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- PDB-8c3x: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8c3x | ||||||
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Title | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase | ||||||
![]() | Alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE / Alginate lyase / beta-jelly roll | ||||||
Function / homology | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fredslund, F. / Welner, D.W. / Wilkens, C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7C alginate lyase Authors: Fredslund, F. / Welner, D.W. / Wilkens, C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 153.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 99.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 425.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 426.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8bjrC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 25544.244 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: 25% PEG3350; 0.1M Bis-Tris pH 5.5; 0.5M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X CdTe 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 1, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.6888 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 0.82→37.47 Å / Num. obs: 421544 / % possible obs: 99.91 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 8.66 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 0.91 |
Reflection shell | Resolution: 0.82→0.85 Å / Num. unique obs: 21492 / CC1/2: 0.29 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 14.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 0.82→37.47 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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