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- PDB-5f47: Crystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5f47
タイトルCrystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020 from an uncultured soil metagenomic sample in complex with trehalose
要素aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
キーワードTRANSFERASE / GNAT fold / GCN5-N-acetyltransferase fold / acetyltransferase / aminoglycoside / antibiotic resistance / metagenome / soil / coenzyme A / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
trehalose / AAC3-I
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.497 Å
データ登録者Xu, Z. / Skarina, T. / Wawrzak, Z. / Stogios, P.J. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: ACS Infect Dis / 年: 2017
タイトル: Structural and Functional Survey of Environmental Aminoglycoside Acetyltransferases Reveals Functionality of Resistance Enzymes.
著者: Xu, Z. / Stogios, P.J. / Quaile, A.T. / Forsberg, K.J. / Patel, S. / Skarina, T. / Houliston, S. / Arrowsmith, C. / Dantas, G. / Savchenko, A.
履歴
登録2015年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_related / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
B: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,78813
ポリマ－37,0542
非ポリマー73411
水12,178676
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
2
A: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
B: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子

A: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
B: aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,57626
ポリマ－74,1084
非ポリマー1,46822
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area17350 Å2
ΔGint-273 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.001, 53.954, 46.023
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21A-509-

HOH

31A-611-

HOH

41B-378-

HOH

51B-391-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 aminoglycoside acetyltransferase meta-AAC0020


分子量: 18526.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059WZ16
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-1)-alpha-D-glucopyranose / trehalose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: trehalose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a1-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(1+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M calcium chloride, 10 mM neomycin, 2% trehalose, paratone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.497→30 Å / Num. obs: 51615 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 32.39
反射 シェル解像度: 1.497→1.53 Å / 冗長度: 4 % / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apoenzyme

解像度: 1.497→26.977 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1776 1999 3.88 %Random selection
Rwork0.1557 ---
obs0.1566 51548 96.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.497→26.977 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2539 0 33 676 3248
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1393613
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.157980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006460
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.497-1.53410.23981320.22773255X-RAY DIFFRACTION89
1.5341-1.57560.25451320.20723478X-RAY DIFFRACTION96
1.5756-1.6220.21121470.19633489X-RAY DIFFRACTION96
1.622-1.67430.21041490.1853492X-RAY DIFFRACTION96
1.6743-1.73410.20421360.17983502X-RAY DIFFRACTION96
1.7341-1.80350.23061390.18963518X-RAY DIFFRACTION96
1.8035-1.88560.20151530.17663519X-RAY DIFFRACTION97
1.8856-1.9850.17791420.16053558X-RAY DIFFRACTION97
1.985-2.10930.17981440.15893555X-RAY DIFFRACTION97
2.1093-2.27210.20551370.15883604X-RAY DIFFRACTION98
2.2721-2.50060.17821520.15753585X-RAY DIFFRACTION98
2.5006-2.86210.18291410.15933637X-RAY DIFFRACTION98
2.8621-3.60460.15531420.14043632X-RAY DIFFRACTION99
3.6046-26.98140.15121530.13423725X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.01191.7316-2.81195.3244-5.94237.3269-0.02890.75630.9517-0.51450.13420.2598-1.2099-0.3027-0.12590.5057-0.0602-0.08090.33480.14040.30026.701437.141131.7157
21.9337-0.03640.5851.98740.94863.5433-0.07770.20920.08-0.04060.1575-0.224-0.06520.5338-0.08980.1325-0.03080.0170.2562-0.01420.165518.978627.23144.2381
32.18310.90890.48333.1552-0.45562.0318-0.06940.12030.1454-0.07230.0365-0.0678-0.19860.05650.01190.1294-0.00320.01430.13-0.00440.10983.875227.123542.4842
41.2197-1.05180.15612.082-0.7722.0758-0.1996-0.19420.31130.22860.1269-0.0957-0.4769-0.18840.08930.20230.0013-0.00440.1325-0.02820.180.550430.793556.9773
54.4034-4.71373.15319.66171.28436.9763-0.9836-1.9386-0.4912.35230.714-0.13120.06340.67810.22240.9934-0.0706-0.2181.06290.35210.61981.9776-2.642677.681
62.8294-0.19810.5312.10230.24642.79550.03350.0125-0.48110.05730.032-0.03050.2909-0.161-0.0470.1893-0.0173-0.02370.12830.02070.2062-1.47493.020954.3148
73.04951.5-0.83492.912-1.79023.5140.0382-0.2172-0.220.10010.0189-0.0280.1518-0.067-0.03110.14420.0137-0.01320.1299-0.00290.12396.305710.348561.5308
81.1549-1.08821.6850.9259-1.17735.2794-0.0571-0.2264-0.14760.17160.17750.10880.0258-0.368-0.11660.1665-0.00540.02340.17260.0070.1505-1.528222.325463.0369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 16:54)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 55:126)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 127:157)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 6:9)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 10:61)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 62:126)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 127:157)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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