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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7n1l
タイトルCrystal Structure of Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308
要素GCN5-related N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase / GCN5-related N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Brucella abortus / BAB1_1904 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / GCN5-related N-acetyltransferase
機能・相同性情報
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase from Brucella melitensis biovar Abortus 2308
著者: Abendroth, J. / Sankaran, B. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22025年10月22日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_entry_details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: GCN5-related N-acetyltransferase
B: GCN5-related N-acetyltransferase
C: GCN5-related N-acetyltransferase
D: GCN5-related N-acetyltransferase
E: GCN5-related N-acetyltransferase
F: GCN5-related N-acetyltransferase
G: GCN5-related N-acetyltransferase
H: GCN5-related N-acetyltransferase
I: GCN5-related N-acetyltransferase
J: GCN5-related N-acetyltransferase
K: GCN5-related N-acetyltransferase
L: GCN5-related N-acetyltransferase
M: GCN5-related N-acetyltransferase
N: GCN5-related N-acetyltransferase
O: GCN5-related N-acetyltransferase
P: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,99616
ポリマ－307,99616
非ポリマー00
水15,169842
1
A: GCN5-related N-acetyltransferase
D: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GCN5-related N-acetyltransferase
E: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: GCN5-related N-acetyltransferase
G: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
F: GCN5-related N-acetyltransferase
J: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
H: GCN5-related N-acetyltransferase
K: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
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6
I: GCN5-related N-acetyltransferase
L: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
M: GCN5-related N-acetyltransferase
P: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
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8
N: GCN5-related N-acetyltransferase
O: GCN5-related N-acetyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4992
ポリマ－38,4992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.020, 114.900, 122.000
Angle α, β, γ (deg.)87.121, 76.271, 73.142
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_16ens_1(chain "P" and (resid 7 or resid 9 through 18...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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NCS oper:
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5given(0.988637259066, -0.100985863247, 0.111347318827), (0.109891448918, -0.0198842165379, -0.993744679174), (0.102568218472, 0.99468913403, -0.00856079450424)-37.883157592, -1.8250303115, 51.4023826198
6given(-0.98717277053, 0.10132543484, -0.123381835692), (0.155348455374, 0.43131300431, -0.888727151451), (-0.0368344748456, -0.896494421939, -0.441521203223)-60.4299565107, 9.33341207525, 6.44169710882
7given(0.22940274809, -0.228396805713, 0.946154996979), (-0.23141436331, -0.957003057989, -0.174907230992), (0.945421478296, -0.178829656769, -0.272393432809)-38.3566505841, 17.7144995524, 53.9437309014
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9given(-0.99051848441, -0.0259366398236, -0.134908942463), (-0.10845579342, -0.455128637491, 0.883795940367), (-0.0843236201511, 0.890047871774, 0.448000349369)-61.9534259853, -57.7524587948, 35.6866676085
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12given(-0.333102108659, 0.165495042281, -0.928253400849), (-0.92172005225, -0.264599193567, 0.283583166009), (-0.198683493242, 0.95005192371, 0.240678648345)40.674969282, -37.1504518157, -31.9024216622
13given(-0.334127163364, 0.301109963926, -0.893135951761), (0.925322519702, 0.285027917917, -0.25007462994), (0.179268717947, -0.909995536051, -0.37385940022)35.3627962482, -13.7955169569, 79.2933085293
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15given(0.357647344225, -0.287539620645, 0.888487109489), (0.907326159328, -0.118177866688, -0.403476433543), (0.22101497182, 0.950449871579, 0.218626219487)0.479195382435, 10.754339618, -24.6095903976

-
要素

#1: タンパク質
GCN5-related N-acetyltransferase


分子量: 19249.725 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1904 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2YLP8, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 842 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition G1: 30% (V/V) Jeffamine ED-2003, 100mM HEPES free acid / sodium hydroxide pH 7.0: BrabA.17502.a.A1.PS01129 at 26mg/ml: tray 236060 G1: cryo: 20% EG: puck kzs9-7.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97742 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97742 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 147858 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.862 % / Biso Wilson estimate: 42.519 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 0.897 / Net I/σ(I): 14.05
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.3-2.363.8780.5372.62107630.8420.62397.6
2.36-2.423.8840.4832.92105980.8490.56197.7
2.42-2.493.8890.4123.44103990.8840.47897.8
2.49-2.573.8880.3583.89100180.9030.41697.8
2.57-2.663.890.2964.6696740.9380.34498.1
2.66-2.753.8940.245.7294460.9550.27898.1
2.75-2.853.8940.2026.790600.9670.23498.2
2.85-2.973.8970.168.4788150.9760.18698.5
2.97-3.13.880.11511.3784410.9880.13498.4
3.1-3.253.8730.09613.5580020.9910.11198.5
3.25-3.433.8570.07117.5776730.9950.08398.7
3.43-3.643.8330.05721.2572680.9960.06798.7
3.64-3.893.8240.04825.0268070.9970.05698.9
3.89-4.23.8210.04129.0764010.9970.04898.8
4.2-4.63.7840.03533.358440.9980.04199.1
4.6-5.143.7320.03434.1953180.9980.03998.9
5.14-5.943.7460.03630.846470.9980.04299.2
5.94-7.273.9030.03333.0739610.9980.03899.5
7.27-10.293.8530.02542.5430650.9990.02999.4
10.29-503.8330.02246.7716580.9990.02698.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19 dev 4224精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MR-Rosetta位相決定
PHASER位相決定
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MR rosetta based on PDB entries 5F47, 6BVC, 5HMN, 2FE7, 3I9S, 3FYN, 2EUI, 1QSM, 3T9Y, 1Z4E, 1S3Z, 2R1I, 3JVN, 2DXQ, 5T7D, 3D8P, 4E04, 4EVY, ...開始モデル: MR rosetta based on PDB entries 5F47, 6BVC, 5HMN, 2FE7, 3I9S, 3FYN, 2EUI, 1QSM, 3T9Y, 1Z4E, 1S3Z, 2R1I, 3JVN, 2DXQ, 5T7D, 3D8P, 4E04, 4EVY, 1MK4

5f47

6bvc

5hmn

2fe7

3i9s

3fyn

2eui

1qsm

3t9y

1z4e

1s3z

2r1i

3jvn

2dxq

5t7d

3d8p

4e04

4evy

1mk4


解像度: 2.3→48.73 Å / SU ML: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.0191
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2484 1756 1.19 %0
Rwork0.209 146078 --
obs0.2094 147834 98.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17210 0 0 842 18052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007217633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.893424018
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05622662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.34426118
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.211843534852
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.259894246234
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.735140535459
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.812336602313
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.375510519148
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.647224947044
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.235270336912
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.315425661901
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.433742193274
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.956167030462
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.953411499161
ens_1d_13AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.613326237985
ens_1d_14AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.467277076417
ens_1d_15AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.366676390826
ens_1d_16AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.276263343121
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.31851280.263811082X-RAY DIFFRACTION97.53
2.36-2.430.29111050.24811173X-RAY DIFFRACTION97.66
2.43-2.510.26181470.241811177X-RAY DIFFRACTION97.92
2.51-2.60.30751530.240111197X-RAY DIFFRACTION97.88
2.6-2.70.271280.237811174X-RAY DIFFRACTION98.07
2.7-2.830.31381720.234711230X-RAY DIFFRACTION98.28
2.83-2.980.28991510.225411208X-RAY DIFFRACTION98.41
2.98-3.160.24791290.21411274X-RAY DIFFRACTION98.51
3.16-3.410.25321400.208711209X-RAY DIFFRACTION98.58
3.41-3.750.23771350.194411318X-RAY DIFFRACTION98.83
3.75-4.290.19651140.182311343X-RAY DIFFRACTION99.02
4.29-5.410.20331120.176611326X-RAY DIFFRACTION99.02
5.41-48.730.2431420.215511367X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.438650173090.2640573674840.240733078681.75328422871-0.166134884590.9076601127430.1646505746830.0279445353689-0.101077638070.0174976680758-0.118977095141-0.337790471447-0.01401359215990.131936083077-0.03505127524340.2486232350410.0347001028848-0.04542102306590.1703159750060.02605974477580.378261001398-3.83500186963-4.966558323727.5716320226
23.187046185610.190348755033-0.4850632692583.52697507015-0.3367013754961.423750279780.0152805523854-0.0548188390422-0.268412047627-0.169740503101-0.0365361832458-0.4219293315910.09208823710130.1231864613710.01458797197870.2131605708120.01528928262480.02518586913420.1695215680130.0401857960640.213788456186-3.79948189678-44.078401395316.2099770778
34.857989789120.308231709769-0.007138221699351.33612320289-0.03301817800022.76718710284-0.01862993640740.442588884315-0.0297807434912-0.1432748436660.0501355870439-0.5622907637370.03762385092240.353696814129-0.04716727492090.2264199142790.007433485827170.01268082093840.2795642608250.03452433059580.457506832799-36.8456568855-19.44324952580.0782118491679
43.174632649610.06849244533780.275185787811.036718278240.3601487909081.613034713320.0905649045227-0.07651588791750.1870367406570.0438672462384-0.04825478708310.122577050599-0.125748285169-0.133064987831-0.04230671090890.2765197339990.0130667953699-0.03283999583080.1418054905620.01982712405090.387939788438-27.6203971265-4.7510258602925.9962272924
53.694906375660.497132340996-0.8494467099732.948981597480.4887831691732.05779407318-0.05146629800880.249393550965-0.195381081321-0.108623191626-0.08566494058330.2790207030880.214181044991-0.2421764653390.1217748901190.2355306858990.00844806954058-0.02083407745870.1773366558170.009989441129260.200782022099-27.6611877249-44.390546051718.5883437303
63.41023185305-0.2008247821040.09918751737191.648746443110.4292394860083.353848893770.0473191556289-0.7984693610240.44012694480.2842709605730.009451981493140.0055905007061-0.0008536607779940.430989931054-0.04423790158090.2301922260220.0145749276383-0.01113040759540.442492878193-0.07286936011080.29547176835-38.0751998439-29.879913501545.7426556127
73.989475022760.5487946645841.092550770592.30834373817-0.6908441678363.04263377221-0.07954834234840.3470324826390.42651770614-0.1814226037220.1779698516470.149405120865-0.0241073783776-0.338131747824-0.0781846645530.201011236247-0.0106760216836-0.01841726272120.3155411593710.06319593908650.300721908359-60.6015222638-18.651377772-1.07422812481
82.08140902192-0.3583411782340.298985287063.31934795079-0.289516063061.385290482810.0442708225684-0.6329500919970.612904646520.466058550495-0.164701877031-0.129633713706-0.266727767157-0.0225375521910.08778641865720.386073240683-0.0477851997371-0.01457990376510.314732426908-0.1502837763020.527810638795-11.978549175318.538203349843.6867632109
92.095191292630.43100342103-0.2577985777143.04682532215-0.4428737371030.917236781989-0.2125781496960.721753336906-0.823485992588-0.664396072140.0903000876857-0.1831415273920.284342449073-0.02466343943010.05141637441570.54000296951-0.02409588694420.1289860340710.355845569325-0.1948280875310.588859249785-12.0220862203-67.67432081430.52872797866
102.60650082534-0.7532222420990.8753690531251.92146104026-0.1555192578282.84068878781-0.0528422698966-0.8966271701030.2532668833470.208084706194-0.1205353227210.4693231682880.0483829222063-1.189428863680.1011036711770.264800606878-0.00148114414546-0.006471706371460.789244224071-0.136224627810.459549456892-61.6582359452-29.432829920543.878313338
111.95347515359-0.8270895667090.1888484388472.279796095710.0836688207421.374387394950.2247292086810.2556930270690.52687861061-0.166155060247-0.146220576858-0.0998249233467-0.265531906678-0.0333941783938-0.05640008470260.3804449324220.06054245333850.0587324441040.2392490198780.04945941877160.724271469914-18.466400598524.056262599621.5006408891
121.3359398760.614777869679-0.3773936482682.860825464790.2927487205520.9459258016830.0490687522954-0.185445629662-0.667891327656-0.00675882244882-0.129083734368-0.1066755624410.1894784582670.01633807584450.04773784200180.3615225446320.008016012593510.05106674198440.2185990536980.05936090607150.861033885232-18.0070434798-73.228445748722.9734097178
132.10468295694-0.04177053030840.8893153766951.784955422470.2834672057412.889968259750.1146601697780.776409600938-0.0442398871962-0.6550288884280.188714147818-0.3047411269340.2584071586020.139298328673-0.2683533229760.701703260576-0.1023904528550.06062500252410.928476711285-8.60388469611E-60.30395218754614.7999587587-24.2700019939-29.0933987578
141.226663653690.8681966523340.2593493998670.929467992339-0.4081746832721.511854549220.503331499029-1.328300426920.6625456199280.538248456761-0.44027961920.755504657393-0.015582463956-0.646347501037-0.1595847940190.702651579442-0.2461558209550.4295672868441.50324842749-0.2834043203030.72783121610610.7301418762-25.833496545572.2279146097
153.278918018630.357238289387-0.4722428270810.823416316693-0.5667719605914.513657122060.763177022881-1.0916716207-0.5344264190740.569513951579-0.3951004481260.2379068150610.993706812348-0.196278240851-0.3318692650640.89265667102-0.263860374034-0.1437629124640.9828062443240.1399390697450.48464790076320.7886116971-46.326978025568.3303816879
161.563745746610.1116569526150.4757849540460.3218052680640.3887544596572.03182027675-0.4058333759281.08528778720.760435454716-0.727530976470.266343989408-0.172874673568-0.5133466964890.6299503852030.01152996321690.732820756313-0.2820299982290.1763261297781.045031650160.2645491604970.59597283985425.1847912548-3.60413888888-23.8984183796
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 6 through 150)AA6 - 1501 - 143
22(chain 'B' and resid 5 through 150)BB5 - 1501 - 143
33(chain 'C' and resid 6 through 150)CC6 - 1501 - 137
44(chain 'D' and resid 6 through 151)DD6 - 1511 - 141
55(chain 'E' and resid 5 through 150)EE5 - 1501 - 141
66(chain 'F' and resid 6 through 151)FF6 - 1511 - 141
77(chain 'G' and resid 5 through 150)GG5 - 1501 - 140
88(chain 'H' and resid 5 through 151)HH5 - 1511 - 144
99(chain 'I' and resid 5 through 150)II5 - 1501 - 143
1010(chain 'J' and resid 6 through 150)JJ6 - 1501 - 134
1111(chain 'K' and resid 5 through 152)KK5 - 1521 - 148
1212(chain 'L' and resid 5 through 152)LL5 - 1521 - 148
1313(chain 'M' and resid 5 through 150)MM5 - 1501 - 139
1414(chain 'N' and resid 7 through 152)NN7 - 1521 - 140
1515(chain 'O' and resid 7 through 150)OO7 - 1501 - 134
1616(chain 'P' and resid 7 through 150)PP7 - 1501 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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