PDB-7nl3: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nl3

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年2月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nl3.cif.gz	173.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nl3.ent.gz	114.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nl3_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nl3_full_validation.pdf.gz	431.1 KB	表示
XML形式データ	7nl3_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	7nl3_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/7nl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6sdu-3 5yns-d 6ajp-d 4ws1-d 4wru-d 3s7t-2 3n7o-d 3s7t-1 6jkv-2 2j86-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.780, 80.620, 80.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Alginate lyase (PL7) 分子量: 25452.715 Da / 分子数: 1 / 変異: Y223F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) 参照: UniProt: A0A485PVH1, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40.43 Å / Num. obs: 331071 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.93 % / B_iso Wilson estimate: 25.39 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.19
反射シェル	解像度: 1.7→1.81 Å / Num. unique obs: 50389 / CC_1/2: 0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	1.18.2_3874	データ収集
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.7→40.43 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1931	2384	4.99 %
R_work	0.1529	45409	-
obs	0.1549	47793	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1751	0	14	216	1981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0088	1843
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0716	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0658	294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	327
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.9882	258

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.74	0.3535	134	0.3123	2484	X-RAY DIFFRACTION	91.12
1.74-1.78	0.321	143	0.2935	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
1.78-1.82	0.3039	135	0.2582	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.86	0.2831	143	0.2348	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.91	0.2357	148	0.2095	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.97	0.2104	132	0.1836	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.97-2.03	0.1765	137	0.1747	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.11	0.2253	140	0.1658	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.19	0.1999	138	0.1535	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
2.19-2.29	0.2075	138	0.1349	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.41	0.1539	142	0.1332	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.41-2.56	0.1998	144	0.1375	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.76	0.197	140	0.1401	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.76-3.04	0.1863	142	0.1549	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.48	0.1664	142	0.1408	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.48-4.38	0.1578	141	0.1283	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.38-40.43	0.1923	145	0.1387	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.24388485472	-0.0379119049281	0.688754971756	4.13694923547	-0.774052048759	4.29874728856	-0.0520934543319	0.108164895841	-0.0469605680608	-0.179246513781	0.0475848704511	-0.16784477451	0.217225139942	0.289655633302	0.0204584603728	0.159823928612	0.021722726344	0.019779912239	0.138824901245	-0.0174186654439	0.122729974395	4.38269688822	12.6374715575	4.9924509904
2	1.35375757388	0.0968930834059	0.368589616972	1.69235240775	0.0344825208689	1.67096314763	-0.0280056043426	-0.150321589898	0.0843111281117	0.124575535219	0.0106251750173	-0.0111331353406	-0.0572794652255	-0.038616529002	0.0167895419047	0.185015078521	-0.00308747366288	-0.0076077262993	0.207704690512	-0.00319320180445	0.215631879904	1.64637678321	21.9958261998	21.0874894375
3	3.09364405534	-1.98391922363	-0.329796754906	6.52038452745	-0.646736568922	1.77987163735	-0.119337558234	-0.141131639193	0.258136636403	-0.170201360938	0.16431113761	0.336477441728	-0.253049209702	-0.462415686629	-0.0318344490355	0.233118252375	0.00687782008321	-0.0379354476598	0.171021260626	-0.022606333424	0.217888824229	-4.25523627192	18.1556568669	13.1696063066

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 63 )	0 - 63	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 232 )	64 - 232	43 - 222
3	3	chain 'A' and (resid 233 through 248 )	233 - 248	223 - 241

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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