PDB-7n35: Structure of Yersinia aleksiciae Cap15 cyclic dinucleotide recept...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n35

タイトル

Structure of Yersinia aleksiciae Cap15 cyclic dinucleotide receptor, crystal form 2

要素

Cap15

キーワード

IMMUNE SYSTEM / phage defense / CBASS / beta barrel

生物種

Yersinia aleksiciae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Duncan-Lowey, B. / McNamara-Bordewick, N.K. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2021
タイトル: Effector-mediated membrane disruption controls cell death in CBASS antiphage defense.
著者: Duncan-Lowey, B. / McNamara-Bordewick, N.K. / Tal, N. / Sorek, R. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年5月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	7n34SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7n34-1 1ccz-d 2zg2-d 2zg1-d 4hh8-d 6aze-d 5xj4-1 4bfg-d 1wmz-1 7ocm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cap15

B: Cap15

30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cap15

B: Cap15

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, HEXAMER
30 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.866, 50.866, 155.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Cap15 分子量: 14996.638 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Yersinia aleksiciae (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.27 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: 40% PEG-200, 0.1 M N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid pH 5.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→44.05 Å / Num. obs: 7040 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 97.93 Å² / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.018 / Net I/σ(I): 19.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 853 / CC_1/2: 0.512 / R_pim(I) all: 0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7N34

7n34

解像度: 2.6→44.05 Å / SU ML: 0.5648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 48.1836
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	679	9.73 %
R_work	0.2974	6302	-
obs	0.299	6981	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 108.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1687	0	0	0	1687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0021	1727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4908	2328
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0435	244
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	293
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5888	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.8	0.5597	131	0.4695	1261	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.8-3.08	0.4138	136	0.3838	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.08-3.53	0.3985	136	0.3832	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-4.44	0.327	137	0.3189	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-44.05	0.262	139	0.2484	1270	X-RAY DIFFRACTION	99.86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.81161088282	-2.53310746744	2.19860271499	3.38467559397	2.90604863758	4.16329260167	-0.522366916613	1.8743329634	-0.964253540699	-1.66868666767	1.10741964785	1.61585475733	-0.52415578868	-1.36336302251	0.0838792643541	0.966216640411	-0.140933383768	-0.131928459798	0.171505209448	-0.217769640747	1.05666288987	13.211409204	0.591835832596	-12.4053116163
2	3.97429206192	-3.89492773239	-4.81644985374	3.69874113233	4.6128031954	5.75406647004	-3.7787755269	-1.35837411657	2.38610243258	-1.42979787023	1.6438167905	2.5666539027	0.188710267391	1.02987977176	0.227118202671	1.55145532716	-0.290599195702	-0.0222259877913	1.58517454521	0.325189768093	1.81567832252	25.9731434729	21.5673019207	-15.8947128767
3	4.70927821687	2.94984424481	0.588292260812	1.92662923007	0.38563237996	1.4423125869	0.093335467452	0.841849888615	-0.519971244765	-4.20808888496	0.681893821601	-0.25073477721	2.30225384823	-0.35423637384	0.0327532207726	1.39557184088	0.0583825938277	0.109938479787	0.669934824138	-0.0156736404761	0.945238175598	19.051939627	-1.02496705608	-14.7186056344
4	5.80809867892	-1.28548546779	1.89166285939	5.5427120082	-2.35453669037	4.03753364526	-0.0945270684782	0.00986001610586	0.144718472607	0.62925474245	-0.206675620267	-0.463177392929	-1.10546513177	1.28650849886	-0.000866496459782	1.1031638951	-0.221701275206	0.0337749634927	0.528389639014	0.0731282533911	1.32627551252	22.704358642	3.70514432939	-9.94172462438
5	2.01625555973	2.07663863388	1.94071327972	1.94148743687	3.68823174276	1.88960618567	-3.01537307734	-4.66310338892	3.76347351579	4.18595173304	-3.76369306213	3.33772694549	-3.96845156958	-3.66134042891	-5.43631579461	0.536888753646	-0.0821272058016	0.219605370055	0.948252554879	0.309274534625	1.28763421624	7.3783730669	4.97050368051	-9.9930910569
6	0.779854151862	-0.00223468166369	-0.942281775263	0.916989885124	0.378230629833	1.18793604845	-2.2386012892	-2.85502517163	1.96674090236	-0.942443615494	0.412459045153	0.00532496532604	-0.698838275483	2.01865825582	-0.040758734617	1.4343512559	0.15424476233	-0.0647570249928	1.22883377089	0.0185154580357	1.21489924488	24.7340077783	13.1871988077	-10.3917760924
7	1.5143025343	0.04126403994	-0.863096070827	4.24610565161	1.38492798052	2.29213777937	-0.755250676991	-0.0282238865113	-0.496213001855	-1.36574901026	1.08506252447	-0.743333178858	-0.0814956712485	-0.581102506854	0.499315488203	1.09437566644	-0.198267108767	-0.176966117707	0.728007767407	0.0333004607243	0.850623527794	14.69787379	8.21687858289	-15.8983786107
8	0.504645011603	-0.65807403224	0.958070017943	1.60314701783	-0.574063746027	0.45500685829	-0.846471338852	0.141362630882	0.318125812602	0.563293619232	1.58871427197	0.374281748646	0.268535428442	-0.311543922173	0.0960170121594	1.09055151227	-0.352226951799	-0.0526142828029	1.47768143367	0.0530464814444	1.66922717052	31.4502110673	21.8633353193	7.20094155777
9	9.945962721	6.02461425409	9.40358915375	3.6873727764	5.77930532219	8.94503817478	2.63765650337	-1.87672518087	-1.1896738532	-2.5144073881	3.18927413466	-0.781774161588	2.30701330596	-3.80873034854	2.03100097788	1.93676443582	0.0193700762032	-0.0344597110194	1.31176622136	0.42537013192	1.17225713278	22.62265919	-0.458986904788	10.0579015913
10	2.85081511783	-2.42925416861	-0.943486339138	1.90186522692	0.266307798394	-0.110632731778	-0.63081999212	-0.955973306024	-0.620887177062	-0.201053142247	-0.658816361555	-1.94404212172	0.640764627523	0.536292276846	0.000131913203569	0.942432558604	-0.198740255701	-0.088462678405	1.10297609512	0.083757063854	1.16323207919	36.8985209378	15.3986141839	7.80315910142
11	4.59208702453	1.11186999119	-0.492772958146	2.7812895555	1.54696512728	9.46681323141	-0.29180130518	0.109353015094	0.384530222183	-0.813541650426	0.110654676905	0.918636137254	0.112872349904	-0.126549505853	-0.000558539311909	0.915602703199	-0.325947400984	-0.14111029843	1.03629218119	0.247483625291	1.65977611944	29.3504520953	17.8178700709	0.929028828564
12	2.66626103515	1.12124339231	-0.582059071752	1.9428863884	1.31505304019	3.49430405028	-0.487791213033	-0.22816844523	-0.288890474425	-1.02732940997	0.878681677751	1.21290994701	0.567973852142	-0.000150317008315	2.40613383178	0.841954632367	-0.129659333133	0.0864062340988	1.17762647585	0.591897245184	1.67094257317	26.3631081516	11.1238924851	6.78910018027

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 86 through 101 )	A	A	86 - 101	1 - 16
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 108 )	A	A	102 - 108	17 - 23
3	3	chain 'A' and (resid 109 through 124 )	A	A	109 - 124	24 - 39
4	4	chain 'A' and (resid 125 through 176 )	A	A	125 - 176	40 - 80
5	5	chain 'A' and (resid 177 through 183 )	A	A	177 - 183	81 - 87
6	6	chain 'A' and (resid 184 through 197 )	A	A	184 - 197	88 - 96
7	7	chain 'A' and (resid 198 through 205 )	A	A	198 - 205	97 - 104
8	8	chain 'B' and (resid 86 through 102 )	B	B	86 - 102	1 - 17
9	9	chain 'B' and (resid 103 through 108 )	B	B	103 - 108	18 - 23
10	10	chain 'B' and (resid 109 through 132 )	B	B	109 - 132	24 - 47
11	11	chain 'B' and (resid 133 through 182 )	B	B	133 - 182	48 - 84
12	12	chain 'B' and (resid 183 through 205 )	B	B	183 - 205	85 - 104

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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