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Yorodumi- PDB-8q3c: Structure of Selenomonas ruminantium lactate dehydrogenase I85R mutant -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8q3c | ||||||
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Title | Structure of Selenomonas ruminantium lactate dehydrogenase I85R mutant | ||||||
Components | (L-lactate dehydrogenase) x 2 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Allosteric regulation / lactate dehydrogenase / mutant | ||||||
Function / homology | Function and homology information L-lactate dehydrogenase / carboxylic acid metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / carbohydrate metabolic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Selenomonas ruminantium (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Bertrand, Q. / Coquille, S. / Iorio, A. / Sterpone, F. / Madern, D. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: J.Struct.Biol. / Year: 2023 Title: Biochemical, structural and dynamical characterizations of the lactate dehydrogenase from Selenomonas ruminantium provide information about an intermediate evolutionary step prior to complete ...Title: Biochemical, structural and dynamical characterizations of the lactate dehydrogenase from Selenomonas ruminantium provide information about an intermediate evolutionary step prior to complete allosteric regulation acquisition in the super family of lactate and malate dehydrogenases. Authors: Bertrand, Q. / Coquille, S. / Iorio, A. / Sterpone, F. / Madern, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8q3c.cif.gz | 626.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8q3c.ent.gz | 530 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8q3c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8q3c_validation.pdf.gz | 479.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8q3c_full_validation.pdf.gz | 487.1 KB | Display | |
Data in XML | 8q3c_validation.xml.gz | 39 KB | Display | |
Data in CIF | 8q3c_validation.cif.gz | 53.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/8q3c | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7nayC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules HNaU
#1: Protein | Mass: 35061.012 Da / Num. of mol.: 3 / Mutation: I85R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Selenomonas ruminantium (bacteria) / Gene: ldh / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9EVR0 #2: Protein | | Mass: 35141.012 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: I85R Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Selenomonas ruminantium (bacteria) / Gene: ldh / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9EVR0 |
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-Non-polymers , 4 types, 16 molecules
#3: Chemical | ChemComp-PO4 / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-CL / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.82 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1 M BisTris propane pH 7.5, 0.2 M NaNO3, 16 to 26 % PEG 3,350 (optimized from Molecular Dimensions PACT screen, condition 77). |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM07 / Wavelength: 0.979507 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 30, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979507 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.78→19.81 Å / Num. obs: 60734 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7.05 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.12 |
Reflection shell | Resolution: 2.78→2.85 Å / Redundancy: 6.35 % / Mean I/σ(I) obs: 0.36 / Num. unique obs: 4430 / CC1/2: 0.117 / Rpim(I) all: 0.619 / % possible all: 98.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1→19.81 Å / SU ML: 0.44 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 33.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→19.81 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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