PDB-7n3c: Crystal Structure of Human Fab S24-202 in the complex with the N-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n3c

タイトル

Crystal Structure of Human Fab S24-202 in the complex with the N-terminal Domain of Nucleocapsid protein from SARS CoV-2

要素

Nucleoprotein
S24-202 Fab heavy chain
S24-202 Fab light chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / SARS Coronavirus 2 / Nucleocapsid protein / Human antibody Fab / COVID-19 / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Dugan, H. / Stamper, C. / Wilson, P. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Iscience / 年: 2024
タイトル: Epitopes recognition of SARS-CoV-2 nucleocapsid RNA binding domain by human monoclonal antibodies.
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Endres, M. / Ma, H. / Dugan, H.L. / Stamper, C.T. / Chang, C. / Li, L. / Changrob, S. / Zheng, N.Y. / Huang, M. / Ramanathan, A. / ...

履歴

登録	2021年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7n3c.cif.gz	298.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7n3c.ent.gz	198.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/7n3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vyoSC 6wkpC 7n3dC 7strC 7stsC 7sueC 6iebS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zuq-1 7kqi-d 3rvv-d 5vco-2 4pp2-2 2ltq-1 5mes-d 3qa3-3 6a67-2 6yor-2 3q3g-3 4pp1-1 7cho-2 6w41-d 5vcn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

H: S24-202 Fab heavy chain

L: S24-202 Fab light chain

C: Nucleoprotein

ヘテロ分子

64.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.622, 64.020, 89.209
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.091, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質	Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N 分子量: 14287.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: CoV N NTD domain, residues 47-173 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: P0DTC9

#3: タンパク質

Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N

分子量: 14287.961 Da / 分子数: 1 / Fragment: CoV N NTD domain, residues 47-173 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): gold / 参照: UniProt: P0DTC9

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	S24-202 Fab heavy chain 分子量: 24365.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	S24-202 Fab light chain 分子量: 23362.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 386分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.21 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M Potassium iodide, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 73169 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 28.83 Å² / CC_1/2: 0.969 / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.82→1.85 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.911 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3464 / CC_1/2: 0.465 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDBIDs 6IEB, 6VYO

6ieb

6vyo

解像度: 1.82→42.51 Å / SU ML: 0.2223 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.6938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	3744	5.15 %
R_work	0.1794	68973	-
obs	0.181	72717	98.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→42.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4357	0	53	364	4774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	4620
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0991	6288
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0729	679
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0096	820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1631	1676

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.84	0.3591	122	0.3185	2195	X-RAY DIFFRACTION	86.29
1.84-1.87	0.3351	130	0.2962	2425	X-RAY DIFFRACTION	93.11
1.87-1.89	0.3188	114	0.2869	2451	X-RAY DIFFRACTION	94.89
1.89-1.92	0.3262	140	0.2601	2445	X-RAY DIFFRACTION	96.13
1.92-1.95	0.257	115	0.2349	2521	X-RAY DIFFRACTION	96.98
1.95-1.98	0.2677	134	0.2165	2549	X-RAY DIFFRACTION	98.17
1.98-2.01	0.2304	140	0.2076	2561	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.01-2.04	0.2301	133	0.2075	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.04-2.08	0.245	132	0.2033	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.08-2.12	0.222	140	0.1979	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.17	0.2309	167	0.2013	2554	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.17-2.21	0.2328	128	0.1855	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.26	0.2274	123	0.1747	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.32	0.2091	136	0.1815	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.2117	129	0.1818	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.38-2.45	0.2416	129	0.1859	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.53	0.2391	152	0.1834	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.62	0.2312	173	0.1895	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.62-2.73	0.2243	153	0.1815	2565	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.73-2.85	0.2467	145	0.1904	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3	0.216	151	0.1838	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.19	0.2282	146	0.1832	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.19-3.44	0.1928	121	0.1846	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.44-3.78	0.178	144	0.159	2608	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.78-4.33	0.1703	145	0.1431	2594	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.33-5.45	0.1406	154	0.1377	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.45-42.51	0.2256	148	0.1826	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.75

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.24985092045	0.642710332546	0.953501332973	2.32782767658	-0.176322790355	1.87514917343	-0.0282394037013	-0.420967632549	-0.249747994357	0.184515267441	-0.0772340242617	0.65276003727	-0.0288852889086	-0.238337251408	0.0536259674134	0.136474908008	-0.00478456858516	0.0357710548546	0.203949692484	-0.0241114112968	0.39999525436	-2.75329635296	-9.42336946342	7.88607613792
2	2.37778751198	0.588420092498	0.262522324717	2.52069519705	-1.17464916752	1.55957112596	-0.0219289117498	0.140109468444	-0.0826555159151	-0.645712285257	-0.0483146070984	0.85521135327	0.146593233083	-0.189030705812	-0.0491952710974	0.264680697023	-0.016371926053	-0.0732057888487	0.320268050319	-0.0650649675299	0.466484297886	-6.22562943343	-10.6526093728	-3.09315648487
3	6.74457129645	6.60176964835	0.266597233075	7.3929274017	1.03557015537	0.293912156165	0.178062718942	-0.24298888582	-0.665854409571	0.469461376498	-0.273751560638	-1.03920354143	0.0223314023428	0.0818762138553	0.138388245365	0.176724808904	0.0308909787572	0.0270941985835	0.211396985558	-0.016449135109	0.209904046774	40.3485555638	1.92092630106	5.80671568322
4	2.09735329744	0.259276351772	0.27313673049	3.04561706252	0.0348575036067	1.28254210353	-0.0137350530182	-0.00101345408449	0.111362693131	-0.14628337379	-0.0514999780293	0.0670280055458	-0.0969424133238	-0.000985480207809	0.0520188159859	0.165153052541	0.0084442482612	0.00485460458919	0.189750853363	0.00803748237471	0.171536813485	27.4804486041	2.2490773506	4.57075115652
5	2.01796604524	0.808264636505	0.345811325566	3.85937787838	-0.0552111421019	0.797886080738	0.0219234184775	0.0408151797665	-0.0373171171197	-0.27141890041	-0.0776955718881	-0.0245515099647	-0.0465193294394	0.0110797780912	0.0714824873377	0.190414143158	-0.00421164802086	0.024451494787	0.218988350327	0.0281080463485	0.166810649501	34.0518068226	5.02566965952	0.394933319483
6	8.18401317445	4.15746722843	3.15114815818	2.6596742167	2.4332032859	2.15964214278	0.334962111914	-0.0741456337759	-0.714604370078	0.226196567045	-0.158725217885	-0.235975762493	0.215318937652	-0.00537993093283	-0.163834584297	0.199055074518	0.0205570992091	-0.021388403559	0.196146196278	0.0119489003972	0.281113229785	22.0811703467	-8.22436411917	8.57213712235
7	0.692803256359	-0.41838072128	-0.381517023576	0.60458211579	-0.0900625331389	1.06116427132	0.0632768254546	-0.309234301702	0.233051899165	0.0935599801117	-0.0571548869718	0.00530181316531	-0.133900902761	0.193256949345	-0.0338576570196	0.221810431387	-0.0209442657024	-0.012822717227	0.321945728301	0.0167058645418	0.208247791749	44.7442354706	7.63341235854	15.120996624
8	2.09846815663	-0.00254450847276	2.37967198601	4.14883376441	0.212830026817	2.84728995933	0.0429391687768	-0.820148393012	-0.233675439273	0.888321710963	-0.0301664272404	-0.281187578665	-0.731005669995	0.435907974636	-0.101977302251	0.449924995911	-0.0607808603383	-0.10406114109	0.782959055062	-0.048984803323	0.325939037314	55.7990161342	15.8375577623	37.6144276933
9	2.07645249671	-0.0605724081861	0.492677871024	2.81463721596	-0.529363653015	9.4042926227	-0.0764513987398	-0.422981734436	-0.153741461095	0.355035972372	0.197452208799	-0.44848303787	0.617270554773	0.722320415836	-0.181296585656	0.328900948797	0.0984534811197	-0.0748609087166	0.428220682047	-0.0145393658164	0.319891980117	54.8963623868	8.75683186762	29.1840014364
10	2.35401834313	0.0275283659633	3.86797466296	1.79148717007	-0.990339898293	7.08967417823	-0.100064401217	-0.612738576509	0.166697786433	-0.0544224822414	-0.172106186458	-0.724777450582	0.892070747759	1.75151132575	-0.44900594442	0.266121911453	0.077618503853	-0.181190258301	1.20192133561	-0.183572181928	0.710345710837	64.1630487106	10.0380167289	27.2919837164
11	5.49445842411	-2.10957081836	4.22803213448	4.44936046744	-2.56734222636	9.10429150959	-0.0495658164981	-0.768659422515	0.284071309205	0.294664277775	-0.203008709172	0.208063058454	0.0375344522733	-0.305851158107	0.181185482214	0.296482350233	-0.0218803179921	0.054454512762	0.368649150321	-0.0312378998605	0.165772828775	19.4492235808	4.24931292448	29.0377512006
12	2.03327432264	0.533869135352	0.620484078636	1.310115629	0.700252115294	3.1271290507	0.0453098445205	-0.413095638107	-0.150429623107	0.25888130199	-0.0470127356747	0.0779919452468	0.137388429202	-0.0541432829648	-0.0308696916021	0.209632308048	0.00681053924828	0.0307767996166	0.267740988682	0.0138266962827	0.168159980765	21.3254165355	-1.21373189909	23.8502408561
13	4.42636712966	1.37817299036	-0.279424214805	3.71287602974	0.775983596947	5.27450598138	-0.0942812051485	-0.0597354524942	0.384127142474	-0.238500600865	0.151147570291	-0.300772044432	-0.741282960597	0.246541798099	-0.0512329949627	0.489882476267	0.0223269269379	-0.0611416947379	0.464432647848	-0.124212318155	0.341009825478	46.3422603588	22.2208697562	34.0154810971
14	4.10806261388	2.49978929095	-1.1070855978	5.29774366114	-0.0821067327471	5.70394014727	0.0903799764118	-0.49947956707	0.411276758005	-0.0971614839451	-0.0103560654924	0.0267773901182	-0.777613233569	0.138492248943	-0.0720787671886	0.409347455576	0.0546776999569	-0.056766485063	0.441423816809	-0.0825432731351	0.251950751093	45.9104986595	22.0490697593	37.259529188
15	0.936040058826	2.22051375054	0.974856356152	5.92497318127	0.108730284549	9.60978856023	0.573828349584	-1.00441330184	0.873061021379	1.63331107455	-0.406184684123	1.3475158621	-1.92792444919	-1.56012788731	0.995069130848	0.583785686472	0.0898408352246	0.120466082834	0.50705364564	-0.134584649655	0.757891476985	-9.57357105868	1.55732656042	3.13432127155
16	8.2308906443	1.62794799486	-0.102605884238	4.48471414185	1.36653165026	2.97458246593	0.00276371541135	-0.0906392427068	-0.171299425434	-0.013380092591	-0.0157973324787	0.588444870075	0.0962177820054	-0.151356526767	-0.0134856636147	0.1585698761	0.0124520237005	-0.0236213199902	0.166487740201	-0.038657963026	0.316524155413	-2.68687119401	-13.7917619327	2.05021677766
17	8.2162304521	4.51925520104	-5.87094808044	9.02271209246	-3.50646334136	4.27130380446	-0.325986520931	-0.902547002372	-1.54149304616	-1.1522349002	-0.103154571369	0.358367514692	1.09675195186	0.0657849389475	0.278189268982	0.57079041116	0.00914422515373	-0.0289637680766	0.763242039716	0.102860641345	1.11233769999	-28.1878057773	-13.9507003992	11.0089822361

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'C' and (resid 101 through 144 )	C	J	101 - 144	58 - 101
2	2	chain 'C' and (resid 145 through 173 )	C	J	145 - 173	102 - 130
3	3	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	A	1 - 17	1 - 17
4	4	chain 'H' and (resid 18 through 67 )	H	A	18 - 67	18 - 67
5	5	chain 'H' and (resid 68 through 91 )	H	A	68 - 91	68 - 91
6	6	chain 'H' and (resid 92 through 111 )	H	A	92 - 111	92 - 111
7	7	chain 'H' and (resid 112 through 137 )	H	A	112 - 137	112 - 137
8	8	chain 'H' and (resid 138 through 158 )	H	A	138 - 158	138 - 158
9	9	chain 'H' and (resid 159 through 216 )	H	A	159 - 216	159 - 216
10	10	chain 'H' and (resid 217 through 226 )	H	A	217 - 226	217 - 226
11	11	chain 'L' and (resid 0 through 25 )	L	G	0 - 25	1 - 26
12	12	chain 'L' and (resid 26 through 113 )	L	G	26 - 113	27 - 114
13	13	chain 'L' and (resid 114 through 163 )	L	G	114 - 163	115 - 164
14	14	chain 'L' and (resid 164 through 213 )	L	G	164 - 213	165 - 214
15	15	chain 'C' and (resid 44 through 53 )	C	J	44 - 53	1 - 10
16	16	chain 'C' and (resid 54 through 90 )	C	J	54 - 90	11 - 47
17	17	chain 'C' and (resid 91 through 100 )	C	J	91 - 100	48 - 57

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 4種, 386分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 C

-抗体 , 2種, 2分子 HL

-非ポリマー , 4種, 386分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

-
非ポリマー , 4種, 386分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)