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- PDB-7n4m: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n4m
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2151.
要素
  • Spike protein S1
  • WRAIR-2151 antibody Fab heavy chain
  • WRAIR-2151 antibody Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / WRAIR-2151 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2021
タイトル: Low-dose in vivo protection and neutralization across SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibody combinations.
著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. ...著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. / Chen, W.H. / Martinez, E.J. / Ahmed, A. / Choe, M. / Chang, W.C. / Hajduczki, A. / Jian, N. / Peterson, C.E. / Rees, P.A. / Rutkowska, M. / Slike, B.M. / Selverian, C.N. / Swafford, I. / Teng, I.T. / Thomas, P.V. / Zhou, T. / Smith, C.J. / Currier, J.R. / Kwong, P.D. / Rolland, M. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Mores, C.N. / Hatziioannou, T. / Reiley, W.W. / Bieniasz, P.D. / Paquin-Proulx, D. / Gromowski, G.D. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: WRAIR-2151 antibody Fab heavy chain
A: Spike protein S1
L: WRAIR-2151 antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7234
ポリマ－70,2993
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex eluted as a homogenous species on the Superdex-200 column.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.913, 112.913, 239.508
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: 抗体 WRAIR-2151 antibody Fab heavy chain


分子量: 24015.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23073.766 Da / 分子数: 1 / Fragment: Receptor Binding Domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#3: 抗体 WRAIR-2151 antibody Fab light chain


分子量: 23209.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.35 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-E / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.57→119.75 Å / Num. obs: 35105 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 3.57→3.78 Å / 冗長度: 13.2 % / Num. unique obs: 5627 / CC1/2: 0.14 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5xwd, 4rir

5xwd

4rir


解像度: 3.79→19.994 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 31.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3168 774 4.99 %
Rwork0.2575 14724 -
obs0.2604 15498 97.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 431.26 Å2 / Biso mean: 200.6336 Å2 / Biso min: 95.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.79→19.994 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4142 0 28 0 4170
Biso mean--303.17 --
残基数----537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024291
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041641
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003751
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8392518
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.79-4.02570.3511000.3019205583
4.0257-4.33360.33661290.27222473100
4.3336-4.76440.26581300.23962486100
4.7644-5.44160.28891360.24752494100
5.4416-6.81050.32661300.27072551100
6.8105-100.33021490.2512665100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2385.70171.33546.25-1.70165.92491.0847-4.3485-0.5627-1.3222-1.9351-1.3213-1.48910.2397-0.16511.9335-0.14710.00341.7913-0.58341.5666-10.139-14.20647.776
25.77357.3553-4.42568.4522-5.92974.2247-0.3072-1.18030.7934-0.1433-1.0316-0.05660.22541.1331.55171.351-0.0382-0.06031.6469-0.14821.4346-9.12-21.14343.893
37.6563-1.6959-1.14868.0489-2.67893.8144-0.5016-0.4060.55040.68870.0826-0.8138-0.8657-2.073-0.17420.96810.2012-0.01261.5726-0.0721.3254-14.687-17.08635.447
45.45170.341-2.35078.1524-1.21042.99720.80810.02190.11180.97610.62421.1884-0.25561.2403-1.1541.0490.0135-0.0681.7471-0.32481.3851-8.899-25.4837.823
53.7112.52162.18717.54280.51276.3527-0.8847-1.08112.0864-0.46530.05561.4582-0.126-0.70590.85971.15650.1667-0.14491.3491-0.17791.2013-12.848-14.70138.553
63.90190.0888-4.09513.71550.84684.75652.8183-2.82071.4436-0.38970.98493.07732.69774.9518-2.74961.61190.0310.20512.0688-0.10471.5464-34.064-46.4736.896
74.97942.24760.35724.3822-2.9243.04981.2005-1.2466-4.0583-1.46381.09090.31091.4734-1.2324-2.27011.8130.0196-0.08742.3081-0.11191.3275-36.714-44.52117.998
87.0031-1.720.83334.41711.80737.2820.0347-0.44270.45640.29490.2147-0.5196-0.1475-0.3114-0.17541.03850.1090.08331.49310.08011.2601-37.218-34.41126.595
97.9596-0.2397-2.39798.17794.50358.37270.13732.229-0.6617-1.7938-0.2916-0.7135-1.0193-0.70410.34971.2216-0.1697-0.11261.8663-0.26671.7922-38.574-39.9976.883
103.7832-5.5305-2.75438.27113.30772.68241.060.5603-0.593-0.52840.33920.3687-0.62650.2231-1.4421.25130.0490.01671.7119-0.06151.4947-52.898-388.553
115.15943.70323.93130.4681-0.34625.5618-0.42560.7787-0.65-0.38840.3128-0.3960.2751.58870.23641.13840.27220.19481.3894-0.25971.2656-38.681-37.4728.238
129.723-5.25326.09214.0912-3.19273.5852-1.7587-4.07062.5876-2.12770.9393-1.03471.5172-1.18990.40991.99840.30990.74862.3123-0.10181.7421-43.285-39.57745.497
136.3909-1.68022.93623.1042-5.07458.4934-1.1328-0.54931.7832-1.78110.0082-3.1269-0.07840.20421.00211.68210.1251-0.24821.20480.65522.0531-23.238-11.23222.384
149.2765-5.8627-0.67213.78690.9213.8163-3.5569-0.7084.18023.64081.32950.7384-1.4363-2.97512.83241.83250.2922-0.5122.7998-0.5013.4481-36.2494.02831.185
151.4905-1.9115-3.04162.17351.7676.9169-0.53222.21470.7557-2.9635-1.8479-0.67221.0219-1.9431.62520.74710.3062-0.48982.11870.33092.0705-29.976-15.69323.405
161.4979-0.13990.23258.20233.39362.98220.28822.804-1.49640.5479-0.27430.0279-0.38991.06220.70311.0868-0.0774-0.09471.5282-0.44291.2673-26.348-9.4437.608
173.2933-3.5797-6.61725.28088.07782.0270.7295-1.77495.08071.8233-0.5746-0.56521.5692-1.2314-0.71021.30040.4653-0.17982.7491-0.38971.9877-36.787-14.08538.624
183.59365.3137-0.58062.00252.6532.6186-0.5977-1.67962.6273-2.16330.5436-0.6459-2.8336-4.52331.62671.55791.257-0.11582.6117-0.79173.0028-37.721-11.50328.842
192.2514-2.7472-1.61043.83892.18151.81212.4131-0.11690.7414-4.3656-1.5791-2.0171-3.5233-2.80210.14771.78780.8722-0.35441.7929-0.38142.9042-34.97-11.27223.878
204.96252.89543.32743.63130.06464.1399-3.7369-3.73790.9242-0.19611.2783-2.6266-1.6463-4.5612.3621.71020.5946-0.3362.6826-0.94933.2041-33.781.12138.977
214.3827-1.9289-3.08954.28474.28834.8525-2.5588-3.73761.26130.87124.1271-2.38020.63383.3595-0.54781.22340.5378-0.21111.6783-0.0381.4537-24.85-12.51531.124
222.50872.5273-1.90254.2511-3.66913.6111-1.05660.3982.0512-1.701-0.1103-3.03570.63751.4941.33771.20010.23490.03351.6718-0.10261.4622-21.144-17.8827.735
236.35291.7153-3.64192.47980.89463.81542.35152.81581.5176-2.1471-0.81552.2767-4.4069-6.60320.57242.17680.9535-0.55032.86320.05063.5162-29.8425.47233.127
249.77798.41755.699.04966.75854.21210.4721-3.5572-1.2033-0.8785-0.09460.2707-1.149-1.7771-0.31712.36940.4861-1.01872.3865-0.89123.0974-16.85418.60247.164
256.76361.633-5.50177.1242-1.83974.72564.0839-2.3076-1.88462.0559-2.24331.662-5.7009-0.4908-1.43413.20770.24880.66722.77830.54342.09653.87117.96453.001
265.8935-5.71645.48685.8534-5.62965.35690.07381.11925.6589-1.09541.2413-0.0286-3.03732.3851-3.24122.24370.57440.19543.8974-1.16323.4584-17.22316.02444.978
275.4411-2.0422-1.68518.0541-3.20538.76497.4253-0.3607-0.32126.7214-4.57891.3590.8793-0.3733-1.43623.60040.20670.10342.0105-0.70373.8885-14.11921.15738.468
281.76430.4864-5.6761.9819-2.48367.36352.73180.69492.21938.55950.8746-1.05360.8791.92083.61155.9720.7618-1.32411.92582.6523-1.8616-2.45126.86540.254
295.0972-4.3095-4.29723.8244.1295.42041.0112-0.4638-3.25580.7587-4.02035.2403-1.22940.58751.99121.8188-0.2299-0.99513.1002-1.35913.3198-17.8768.62841.281
301.9934-1.369-0.13384.005-3.56163.26520.5062-0.8726-1.9874-0.69323.55995.1038-0.59871.2563-0.05452.34111.5736-2.05425.0186-0.95883.1623-17.10412.22342.121
311.4689-1.1253-2.7650.5811.96394.7431-0.5235-0.8744-0.2555-1.3841-1.11030.0871-2.5082-3.40152.33252.76440.3174-0.32423.44150.17193.9638-2.33425.8446.634
323.72474.51960.55227.408-2.35083.1058-0.39675.92044.48261.0043-2.05691.85833.49552.56831.11112.711-0.0530.09543.8053-0.39552.8532-12.93527.23446.986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN H AND RESID 2:11 )H2 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN H AND RESID 12:34 )H12 - 34
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 35:54 )H35 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 55:84 )H55 - 84
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN H AND RESID 85:122 )H85 - 122
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 331:342 )A331 - 342
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 343:353 )A343 - 353
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 354:442 )A354 - 442
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 443:459 )A443 - 459
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 460:479 )A460 - 479
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 480:516 )A480 - 516
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 517:532 )A517 - 532
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 1:8 )L1 - 8
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN L AND RESID 9:18 )L9 - 18
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN L AND RESID 19:32 )L19 - 32
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN L AND RESID 33:48 )L33 - 48
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN L AND RESID 49:61 )L49 - 61
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN L AND RESID 62:66 )L62 - 66
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN L AND RESID 67:75 )L67 - 75
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN L AND RESID 76:84 )L76 - 84
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN L AND RESID 85:91 )L85 - 91
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN L AND RESID 92:102 )L92 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN L AND RESID 103:108 )L103 - 108
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN L AND RESID 109:122 )L109 - 122
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN L AND RESID 123:134 )L123 - 134
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN L AND RESID 135:140 )L135 - 140
27X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN L AND RESID 141:151 )L141 - 151
28X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN L AND RESID 152:161 )L152 - 161
29X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN L AND RESID 162:171 )L162 - 171
30X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN L AND RESID 172:177 )L172 - 177
31X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN L AND RESID 178:198 )L178 - 198
32X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN L AND RESID 199:211 )L199 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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