PDB-7ndv: X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ndv

タイトル

X-ray structure of acetylcholine-binding protein (AChBP) in complex with FL001888.

要素

Acetylcholine-binding protein

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / Fragment based drug design / Acetylcholine-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

synaptic cleft / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / synapse / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Cederfelt, D. / Boronat, P. / Dobritzsch, D. / Hennig, S. / Fitzgerald, E.A. / de Esch, I.J.P. / Danielson, U.H.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: RSC Advances / 年: 2021
タイトル: Discovery of fragments inducing conformational effects in dynamic proteins using a second-harmonic generation biosensor
著者: Fitzgerald, E.A. / Butko, M.T. / Boronat, P. / Cederfelt, D. / Abramsson, M. / Ludviksdottir, H. / van Muijlwijk-Koezen, J. / de Esch, I.J.P. / Dobritzsch, D. / Young, T. / Danielson, U.H.

履歴

登録	2021年2月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ndv.cif.gz	441.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ndv.ent.gz	361.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ndv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1uw6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wip-1 3u8l-1 3u8n-1 3wtk-d 7ndp-2 4alx-2 1uw6-2 3u8k-4 4um3-8 3zdh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

274 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetylcholine-binding protein

B: Acetylcholine-binding protein

C: Acetylcholine-binding protein

D: Acetylcholine-binding protein

E: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The assembly was supported with Second harmonic generation experiments.
137 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Acetylcholine-binding protein

G: Acetylcholine-binding protein

H: Acetylcholine-binding protein

I: Acetylcholine-binding protein

J: Acetylcholine-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, The assembly was supported with Second harmonic generation experiments.
137 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.680, 121.270, 239.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	1	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
1	2	GLY	GLY	A	A	20 - 224	20 - 224
2	2	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
1	3	GLY	GLY	A	A	20 - 224	20 - 224
2	3	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
1	4	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	4	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
1	5	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	5	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	6	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	6	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	7	LYS	LYS	A	A	20 - 223	20 - 223
2	7	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	8	GLY	GLY	A	A	20 - 224	20 - 224
2	8	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	9	LYS	LYS	A	A	20 - 222	20 - 222
2	9	LYS	LYS	J	J	20 - 222	20 - 222
1	10	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	10	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
1	11	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	11	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
1	12	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	12	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
1	13	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	13	LYS	LYS	F	F	20 - 222	20 - 222
1	14	ILE	ILE	B	B	20 - 228	20 - 228
2	14	ILE	ILE	G	G	20 - 228	20 - 228
1	15	ILE	ILE	B	B	20 - 228	20 - 228
2	15	ILE	ILE	H	H	20 - 228	20 - 228
1	16	LYS	LYS	B	B	20 - 223	20 - 223
2	16	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	17	LYS	LYS	B	B	20 - 222	20 - 222
2	17	LYS	LYS	J	J	20 - 222	20 - 222
1	18	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	18	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
1	19	LYS	LYS	C	C	20 - 222	20 - 222
2	19	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
1	20	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	20	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	21	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	21	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	22	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	22	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	23	GLY	GLY	C	C	20 - 224	20 - 224
2	23	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	24	LYS	LYS	C	C	20 - 223	20 - 223
2	24	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	25	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	25	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
1	26	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	26	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	27	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	27	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
1	28	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	28	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
1	29	GLY	GLY	D	D	20 - 224	20 - 224
2	29	GLY	GLY	I	I	20 - 224	20 - 224
1	30	LYS	LYS	D	D	20 - 223	20 - 223
2	30	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	31	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	31	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
1	32	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
2	32	LYS	LYS	G	G	20 - 222	20 - 222
1	33	LYS	LYS	E	E	20 - 222	20 - 222
2	33	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
1	34	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	34	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	35	LYS	LYS	E	E	20 - 223	20 - 223
2	35	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	36	LYS	LYS	F	F	20 - 222	20 - 222
2	36	LYS	LYS	G	G	20 - 222	20 - 222
1	37	LYS	LYS	F	F	20 - 222	20 - 222
2	37	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
1	38	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	38	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	39	LYS	LYS	F	F	20 - 223	20 - 223
2	39	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223
1	40	ILE	ILE	G	G	20 - 228	20 - 228
2	40	ILE	ILE	H	H	20 - 228	20 - 228
1	41	LYS	LYS	G	G	20 - 223	20 - 223
2	41	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	42	LYS	LYS	G	G	20 - 222	20 - 222
2	42	LYS	LYS	J	J	20 - 222	20 - 222
1	43	LYS	LYS	H	H	20 - 223	20 - 223
2	43	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
1	44	LYS	LYS	H	H	20 - 222	20 - 222
2	44	LYS	LYS	J	J	20 - 222	20 - 222
1	45	LYS	LYS	I	I	20 - 223	20 - 223
2	45	LYS	LYS	J	J	20 - 223	20 - 223

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質

Acetylcholine-binding protein / ACh-binding protein / AchBP

分子量: 27060.320 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Lymnaea stagnalis (無脊椎動物)
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P58154

#2: 化合物

ChemComp-U8Q / 4-[4-(trifluoromethyl)phenoxy]piperidine / 4-[4-(トリフルオロメチル)フェノキシ]ピペリジン

分子量: 245.241 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄F₃NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG3350 3% Ammonium sulphate 1.8M HEPES buffer 0.1M, pH 7.75

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976238 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月4日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976238 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 244709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.67 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.05
反射シェル	解像度: 1.7→1.7 Å / Num. unique obs: 38136 / CC_1/2: 0.413

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UW6

1uw6

解像度: 1.7→48.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.664 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.118 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23314	12236	5 %	RANDOM
R_work	0.20503	-	-	-
obs	0.20644	232473	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.03 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16304	0	243	1118	17665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	17085
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	15355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.612	1.651	23367
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.349	1.579	35716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.441	5	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.1	21.903	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.937	15	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.155	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	18929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.489	3.842	8197
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.483	3.841	8196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.784	5.736	10229
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.784	5.737	10230
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.799	4.483	8888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.79	4.478	8873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.183	6.48	13090
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.146	45.386	18420
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.138	45.077	18164
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.376	896	-
R_work	0.393	17027	-
obs	-	-	99.87 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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