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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nay
タイトルCrystal structure of lactate dehydrogenase from Selenomonas ruminantium with NADH.
要素L-lactate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SELENOMONAS RUMINANTIUM / LACTATE DEHYDROGENASE / NADH
機能・相同性
機能・相同性情報


L-lactate dehydrogenase / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / MALONIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / L-lactate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Selenomonas ruminantium (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Bertrand, Q. / Robin, A. / Girard, E. / Madern, D.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: Biochemical, structural and dynamical characterizations of the lactate dehydrogenase from Selenomonas ruminantium provide information about an intermediate evolutionary step prior to ...タイトル: Biochemical, structural and dynamical characterizations of the lactate dehydrogenase from Selenomonas ruminantium provide information about an intermediate evolutionary step prior to complete allosteric regulation acquisition in the super family of lactate and malate dehydrogenases.
著者: Bertrand, Q. / Coquille, S. / Iorio, A. / Sterpone, F. / Madern, D.
履歴
登録2021年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年3月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,70813
ポリマ－35,9261
非ポリマー1,78212
水5,188288
1
A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,83252
ポリマ－143,7034
非ポリマー7,12848
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area33960 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area37010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.750, 104.260, 110.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-561-

HOH

21A-740-

HOH

31A-746-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 L-lactate dehydrogenase / L-LDH


分子量: 35925.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Presence of 2 modified cysteines that are appearing during crystallisation process. Confirmed by Mass spectrometry on dissolved crystals.
由来: (組換発現) Selenomonas ruminantium (バクテリア)
遺伝子: ldh, ldhL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EVR0, L-lactate dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 300分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 21 % PEG 1500 150 mM Malonate-Imidazole-Boric Acid pH 5 (MIB-PACT) 10 mM Sodium Bicarbonate pH 8 10 mM Tb-XO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: Xenocs GeniX 3D Cu HF / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→38.61 Å / Num. obs: 31954 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.17
反射 シェル解像度: 1.84→1.95 Å / 冗長度: 5.3 % / Num. unique obs: 5035 / CC1/2: 0.83 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS20200417データ削減
XDS20200417データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D0O

3d0o


解像度: 1.84→38.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.69 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.188 3196 10 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.149 28758 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.68 Å2 / Biso mean: 18.2 Å2 / Biso min: 8.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å20 Å2
2--0.9 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2496 0 103 288 2887
Biso mean--23.84 31.99 -
残基数----322
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0132760
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.6463741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4511.5825980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8755346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.61422.955132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.1615466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7761514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.84→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 233 -
Rwork0.251 2095 -
all-2328 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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