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- PDB-7nab: Crystal structure of human neutralizing mAb CV3-25 binding to SAR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nab
タイトルCrystal structure of human neutralizing mAb CV3-25 binding to SARS-CoV-2 S MPER peptide 1140-1165
要素
  • CV3-25 Fab Heavy Chain
  • CV3-25 Fab Light Chain
  • Spike protein S2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / human neutralizing mAb / MPER-targeting / SARS-CoV-2 / spike / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chen, Y. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentStart-up funds from the Uniformed Services University of the Health Sciences 米国
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis and mode of action for two broadly neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 emerging variants of concern.
著者: Wenwei Li / Yaozong Chen / Jérémie Prévost / Irfan Ullah / Maolin Lu / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain Gasser / Dani Vézina / Sai Priya Anand / Guillaume Goyette / Debashree ...著者: Wenwei Li / Yaozong Chen / Jérémie Prévost / Irfan Ullah / Maolin Lu / Shang Yu Gong / Alexandra Tauzin / Romain Gasser / Dani Vézina / Sai Priya Anand / Guillaume Goyette / Debashree Chaterjee / Shilei Ding / William D Tolbert / Michael W Grunst / Yuxia Bo / Shijian Zhang / Jonathan Richard / Fei Zhou / Rick K Huang / Lothar Esser / Allison Zeher / Marceline Côté / Priti Kumar / Joseph Sodroski / Di Xia / Pradeep D Uchil / Marzena Pazgier / Andrés Finzi / Walther Mothes /
要旨: Emerging variants of concern for the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can transmit more efficiently and partially evade protective immune responses, thus necessitating ...Emerging variants of concern for the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) can transmit more efficiently and partially evade protective immune responses, thus necessitating continued refinement of antibody therapies and immunogen design. Here, we elucidate the structural basis and mode of action for two potent SARS-CoV-2 spike (S)-neutralizing monoclonal antibodies, CV3-1 and CV3-25, which remain effective against emerging variants of concern in vitro and in vivo. CV3-1 binds to the (485-GFN-487) loop within the receptor-binding domain (RBD) in the "RBD-up" position and triggers potent shedding of the S1 subunit. In contrast, CV3-25 inhibits membrane fusion by binding to an epitope in the stem helix region of the S2 subunit that is highly conserved among β-coronaviruses. Thus, vaccine immunogen designs that incorporate the conserved regions in the RBD and stem helix region are candidates to elicit pan-coronavirus protective immune responses.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2021
タイトル: A protective broadly cross-reactive human antibody defines a conserved site of vulnerability on beta-coronavirus spikes.
著者: Zhou, P. / Yuan, M. / Song, G. / Beutler, N. / Shaabani, N. / Huang, D. / He, W.T. / Zhu, X. / Callaghan, S. / Yong, P. / Anzanello, F. / Peng, L. / Ricketts, J. / Parren, M. / Garcia, E. / ...著者: Zhou, P. / Yuan, M. / Song, G. / Beutler, N. / Shaabani, N. / Huang, D. / He, W.T. / Zhu, X. / Callaghan, S. / Yong, P. / Anzanello, F. / Peng, L. / Ricketts, J. / Parren, M. / Garcia, E. / Rawlings, S.A. / Smith, D.M. / Nemazee, D. / Teijaro, J.R. / Rogers, T.F. / Wilson, I.A. / Burton, D.R. / Andrabi, R.
履歴
登録2021年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: CV3-25 Fab Heavy Chain
L: CV3-25 Fab Light Chain
A: CV3-25 Fab Heavy Chain
B: CV3-25 Fab Light Chain
D: Spike protein S2
C: Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,89523
ポリマ－101,3356
非ポリマー56017
水8,989499
1
H: CV3-25 Fab Heavy Chain
L: CV3-25 Fab Light Chain
C: Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,89713
ポリマ－50,6673
非ポリマー23010
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
2
A: CV3-25 Fab Heavy Chain
B: CV3-25 Fab Light Chain
D: Spike protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,99810
ポリマ－50,6673
非ポリマー3307
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5920 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area20890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.762, 85.241, 87.067
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 DC

#3: タンパク質・ペプチド Spike protein S2


分子量: 3094.363 Da / 分子数: 2 / Fragment: SARS-CoV-2 S2 peptide (1140-1165) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GeneScript synthezied peptide
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 CV3-25 Fab Heavy Chain


分子量: 24457.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 CV3-25 Fab Light Chain


分子量: 23115.553 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 516分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10mg/mL CV3-25 Fab mixed with 10-fold (molar-ratio) of S2 peptide (1140-1165), 0.1M Na citrate pH 5.6, 20% PEG4000, 20% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日
放射モノクロメーター: M1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 57884 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 38.72 Å2 / CC1/2: 0.942 / CC star: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.221 / Χ2: 1.113 / Net I/av σ(I): 6.18 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.14-2.2230.4892.3356530.7140.9130.3290.5921.07196.3
2.22-2.313.40.42957460.7560.2770.5131.15898.6
2.31-2.413.40.37458230.8120.2420.4481.13798.6
2.41-2.543.40.32658280.840.210.3891.14799
2.54-2.73.30.27457750.8750.1760.3271.17398.3
2.7-2.93.20.22857030.9040.1480.2731.21996.5
2.9-3.23.50.20958120.9260.1310.2471.13598.9
3.2-3.663.40.1958700.910.1210.2261.10299
3.66-4.613.30.16657440.9350.1090.1990.99297
4.61-103.40.15859300.9470.1010.1881.00198.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX1.19.2_4158位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SABPred model

解像度: 2.15→38.56 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 2006 3.47 %
Rwork0.1852 55812 -
obs0.187 57818 95.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.98 Å2 / Biso mean: 45.1477 Å2 / Biso min: 24.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→38.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7022 0 29 499 7550
Biso mean--57.34 46.34 -
残基数----920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.20.27611080.2462778288667
2.2-2.260.29441490.23314026417598
2.26-2.320.26351420.22184050419298
2.32-2.40.25491420.21794100424299
2.4-2.490.27651520.22764130428299
2.49-2.590.28951570.22464092424999
2.59-2.70.31431450.22454039418498
2.7-2.840.28061360.21413987412396
2.85-3.020.26361490.21214067421699
3.02-3.260.23871440.20034105424999
3.26-3.580.21041480.17494150429899
3.58-4.10.22691340.16764041417597
4.1-5.170.20351490.13664116426598
5.17-38.560.21431510.17244131428297
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.32230.6525-0.8622.5833-0.80424.97310.0696-0.0503-0.09320.29080.0523-0.0035-0.06890.0946-0.06130.30570.0131-0.04150.33730.02020.2886-12.519627.4098-17.1297
20.94090.52060.4951.91781.89111.8733-0.0598-0.031-0.07690.1230.2375-0.4122-0.2950.5102-0.11830.5189-0.006-0.11870.56840.04170.4211-5.879824.8026-10.7961
32.275-0.2826-1.22242.47780.22331.89780.0695-0.08090.21380.2350.11270.11460.04780.2125-0.20040.34050.0389-0.02090.3527-0.01550.3296-9.365328.4355-17.7239
41.534-0.8976-1.1321.88690.4051.25290.0252-0.30880.0110.20610.09680.0041-0.04110.22480.68970.3133-0.0145-0.02240.3765-0.02620.3073-55.9961-12.2891-17.9057
52.6296-0.99111.07752.45581.8323.6858-0.15330.45460.6769-0.935-0.3223-0.9569-0.91050.00190.480.7101-0.0418-0.0260.460.04880.7074-61.611333.7144-19.7286
61.5738-0.7296-1.419920.13554.3584-0.13290.1363-0.21720.05530.00950.3550.3739-0.6540.13350.3042-0.0850.01110.3809-0.03990.3759-66.656822.0591-19.1507
70.8370.6637-0.56722.0698-0.34741.25950.206-0.09770.1228-0.1531-0.0674-0.2504-0.22380.167500.36070.00410.0110.354-0.0240.3503-43.3047-4.411-33.621
83.24861.28031.47911.132.03044.005-0.2495-0.26830.1576-0.72680.05990.22530.1694-0.0682-0.57920.41130.07220.08040.28140.02640.2322-46.487816.6467-35.0141
91.33250.7531-0.72691.6480.07123.18760.0166-0.3526-0.03750.3213-0.0718-0.14170.27160.42280.06570.39880.0076-0.01530.4422-0.00850.3301-51.655626.9132-15.563
101.92380.3041-1.26981.3457-0.58931.97020.1242-0.37530.14340.2486-0.0351-0.04240.13060.3412-0.0450.38840.0063-0.01110.4047-0.00950.4195-50.512428.9182-17.7492
115.6852.1091-1.26273.8689-1.44145.336-0.5270.2455-1.37230.4690.37831.52781.8197-0.65660.40710.7307-0.16210.16890.5529-0.02960.9791-58.1574-35.7107-26.7339
125.8669-1.06081.21694.6139-0.33897.9339-0.1050.89580.3027-0.6712-0.35640.4893-0.3447-0.08660.44790.43510.0285-0.06420.4123-0.05250.4442-50.3308-26.4287-32.1304
136.65180.42160.3153.6693-3.64763.70330.30310.2183-1.42250.84580.28230.3111.049-1.2052-0.18090.9203-0.15950.18890.497-0.13490.6928-15.5099-34.6948-27.5604
148.5681-0.3393-0.99725.09852.6482.92370.5961.3695-0.3134-0.7302-0.44580.2919-0.5409-0.02250.02210.51860.14210.09630.45280.02850.5132-7.9042-26.0738-32.4788
151.1802-0.2534-0.37391.98230.09341.3632-0.02950.0638-0.04120.16690.04340.04550.1319-0.1227-0.04210.2905-0.0063-0.00460.30340.02580.2585-14.9589-12.3467-18.3152
163.1953-1.3180.98232.43362.04794.6106-0.11330.24550.5739-0.7965-0.0789-1.0904-1.26310.4890.05490.6199-0.04510.04670.44670.15940.6636-20.276933.8081-20.5575
171.7291-0.1998-0.50612.4796-0.4631.4603-0.05380.1982-0.04580.14430.07320.52070.0157-0.28230.01410.30380.0141-0.02030.40290.05140.4459-25.535522.3463-20.5172
180.26510.092-0.00530.129-0.0960.0734-0.039-0.30280.1425-0.093-0.0762-0.2725-0.05330.21930.00030.4306-0.00130.03640.3628-0.01390.391.86883.0204-32.3355
190.55440.6369-0.03950.8171-0.28630.64450.06210.0961-0.1573-0.0063-0.05750.0291-0.03430.00280.00010.3360.01040.00740.3045-0.00340.2997-2.8771-6.8759-33.955
200.40820.3757-0.08520.42790.1920.6856-0.0196-0.09240.0581-0.15290.035-0.1997-0.01210.0378-0.00010.32170.0006-0.0070.3026-0.0110.363-0.8711-4.5246-32.5532
213.5203-1.16131.39510.47580.0332.9344-0.0565-0.0760.2695-0.16840.1674-0.1283-0.2418-0.2351-0.30190.2366-0.01920.04360.22230.02940.0802-4.18916.7364-34.6394
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'L' and (resid 114 through 150 )L114 - 150
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'L' and (resid 151 through 163 )L151 - 163
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 164 through 212 )L164 - 212
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 119 )A1 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 134 )A120 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 135 through 214 )A135 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 101 )B1 - 101
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 102 through 113 )B102 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 114 through 163 )B114 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 164 through 213 )B164 - 213
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1146 through 1155 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 1156 through 1165 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1146 through 1156 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1157 through 1165 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 1 through 119 )H1 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 120 through 134 )H120 - 134
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 135 through 214 )H135 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 1 through 18 )L1 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 19 through 61 )L19 - 61
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 62 through 101 )L62 - 101
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 102 through 113 )L102 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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