+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8bjo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase mutant Y220F in complex with hexa-mannuronic acid | ||||||
要素 | Alginate lyase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / beta-jelly roll / alginate lyase / complex | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paradendryphiella salina (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | ||||||
データ登録者 | Wilkens, C. / Morth, J.P. | ||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase mutant Y220F in complex with hexa-mannuronic acid 著者: Wilkens, C. / Morth, J.P. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8bjo.cif.gz | 173 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8bjo.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8bjo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/8bjo | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 6ywfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25528.244 Da / 分子数: 1 / 変異: Y220F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A7I9C8Z1 |
---|---|
#2: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 1074.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.13 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2 M Ammonium sulfate; 0.1 Sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.7749 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7749 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→19.05 Å / Num. obs: 28650 / % possible obs: 91.08 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.2 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 8.35 |
反射 シェル | 解像度: 1.51→1.56 Å / Num. unique obs: 2660 / CC1/2: 0.86 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6YWF 解像度: 1.51→19.05 Å / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.1936 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→19.05 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|