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- PDB-7n4i: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n4i | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2057. | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / WRAIR-2057 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Low-dose in vivo protection and neutralization across SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibody combinations. Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S. ...Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. / Chen, W.H. / Martinez, E.J. / Ahmed, A. / Choe, M. / Chang, W.C. / Hajduczki, A. / Jian, N. / Peterson, C.E. / Rees, P.A. / Rutkowska, M. / Slike, B.M. / Selverian, C.N. / Swafford, I. / Teng, I.T. / Thomas, P.V. / Zhou, T. / Smith, C.J. / Currier, J.R. / Kwong, P.D. / Rolland, M. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Mores, C.N. / Hatziioannou, T. / Reiley, W.W. / Bieniasz, P.D. / Paquin-Proulx, D. / Gromowski, G.D. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
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Data in CIF | ![]() | 38.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n4jC ![]() 7n4lC ![]() 7n4mC ![]() 4zd3S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#1: Antibody | Mass: 24108.049 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 23272.727 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules C
#3: Protein | Mass: 23073.766 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: receptor binding domain (RBD) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Viral protein Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: S, 2 / Production host: ![]() |
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#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 2 types, 253 molecules ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.93 Å3/Da / Density % sol: 58.08 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 8% v/v Tacsimate pH 5.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Apr 21, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.28→50 Å / Num. obs: 36098 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 5.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.05 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 19 |
Reflection shell | Resolution: 2.28→2.46 Å / Num. unique obs: 3406 / CC1/2: 0.87 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4zd3 Resolution: 2.284→19.871 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 26.48 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 388.49 Å2 / Biso mean: 60.7314 Å2 / Biso min: 17.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.284→19.871 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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