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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ncz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with hexa-mannuronic acid | ||||||
![]() | Alginate lyase (PL7) | ||||||
![]() | LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase mutant Y223F in complex with hexa-mannuronic acid 著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ywfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25452.715 Da / 分子数: 1 / 変異: Y223F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A485PVH1, mannuronate-specific alginate lyase |
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#2: 多糖 | beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1250.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 |
#3: 化合物 | ChemComp-BTB / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→40.6 Å / Num. obs: 53721 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.96 % / Biso Wilson estimate: 22.33 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.36 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.73 Å / Num. unique obs: 8113 / CC1/2: 0.46 / % possible all: 96.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6YWF 解像度: 1.64→40.6 Å / SU ML: 0.1849 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.9321 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→40.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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