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- PDB-7n86: Crystal Structure of Human Protocadherin-24 EC1-2 Form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n86
タイトルCrystal Structure of Human Protocadherin-24 EC1-2 Form II
要素Cadherin-related family member 2
キーワードCELL ADHESION / BRUSH BORDER / CALCIUM BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / intermicrovillar adhesion / regulation of microvillus length / cell-cell adhesion mediated by cadherin / anchoring junction / microvillus membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / brush border / cell adhesion molecule binding / epithelial cell differentiation ...negative regulation of cell growth involved in contact inhibition / intermicrovillar adhesion / regulation of microvillus length / cell-cell adhesion mediated by cadherin / anchoring junction / microvillus membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / brush border / cell adhesion molecule binding / epithelial cell differentiation / brush border membrane / apical plasma membrane / calcium ion binding / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherins domain profile. / Cadherin-like / Cadherin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Cadherin-related family member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.175 Å
データ登録者Modak, D. / Gray, M.E. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)R01 DK095811 米国
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Heterophilic and homophilic cadherin interactions in intestinal intermicrovillar links are species dependent.
著者: Gray, M.E. / Johnson, Z.R. / Modak, D. / Tamilselvan, E. / Tyska, M.J. / Sotomayor, M.
履歴
登録2021年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cadherin-related family member 2
B: Cadherin-related family member 2
C: Cadherin-related family member 2
D: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,58432
ポリマ－104,1694
非ポリマー3,41528
水59433
1
A: Cadherin-related family member 2
B: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,86416
ポリマ－52,0852
非ポリマー1,77914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area21010 Å2
手法PISA
2
C: Cadherin-related family member 2
D: Cadherin-related family member 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,72016
ポリマ－52,0852
非ポリマー1,63614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area21380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.899, 86.641, 104.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.458, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
32A
42C
53A
63D
74B
84C
95B
105D
116C
126D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA1 - 2151 - 215
21PROPROBB1 - 2151 - 215
32ASPASPAA1 - 2131 - 213
42ASPASPCC1 - 2131 - 213
53GLNGLNAA1 - 2141 - 214
63GLNGLNDD1 - 2141 - 214
74ASPASPBB1 - 2131 - 213
84ASPASPCC1 - 2131 - 213
95GLNGLNBB1 - 2141 - 214
105GLNGLNDD1 - 2141 - 214
116ASPASPCC1 - 2131 - 213
126ASPASPDD1 - 2131 - 213

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Global NCS restraints between domains: 1 2
2Global NCS restraints between domains: 3 4
3Global NCS restraints between domains: 5 6
4Global NCS restraints between domains: 7 8
5Global NCS restraints between domains: 9 10
6Global NCS restraints between domains: 11 12

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
Cadherin-related family member 2 / Protocadherin LKC / PC-LKC / Protocadherin-24


分子量: 26042.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cleaved signal peptide (1-20) not included / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDHR2, PCDH24, PCLKC / プラスミド: PHIS-N1 / 細胞株 (発現宿主): EXPI293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYE9
#2: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 57分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 MM NaI 20% PEG3350 CDHR5 EC1-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.175→50 Å / Num. obs: 18809 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 3.175→3.23 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 810 / CC1/2: 0.277 / % possible all: 89.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CZR

5czr


解像度: 3.175→49.147 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.81 / SU B: 25.538 / SU ML: 0.438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.593 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 862 4.767 %
Rwork0.2135 17221 -
all0.217 --
obs-18083 95.219 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 41.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.375 Å2-0 Å2-1.706 Å2
2--0.913 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.175→49.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6500 0 187 33 6720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0136817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0176366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.021.6659295
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4891.59814703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2315841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53125.069290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.808151054
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7861512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.21069
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2260.25797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.23223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1080.23763
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1370.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3130.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2970.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3230.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2660.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4693.9923386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.4673.9913385
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.4665.9794219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.4655.984220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.7664.7463431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.7664.7463431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.3866.8495076
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other11.3856.8515077
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it15.89979.89326635
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other15.89979.89526630
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight Biso : 0.86601 / Weight position: 0.0866

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
11A8.866220.50982
12B8.866220.50982
23A8.281940.63083
24C8.281940.63083
35A7.25430.4381
36D7.25430.4381
47B7.614330.45163
48C7.614330.45163
59B8.546550.56262
510D8.546550.56262
611C8.117020.57889
612D8.117020.57889
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.175-3.2570.313570.2351008X-RAY DIFFRACTION77.4545
3.257-3.3460.328710.2331195X-RAY DIFFRACTION92.6794
3.346-3.4430.338660.2351156X-RAY DIFFRACTION93.2824
3.443-3.5490.341750.2321160X-RAY DIFFRACTION94.8541
3.549-3.6650.336540.2311131X-RAY DIFFRACTION96.1851
3.665-3.7930.312520.2141134X-RAY DIFFRACTION97.5329
3.793-3.9360.334460.1881099X-RAY DIFFRACTION98.0308
3.936-4.0970.244320.1851061X-RAY DIFFRACTION98.2914
4.097-4.2790.235460.1771008X-RAY DIFFRACTION97.0534
4.279-4.4870.244420.179947X-RAY DIFFRACTION97.1513
4.487-4.7290.199410.161881X-RAY DIFFRACTION94.4672
4.729-5.0160.208420.152887X-RAY DIFFRACTION98.62
5.016-5.3610.243470.166827X-RAY DIFFRACTION99.3182
5.361-5.7890.298370.186779X-RAY DIFFRACTION99.5122
5.789-6.340.283390.209697X-RAY DIFFRACTION99.0579
6.34-7.0850.302290.226653X-RAY DIFFRACTION98.8406
7.085-8.1740.281290.225555X-RAY DIFFRACTION98.1513
8.174-9.9950.293250.299464X-RAY DIFFRACTION94.9515
9.995-14.0680.363240.334372X-RAY DIFFRACTION97.0588
14.068-49.1470.39480.415207X-RAY DIFFRACTION90.7173

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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