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- PDB-7n4j: Crystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n4j
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 receptor binding domain in complex with neutralizing human antibody WRAIR-2173.
要素
  • Spike protein S1
  • WRAIR-2173 antibody Fab heavy chain
  • WRAIR-2173 antibody Fab light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Neutralizing antibody / SARS-CoV-2 / WRAIR-2173 / receptor binding domain / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.207 Å
データ登録者Sankhala, R.S. / Joyce, M.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-18-2-0040 米国
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / : 2021
タイトル: Low-dose in vivo protection and neutralization across SARS-CoV-2 variants by monoclonal antibody combinations.
著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. ...著者: Dussupt, V. / Sankhala, R.S. / Mendez-Rivera, L. / Townsley, S.M. / Schmidt, F. / Wieczorek, L. / Lal, K.G. / Donofrio, G.C. / Tran, U. / Jackson, N.D. / Zaky, W.I. / Zemil, M. / Tritsch, S.R. / Chen, W.H. / Martinez, E.J. / Ahmed, A. / Choe, M. / Chang, W.C. / Hajduczki, A. / Jian, N. / Peterson, C.E. / Rees, P.A. / Rutkowska, M. / Slike, B.M. / Selverian, C.N. / Swafford, I. / Teng, I.T. / Thomas, P.V. / Zhou, T. / Smith, C.J. / Currier, J.R. / Kwong, P.D. / Rolland, M. / Davidson, E. / Doranz, B.J. / Mores, C.N. / Hatziioannou, T. / Reiley, W.W. / Bieniasz, P.D. / Paquin-Proulx, D. / Gromowski, G.D. / Polonis, V.R. / Michael, N.L. / Modjarrad, K. / Joyce, M.G. / Krebs, S.J.
履歴
登録2021年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32022年3月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
H: WRAIR-2173 antibody Fab heavy chain
L: WRAIR-2173 antibody Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,8434
ポリマ-71,2573
非ポリマー5871
5,062281
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Complex migrated as a homogenous species on the Superdex-200 gel-filtration column.
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.255, 70.460, 107.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23073.766 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor Binding Domain (RBD) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Viral protein
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体 WRAIR-2173 antibody Fab heavy chain


分子量: 25308.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 WRAIR-2173 antibody Fab light chain


分子量: 22874.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.09M NPS (Sodium nitrate, Sodium phosphate dibasic, Ammonium sulfate), 0.1M buffer system 3 (Tris base and BICINE, pH 8.5), 50% precipitant mix 4 (25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 34103 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.95 / Rpim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 3364 / CC1/2: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5w6c
解像度: 2.207→44.403 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2069 1686 5 %
Rwork0.172 32025 -
obs0.1738 33711 97.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.63 Å2 / Biso mean: 43.9268 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.207→44.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4957 0 39 281 5277
Biso mean--90.54 42.15 -
残基数----652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035141
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7037029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.173053
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.207-2.27180.28951380.2063236888
2.2718-2.34520.25971300.2007267098
2.3452-2.4290.24681410.1884269799
2.429-2.52620.22891430.1904266199
2.5262-2.64120.24851400.1943264898
2.6412-2.78040.21841410.1844271599
2.7804-2.95460.25881440.1873268999
2.9546-3.18260.19221340.1772267798
3.1826-3.50280.19511440.16572729100
3.5028-4.00940.19091460.1583271899
4.0094-5.05020.16971450.1403271098
5.0502-100.18821400.1772274398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2999-1.06180.13121.54950.89695.3920.5844-1.7275-0.27691.156-0.5382-0.20270.51941.153-0.28610.7157-0.3383-0.07581.0010.11450.3074-26.247-6.025233.9718
20.33730.09610.09560.2581-0.03040.11830.6722-2.12261.24921.7512-0.7842-0.3233-0.87050.9882-0.43351.3621-0.69630.07941.3459-0.43610.2721-29.39284.13939.7476
33.30340.8767-0.84921.94110.39373.89740.2676-0.45180.45340.3681-0.15430.3652-0.3074-0.0636-0.00640.2882-0.03520.07010.1581-0.03350.293-37.7789-2.097921.0287
45.82961.20892.59626.53791.83936.73960.1560.25850.0013-0.1133-0.14430.62860.3726-0.72180.02280.195-0.05920.01640.24760.04650.2778-44.543-12.14096.6851
52.7985-0.3590.6172.70940.73632.6350.3249-1.21840.30781.1421-0.27360.3621-0.1143-0.02510.03080.6884-0.28640.16830.6444-0.14580.2985-30.67681.352832.8959
64.8613-3.57475.0863.2042-4.40627.33760.2060.5491-1.0786-0.66290.294-0.09250.7030.1147-0.35750.43890.08060.02010.2039-0.00090.4104-27.8634-20.8065-14.6248
72.3993-0.56630.69283.2408-1.14172.98350.0050.3175-0.1787-0.1453-0.0260.05410.2609-0.07370.04260.18380.0062-0.02930.1794-0.03090.2441-36.9096-15.9527-14.0803
82.27050.3005-0.77547.8147-5.55854.7563-0.05620.0859-0.1993-0.00710.1240.12350.2547-0.2672-0.34630.1605-0.0099-0.04250.1467-0.00470.2914-39.6433-14.2425-3.8715
94.579-2.10310.27217.7424-0.77233.9760.080.3737-0.3858-0.2987-0.06550.40590.3115-0.3530.00970.1763-0.0264-0.02630.2087-0.03560.2416-42.5376-17.522-10.0922
100.97680.6232-0.98030.73540.19712.0519-0.0270.2825-0.1436-0.12710.11660.06730.05560.1085-0.08130.22180.0302-0.02920.09930.02360.2419-34.4836-11.6015-8.7244
110.83280.2820.3030.85451.06436.18220.05280.0788-0.09070.0096-0.0171-0.02750.4233-0.27020.03030.17370.0232-0.02640.12070.01570.2101-32.4915-11.0879-8.6627
125.11643.0703-3.01253.1275-4.43767.1368-0.160.3927-0.1585-0.32340.4844-0.20510.17590.1113-0.09760.5935-0.1552-0.10170.6253-0.07810.4116-47.2415-9.5865-39.2412
135.2913-1.5635-0.69511.6396-1.98494.53280.3370.73660.1578-0.326-0.34780.0832-0.1768-0.7691-0.03960.46790.01180.05860.3964-0.06860.2093-41.77637.8018-45.9044
142.68343.40621.37124.42.17443.1449-1.0772.84670.9054-3.30091.0382-1.8233-0.2791.08770.01991.8341-0.10910.21431.0635-0.02861.3337-34.486324.4494-45.1373
158.58874.862-5.0673.6724-5.08838.26040.21110.96050.4573-0.14450.1290.0542-0.4710.0966-0.36570.4328-0.04820.03320.42930.00330.3174-36.91149.5418-43.6582
163.8719-1.00920.47350.2677-0.11370.4469-0.02810.4586-1.3612-1.52430.1549-0.58220.92550.02820.60390.74080.11470.22510.2839-0.2060.2833-35.0718-2.3392-44.8587
171.9843-0.14170.23932.2943.68856.04370.21460.40960.0954-0.8758-0.0984-0.768-0.20580.7758-0.36430.81670.04180.36770.4143-0.07710.605-25.34087.0498-47.7855
188.22997.1549-6.9617.1379-5.25126.59240.04640.73450.5066-0.40920.21080.20030.2477-0.6818-0.19690.25360.029-0.01630.27380.02910.2863-38.89660.0511-34.1811
194.52232.8754-1.70056.0788-3.79075.66750.26610.35930.1411-0.382-0.2135-0.0974-0.28910.5301-0.10750.36190.00510.11250.3717-0.05480.217-33.67758.3228-43.2082
202.2491-0.09091.15037.00612.03461.2442-0.48770.9435-0.2951-1.74490.5006-0.47490.677-0.10530.1440.7635-0.00240.1320.5903-0.15080.3319-36.28392.564-52.0053
218.04841.50270.65351.96451.92391.9949-0.68421.15420.8541-0.96470.32181.3185-0.3668-0.49060.38760.7094-0.0139-0.04180.53460.05410.5051-40.876915.7844-52.3517
221.8040.5613-0.51961.6365-1.52014.71460.03750.17820.1150.02170.0193-0.0446-0.08570.3202-0.05390.14020.0028-0.02660.16580.01230.2396-23.78242.5808-9.6924
234.0673-1.5867-0.01022.4424-0.53373.50850.1270.4672-0.0591-0.1372-0.26330.0444-0.18160.21340.11960.2426-0.00040.02050.2262-0.02010.1703-38.93313.3952-32.3348
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 331 through 353 )A331 - 353
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 354 through 394 )A354 - 394
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 395 through 479 )A395 - 479
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 480 through 494 )A480 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 495 through 532 )A495 - 532
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 1 through 8 )H1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 9 through 46 )H9 - 46
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 47 through 61 )H47 - 61
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 62 through 84 )H62 - 84
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 85 through 108 )H85 - 108
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 109 through 130 )H109 - 130
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 131 through 136 )H131 - 136
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 137 through 144 )H137 - 144
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 145 through 151 )H145 - 151
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 152 through 162 )H152 - 162
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 163 through 174 )H163 - 174
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 175 through 182 )H175 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 183 through 192 )H183 - 192
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 193 through 205 )H193 - 205
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 206 through 227 )H206 - 227
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 228 through 233 )H228 - 233
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'L' and (resid 1 through 119 )L1 - 119
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 120 through 216 )L120 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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