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万見
- PDB-4hh8: Crystal structure of bovine butyrophilin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hh8
タイトルCrystal structure of bovine butyrophilin
要素Butyrophilin subfamily 1 member A1
キーワードPROTEIN BINDING / Immunoglobulin Fold / milk fat globule
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokine production / T cell receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / : / : / Butyrophilin subfamily 3 member A2-like, Ig-C domain / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Eichinger, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The extracellular region of bovine butyrophilin exhibits high structural similarity to human myelin oligodendrocyte glycoprotein
著者: Eichinger, A. / Neumaier, I. / Skerra, A.
履歴
登録2012年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 1 member A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2791
ポリマ－25,2791
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.180, 101.020, 44.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 1 member A1 / BT


分子量: 25279.395 Da / 分子数: 1 / 変異: C193A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: BTN, BTN1A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P18892
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCE OF THE SOLVED STRUCTURE AND THE DATABASE ENTRY P18892 ARISE ...THE DIFFERENCES BETWEEN THE SEQUENCE OF THE SOLVED STRUCTURE AND THE DATABASE ENTRY P18892 ARISE FROM A SPECIES-SPECIFIC VARIATION IN THE CDNA OF A THE SPECIFIC BOVINE STRAIN CLONED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.5 M potassium phosphate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97973,0.97985,0.96863,0.99188
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979731
20.979851
30.968631
40.991881
Reflection冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 14.1 / 数: 32994 / Rsym value: 0.033 / D res high: 2.8 Å / D res low: 59.188 Å / Num. obs: 8446 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.8559.1996.510.0120.0123.4
6.268.8599.510.0250.0253.7
5.116.2699.710.0460.0463.8
4.435.1199.610.0270.0273.9
3.964.4399.510.0250.0253.9
3.613.9699.610.0340.0344
3.353.6199.510.0410.0414
3.133.3599.610.0480.0484
2.953.1399.310.060.064
2.82.9599.110.0830.0833.9
反射解像度: 2.3→59.264 Å / Num. all: 15058 / Num. obs: 15058 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.427.20.3012.51539121300.30199.1
2.42-2.577.20.213.61481220540.2199.2
2.57-2.757.20.1554.61386119190.15599.2
2.75-2.977.20.171302718100.199.5
2.97-3.257.20.0719.51188216550.07199.7
3.25-3.647.20.05511.91091415250.05599.6
3.64-4.27.10.0512.5945113370.0599.7
4.2-5.1470.05310.5816411650.05399.6
5.14-7.276.80.04213.963739350.04299.6
7.27-37.9036.10.02524.532155280.02596.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→59.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.2848 / WRfactor Rwork: 0.2323 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8146 / SU B: 5.777 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2541 / SU Rfree: 0.2263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 756 5 %RANDOM
Rwork0.2256 ---
obs0.2282 14285 98.92 %-
all-15094 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.5 Å2 / Biso mean: 42.1194 Å2 / Biso min: 21.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→59.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1656 0 0 55 1711
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.631.9642290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0925210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.88924.65186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.24415292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5691514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1531.51053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22421702
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0783638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4054.5588
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 50 -
Rwork0.265 1044 -
all-1094 -
obs--98.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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