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- PDB-7n4j: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n4j | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2173. | ||||||
![]() |
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / WRAIR-2173 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Low-dose in vivo protection and neutralization across SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibody combinations. Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S. ...Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. / Chen, W.H. / Martinez, E.J. / Ahmed, A. / Choe, M. / Chang, W.C. / Hajduczki, A. / Jian, N. / Peterson, C.E. / Rees, P.A. / Rutkowska, M. / Slike, B.M. / Selverian, C.N. / Swafford, I. / Teng, I.T. / Thomas, P.V. / Zhou, T. / Smith, C.J. / Currier, J.R. / Kwong, P.D. / Rolland, M. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Mores, C.N. / Hatziioannou, T. / Reiley, W.W. / Bieniasz, P.D. / Paquin-Proulx, D. / Gromowski, G.D. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 220.5 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 27.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7n4iC ![]() 7n4lC ![]() 7n4mC ![]() 5w6cS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 23073.766 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Receptor Binding Domain (RBD) Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Viral protein Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: S, 2 / Production host: ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 25308.498 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 22874.252 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
#4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.34 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.09M NPS (Sodium nitrate, Sodium phosphate dibasic, Ammonium sulfate), 0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5), 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 5, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 34103 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.4 % / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 10.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 3364 / CC1/2: 0.86 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5w6c Resolution: 2.207→44.403 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 20.56 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 183.63 Å2 / Biso mean: 43.9268 Å2 / Biso min: 12.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.207→44.403 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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