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Yorodumi- PDB-7n4m: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7n4m | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2151. | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / WRAIR-2151 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.79 Å | ||||||
Authors | Sankhala, R.S. / Joyce, M.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat.Immunol. / Year: 2021 Title: Low-dose in vivo protection and neutralization across SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibody combinations. Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S. ...Authors: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. / Chen, W.H. / Martinez, E.J. / Ahmed, A. / Choe, M. / Chang, W.C. / Hajduczki, A. / Jian, N. / Peterson, C.E. / Rees, P.A. / Rutkowska, M. / Slike, B.M. / Selverian, C.N. / Swafford, I. / Teng, I.T. / Thomas, P.V. / Zhou, T. / Smith, C.J. / Currier, J.R. / Kwong, P.D. / Rolland, M. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Mores, C.N. / Hatziioannou, T. / Reiley, W.W. / Bieniasz, P.D. / Paquin-Proulx, D. / Gromowski, G.D. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7n4m.cif.gz | 239.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7n4m.ent.gz | 192.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7n4m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7n4m_validation.pdf.gz | 697.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7n4m_full_validation.pdf.gz | 707.4 KB | Display | |
Data in XML | 7n4m_validation.xml.gz | 20.6 KB | Display | |
Data in CIF | 7n4m_validation.cif.gz | 27.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/7n4m | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7n4iC 7n4jC 7n4lC 4rirS 5xwdS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 24015.859 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Protein | Mass: 23073.766 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: Receptor Binding Domain (RBD) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
#3: Antibody | Mass: 23209.432 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
Has ligand of interest | N |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.43 Å3/Da / Density % sol: 77.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 2.0 M Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-E / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 4, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.57→119.75 Å / Num. obs: 35105 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 13 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 3.57→3.78 Å / Redundancy: 13.2 % / Num. unique obs: 5627 / CC1/2: 0.14 / % possible all: 98.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5xwd, 4rir Resolution: 3.79→19.994 Å / SU ML: 0.51 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / Phase error: 31.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 431.26 Å2 / Biso mean: 200.6336 Å2 / Biso min: 95.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.79→19.994 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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