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- PDB-7nl3: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nl3
タイトルCrystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F
要素Alginate lyase (PL7)
キーワードLYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase
機能・相同性Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)
機能・相同性情報
生物種Paradendryphiella salina (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)9082-00021B デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Unraveling the molecular mechanism of polysaccharide lyases for efficient alginate degradation.
著者: Rivas-Fernandez, J.P. / Vuillemin, M. / Pilgaard, B. / Klau, L.J. / Fredslund, F. / Lund-Hanssen, C. / Welner, D.H. / Meyer, A.S. / Morth, J.P. / Meilleur, F. / Aachmann, F.L. / Rovira, C. / Wilkens, C.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase (PL7)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6622
ポリマ－25,4531
非ポリマー2091
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area9890 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)34.780, 80.620, 80.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase (PL7)


分子量: 25452.715 Da / 分子数: 1 / 変異: Y223F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
参照: UniProt: A0A485PVH1, mannuronate-specific alginate lyase
#2: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER


分子量: 209.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40.43 Å / Num. obs: 331071 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.93 % / Biso Wilson estimate: 25.39 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.19
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Num. unique obs: 50389 / CC1/2: 0.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBE1.18.2_3874データ収集
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz


解像度: 1.7→40.43 Å / SU ML: 0.2083 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.8886
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1931 2384 4.99 %
Rwork0.1529 45409 -
obs0.1549 47793 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→40.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 0 14 216 1981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00881843
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07162518
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0658294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.9882258
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.740.35351340.31232484X-RAY DIFFRACTION91.12
1.74-1.780.3211430.29352633X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.820.30391350.25822709X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.860.28311430.23482695X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.910.23571480.20952697X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.970.21041320.18362680X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.030.17651370.17472675X-RAY DIFFRACTION99.96
2.03-2.110.22531400.16582662X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.190.19991380.15352727X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.290.20751380.13492667X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.410.15391420.13322656X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.560.19981440.13752686X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.760.1971400.14012718X-RAY DIFFRACTION99.93
2.76-3.040.18631420.15492679X-RAY DIFFRACTION99.93
3.04-3.480.16641420.14082689X-RAY DIFFRACTION99.86
3.48-4.380.15781410.12832676X-RAY DIFFRACTION100
4.38-40.430.19231450.13872676X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.24388485472-0.03791190492810.6887549717564.13694923547-0.7740520487594.29874728856-0.05209345433190.108164895841-0.0469605680608-0.1792465137810.0475848704511-0.167844774510.2172251399420.2896556333020.02045846037280.1598239286120.0217227263440.0197799122390.138824901245-0.01741866544390.1227299743954.3826968882212.63747155754.9924509904
21.353757573880.09689308340590.3685896169721.692352407750.03448252086891.67096314763-0.0280056043426-0.1503215898980.08431112811170.1245755352190.0106251750173-0.0111331353406-0.0572794652255-0.0386165290020.01678954190470.185015078521-0.00308747366288-0.00760772629930.207704690512-0.003193201804450.2156318799041.6463767832121.995826199821.0874894375
33.09364405534-1.98391922363-0.3297967549066.52038452745-0.6467365689221.77987163735-0.119337558234-0.1411316391930.258136636403-0.1702013609380.164311137610.336477441728-0.253049209702-0.462415686629-0.03183444903550.2331182523750.00687782008321-0.03793544765980.171021260626-0.0226063334240.217888824229-4.2552362719218.155656866913.1696063066
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 0 through 63 )0 - 631 - 42
22chain 'A' and (resid 64 through 232 )64 - 23243 - 222
33chain 'A' and (resid 233 through 248 )233 - 248223 - 241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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