25.3 KB	表示
CIF形式データ	7nln_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nln ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nln	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlrC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nncC 7nnfC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnvC 7nnwC 7nnyC 7nnzC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 2ap9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ap9-d 7nlf-1 7nlt-1 7nlu-1 7nm0-1 7nls-1 7nlw-1 7nn7-1 7nlx-1 7nnb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

63 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

A: Acetylglutamate kinase

B: Acetylglutamate kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
189 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.244, 100.244, 124.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...
2	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	6 - 46
1	2	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	48 - 77
1	3	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	79 - 82
1	4	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	83
1	5	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	5 - 294
1	6	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	5 - 294
1	7	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	5 - 294
1	8	1	(chain A and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	A	5 - 294
2	1	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 46
2	2	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	48 - 77
2	3	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	79 - 84
2	4	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	0
2	5	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	6	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	7	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	8	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	9	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	10	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	11	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294
2	12	1	(chain B and (resseq 6:46 or resseq 48:77 or resseq...	B	6 - 294

#1: タンパク質	Acetylglutamate kinase / N-acetyl-L-glutamate 5-phosphotransferase / NAG kinase / NAGK 分子量: 31212.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argB, Rv1654, MTCY06H11.19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WQ01, acetylglutamate kinase
#2: 化合物	ChemComp-NLG / N-ACETYL-L-GLUTAMATE 分子量: 189.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 1000 mM Potassium sodium tartrate 100 mM Imidazole/HCl pH 8.0 200 mM Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.919→124.53 Å / Num. obs: 54187 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 32.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 19.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.92-2.02	5.2	0.595	40764	7879	0.813	0.285	0.662	2.5	99.6
6.07-124.53	11.6	0.047	20495	1774	0.999	0.014	0.05	46	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.41 Å	86.81 Å
Translation	7.41 Å	86.81 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.1	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2AP9

2ap9

解像度: 1.92→71.216 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	2745	5.07 %
R_work	0.1649	51405	-
obs	0.1666	54150	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 121.06 Å² / B_iso mean: 42.9767 Å² / B_iso min: 20.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.92→71.216 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4227	0	38	322	4587
B_iso mean	-	-	54.22	47.36	-
残基数	-	-	-	-	579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	5908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	730
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	766
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.299	2563

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	2420	X-RAY DIFFRACTION	7.801	TORSIONAL
1	2	B	2420	X-RAY DIFFRACTION	7.801	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.92-1.9519	0.28	120	0.2571	2554	99
1.9519-1.9874	0.2914	126	0.2336	2534	100
1.9874-2.0256	0.2603	137	0.2037	2590	100
2.0256-2.067	0.2207	174	0.1955	2529	100
2.067-2.1119	0.2212	131	0.1819	2566	100
2.1119-2.161	0.2493	128	0.179	2582	100
2.161-2.2151	0.2036	112	0.1734	2595	100
2.2151-2.275	0.2088	130	0.175	2575	100
2.275-2.3419	0.2138	118	0.1723	2565	100
2.3419-2.4175	0.2202	154	0.1727	2556	100
2.4175-2.5039	0.216	137	0.1743	2571	100
2.5039-2.6042	0.2221	138	0.1787	2546	100
2.6042-2.7227	0.2108	145	0.1779	2556	100
2.7227-2.8663	0.2505	151	0.1848	2582	100
2.8663-3.0459	0.2234	136	0.1836	2573	100
3.0459-3.281	0.224	122	0.1806	2595	100
3.281-3.6112	0.2205	122	0.1666	2592	100
3.6112-4.1337	0.1677	181	0.1456	2530	100
4.1337-5.2078	0.1332	120	0.1284	2614	100
5.2078-71.216	0.1661	163	0.1495	2600	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.175	2.2006	1.1079	6.0417	1.1284	2.1659	-0.0076	-0.12	-0.2465	0.0669	0.1556	-0.3079	0.0059	0.2103	-0.1448	0.2825	-0.007	0.0306	0.2657	-0.0387	0.2686	-21.0444	12.5928	-23.1769
2	1.3019	0.4827	0.4891	3.293	-0.4653	0.833	0.0055	0.2281	-0.1282	-0.9196	-0.0794	-0.1479	0.253	0.1902	0.0664	0.4074	0.0519	0.0583	0.2931	-0.0102	0.2861	-34.502	-9.8803	-30.5907
3	2.4501	1.0122	0.3999	1.8168	0.4255	2.3328	-0.0149	0.3177	-0.0152	-0.2739	0.0804	-0.112	0.0304	0.1256	-0.0439	0.2803	0.0223	0.0022	0.2232	-0.0016	0.2304	-36.3588	0.5854	-32.4078
4	2.8202	1.0169	2.6303	1.8166	0.3731	6.7758	-0.0749	0.8814	-0.1529	-0.5265	0.3093	-0.2497	0.1015	0.9473	-0.187	0.3921	-0.0336	0.0302	0.4516	-0.0798	0.2926	-23.0627	6.6671	-39.8683
5	3.5766	3.7859	5.369	7.2605	4.0986	9.2536	0.3746	-0.5092	-0.2461	0.0176	-0.2047	0.5108	0.4178	-0.8678	-0.1258	0.3178	0.0349	0.0014	0.2837	0.028	0.3554	-79.5492	6.0839	-17.7875
6	4.578	0.3928	1.3033	5.3869	1.0891	3.9209	0.1328	0.1784	-0.0346	-0.1121	-0.0372	-0.026	0.1932	-0.0864	-0.0784	0.2047	-0.0001	0.0422	0.2159	0.0177	0.2201	-61.9159	-1.7101	-18.1184
7	3.6882	-1.4569	-0.4733	1.2012	0.7966	1.4471	-0.2143	-0.5787	-0.3721	0.426	0.2039	0.166	0.2579	0.1811	0.0023	0.3284	0.0167	0.0175	0.2777	0.0454	0.2641	-46.9637	-12.7278	-10.5865
8	9.7896	-6.4557	5.5357	6.8784	-4.6733	4.7053	0.2205	0.3076	-0.3376	-0.24	-0.1197	0.0161	0.236	0.3203	-0.1831	0.2372	0.0212	0.0213	0.1971	-0.0177	0.1922	-46.6518	-7.0223	-19.2872
9	3.917	0.6419	0.917	0.9035	0.6814	4.4882	-0.1564	-0.2117	0.2617	0.2554	0.1728	-0.1041	-0.4396	0.3498	-0.0177	0.2718	-0.0133	0.0147	0.1559	-0.0261	0.2208	-44.722	3.2175	-13.1851
10	3.5457	-0.9582	-0.2994	2.0488	-1.3646	4.789	-0.3279	-0.7425	-0.2517	1.4995	-0.0008	0.2988	0.0429	0.31	0.2757	0.5567	0.027	0.0673	0.4542	0.0016	0.2982	-42.6675	-6.5821	2.7314
11	3.1835	-0.194	-0.782	0.7703	0.3221	2.0298	0.0697	-0.3109	-0.0779	0.109	-0.0434	0.0699	0.0173	-0.0275	-0.0296	0.307	-0.0046	-0.0088	0.2255	-0.0057	0.246	-55.9965	-1.9586	-6.3659
12	5.2939	-0.6537	-1.0487	3.8783	-0.0935	6.7049	-0.0493	-0.5244	-0.3158	0.269	-0.0037	0.0161	0.2707	0.1183	0.0164	0.3528	-0.0032	0.0162	0.3207	-0.0106	0.211	-61.5978	-6.1196	5.0112
13	2.8513	0.3135	0.4462	2.4437	1.2912	6.6942	0.0101	-0.2309	0.1408	0.1786	0.0199	0.2847	-0.1237	-0.4814	-0.0366	0.2555	0.0254	0.0449	0.2186	0.0114	0.2896	-68.6038	-1.5709	-7.2032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 59 )	A	5 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 94 )	A	60 - 94
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 230 )	A	95 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 294 )	A	231 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 6 through 26 )	B	6 - 26
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 59 )	B	27 - 59
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 60 through 94 )	B	60 - 94
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 95 through 120 )	B	95 - 120
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 121 through 139 )	B	121 - 139
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 161 )	B	140 - 161
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 162 through 230 )	B	162 - 230
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 231 through 260 )	B	231 - 260
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 261 through 294 )	B	261 - 294

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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