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万見
- PDB-2e42: Crystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer V285A mutant bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2.0E+42
タイトルCrystal structure of C/EBPbeta Bzip homodimer V285A mutant bound to A High Affinity DNA fragment
要素
  • CCAAT/enhancer-binding protein beta
  • DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
  • DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation ...granuloma formation / regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of sodium-dependent phosphate transport / CHOP-C/EBP complex / C/EBP complex / positive regulation of biomineral tissue development / myeloid cell development / integrated stress response signaling / T-helper 1 cell activation / hepatocyte proliferation / Response of EIF2AK1 (HRI) to heme deficiency / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / regulation of osteoclast differentiation / mammary gland epithelial cell differentiation / condensed chromosome, centromeric region / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of interleukin-6 production / mammary gland epithelial cell proliferation / histone acetyltransferase binding / positive regulation of interleukin-4 production / regulation of cell differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / Transcriptional Regulation by VENTX / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of fat cell differentiation / embryonic placenta development / positive regulation of osteoblast differentiation / brown fat cell differentiation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / ovarian follicle development / negative regulation of T cell proliferation / response to endoplasmic reticulum stress / liver regeneration / acute-phase response / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to amino acid stimulus / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / kinase binding / histone deacetylase binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear matrix / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of inflammatory response / neuron differentiation / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / negative regulation of neuron apoptotic process / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CCAAT/enhancer-binding protein, chordates / : / Basic region leucine zipper / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CCAAT/enhancer-binding protein beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sato, K. / Shiina, M. / Hamada, K. / Ogata, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis for Flexible Base Recognition by C/Ebpbeta
著者: Tahirov, T.H. / Inoue-Bungo, T. / Sato, K. / Shiina, M. / Hamada, K. / Ogata, K.
履歴
登録2006年12月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')
D: DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
A: CCAAT/enhancer-binding protein beta
B: CCAAT/enhancer-binding protein beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5024
ポリマ－28,5024
非ポリマー00
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.881, 113.319, 74.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DTP*DAP*DGP*DGP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DAP*DT)-3')


分子量: 4937.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DAP*DAP*DTP*DAP*DTP*DTP*DGP*DCP*DGP*DCP*DAP*DAP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')


分子量: 4857.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 CCAAT/enhancer-binding protein beta / C/EBP beta / Nuclear factor NF-IL6 / Transcription factor 5


分子量: 9353.815 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 259-336 / Mutation: V285A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEBPB, TCF5 / プラスミド: PAR VECTOR / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17676
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 %
結晶化pH: 6
詳細: magnesium chloride, MES, PEG400, PH 6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1magnesium chloride11
2MES11
3PEG40011
4H2O11
5magnesium chloride12
6MES12
7PEG40012
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 39915 / % possible obs: 98.8 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GU4

1gu4


解像度: 1.8→35.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1281223.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 3997 10.1 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 39771 98.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.07 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.84 Å20 Å20 Å2
2---2.86 Å20 Å2
3----1.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1123 658 0 316 2097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d15.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 698 10.6 %
Rwork0.333 5868 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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