PDB-5hmn: Crystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase HMB0005 ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hmn

タイトル

Crystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase HMB0005 from an uncultured soil metagenomic sample, unknown active site density modeled as polyethylene glycol

要素

AAC3-I

キーワード

TRANSFERASE / GNAT FOLD / GCN5-N-ACETYLTRANSFERASE FOLD / ACETYLTRANSFERASE / AMINOGLYCOSIDE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / METAGENOME / SOIL / COENZYME A / STRUCTURAL GENOMICS / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.018 Å

データ登録者

Xu, Z. / Stogios, P.J. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Yim, V. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an aminoglycoside acetyltransferase HMB0005 from an uncultured soil metagenomic sample, unknown active site density modeled as polyethylene glycol
著者: Xu, Z.

履歴

登録	2016年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hmn.cif.gz	406 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hmn.ent.gz	337.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hmn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5hmn_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5hmn_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	5hmn_validation.xml.gz	50.6 KB	表示
CIF形式データ	5hmn_validation.cif.gz	68.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/5hmn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yfjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zew-1 2wt2-1 4hmq-2 4hmq-1 5td2-1 2yqz-2 4j8m-d 2ons-d 5eow-d 5dxi-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP95403

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (5) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (5)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: AAC3-I

B: AAC3-I

C: AAC3-I

D: AAC3-I

E: AAC3-I

F: AAC3-I

ヘテロ分子

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: AAC3-I

E: AAC3-I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: AAC3-I

F: AAC3-I

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: AAC3-I

B: AAC3-I

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
37.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.270, 62.756, 253.612
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AAC3-I 分子量: 17766.055 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A059WV44
#2: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A 分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 744 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25% PEG3350, 0.2 M magnesium formate, 10 mM sisomycin

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.018→20 Å / Num. obs: 62091 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 37.91
反射シェル	解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 9 % / R_merge(I) obs: 0.551 / Mean I/σ(I) obs: 4.09 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YFJ

4yfj

解像度: 2.018→19.868 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2209	1995	3.22 %	Random selection
R_work	0.1912	-	-	-
obs	0.1922	62004	99.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.018→19.868 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7220	0	253	744	8217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	7788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.305	10589
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.037	2948
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1325

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0179-2.0683	0.2898	132	0.2383	4156	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0683-2.1242	0.2646	149	0.2242	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1242-2.1866	0.2538	132	0.2169	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1866-2.2571	0.2433	152	0.2138	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2571-2.3377	0.2563	138	0.213	4242	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3377-2.4311	0.2482	147	0.215	4277	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4311-2.5415	0.2242	134	0.2227	4259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5415-2.6752	0.2843	141	0.222	4270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6752-2.8424	0.2505	144	0.2314	4298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-3.0611	0.2373	145	0.2231	4296	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0611-3.3678	0.2089	138	0.1942	4299	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3678-3.8521	0.2024	147	0.1717	4339	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8521-4.8416	0.1823	146	0.1452	4366	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8416-19.8689	0.2136	150	0.1855	4479	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9749	-3.4268	-2.6126	3.3159	1.7973	7.7131	0.1942	0.0422	0.4397	-0.0871	-0.1731	-0.6151	-0.1693	0.0377	0.1164	0.2569	-0.0458	0.0828	0.2098	0.0035	0.3532	1.0815	20.7711	-74.1377
2	4.6644	-2.053	0.2744	8.9992	1.6248	6.2859	0.141	0.4203	0.2088	-0.4053	-0.0683	0.1603	-0.214	-0.2385	-0.0613	0.1376	-0.0238	0.0665	0.2034	0.0434	0.1956	-9.2819	17.134	-77.0776
3	3.706	0.4467	-4.0378	0.9352	-0.5184	6.3265	0.1168	-0.0606	0.0986	-0.089	0.0186	-0.1539	-0.0124	0.1795	-0.1158	0.2316	0.0264	0.0413	0.1626	0.0127	0.2658	-4.8911	12.5877	-65.2855
4	5.3219	-2.6816	-3.3946	4.0884	3.6245	3.9636	0.1911	-0.1826	0.1301	0.0342	0.1448	-0.647	-0.3137	0.4826	-0.3601	0.3084	0.0137	0.0299	0.1666	0.0104	0.3504	4.5758	8.9802	-68.1776
5	4.5805	-1.4533	-2.5525	8.4467	1.3898	4.8153	-0.1257	0.4251	-0.4727	-0.5205	-0.0764	-0.1668	0.5219	-0.1184	0.2028	0.4023	-0.0036	0.0268	0.1944	0.0168	0.3264	-3.9818	-0.6569	-65.6228
6	6.9795	-6.1218	5.4288	5.5296	-4.9235	4.396	-0.5713	0.476	0.3029	0.0638	0.0257	-0.8076	-0.176	0.2834	0.5356	0.4323	-0.0202	0.0055	0.286	-0.0299	0.4534	-20.2285	-0.1805	-67.6923
7	3.1122	4.1854	-1.4891	6.1538	-1.1005	5.9143	-0.0121	0.0561	0.5332	-0.1097	-0.1586	0.6855	-0.0472	-0.8174	0.14	0.227	0.0439	0.0577	0.2715	-0.036	0.2971	-34.7752	16.5226	-52.9924
8	2.1632	0.0898	-0.2651	2.1411	4.2522	9.2917	0.2342	-0.3077	-0.5615	0.6134	-0.0175	-0.0172	0.7737	0.0619	-0.1856	0.3246	-0.0324	-0.0125	0.2658	0.0931	0.3462	-22.1908	6.7344	-45.7854
9	5.618	-2.8696	3.7952	8.9333	-0.2561	3.0905	-0.1923	-0.1939	0.4615	0.1537	-0.061	-0.1644	-0.9287	0.2659	0.2679	0.2747	-0.0579	0.0647	0.1797	-0.0408	0.3309	-18.6807	21.0622	-51.8305
10	2.8083	0.0545	-1.3776	0.7324	0.7048	3.2969	-0.0307	0.0988	-0.4233	0.1475	-0.1102	0.095	0.3849	-0.2836	0.0383	0.2439	-0.034	0.0268	0.1401	-0.0199	0.2711	-26.2484	6.0144	-62.0635
11	5.7044	5.3666	4.696	5.1062	4.491	4.066	-0.304	-0.2965	-0.469	0.2535	0.1911	-0.2765	-0.1079	-0.3213	-0.0239	0.3751	0.0193	0.0051	0.2423	0.0116	0.4004	-7.1093	0.4491	-61.8538
12	4.2902	-5.3027	0.5447	6.745	0.0739	2.865	-0.1457	-0.2097	0.3737	0.1447	0.8747	0.2855	0.626	0.9492	-0.6081	1.5045	0.1154	0.3721	1.3793	-0.0812	1.1073	6.5213	1.4209	-47.7118
13	5.2676	-2.847	1.7633	4.7565	2.7199	7.0454	-0.071	0.7693	0.1085	-0.3728	-0.4726	0.0099	0.0687	-0.9879	0.4254	0.3546	-0.0856	0.0924	0.5358	-0.0313	0.2671	12.2937	14.2777	-42.0526
14	7.4247	0.2335	1.3383	5.6458	1.5406	4.0376	-0.4436	0.3801	-0.9787	0.2827	0.0739	0.11	0.7863	-0.2725	0.3626	0.4584	-0.1485	0.19	0.3978	-0.0415	0.2253	10.4036	7.1648	-33.6893
15	7.9073	-1.0728	-7.5774	2.8317	1.5212	8.5974	0.0363	0.318	0.1534	0.0198	-0.006	0.0976	-0.016	-0.5761	-0.0694	0.2676	-0.0462	-0.0042	0.3278	0.0008	0.1751	6.0228	19.921	-32.0016
16	7.257	-0.8785	-3.0116	3.8035	1.9329	6.4946	0.3292	0.3526	0.5149	-0.1707	0.055	-0.2209	-0.5239	-0.2121	-0.3376	0.2985	-0.0492	0.0293	0.265	0.0112	0.2269	11.9917	25.0331	-34.0123
17	7.955	0.5824	2.1676	8.9648	-3.4848	3.9523	0.5209	-1.275	-0.3137	0.9823	-0.4061	-0.906	0.0948	1.9048	-0.1	0.4605	-0.1129	-0.0147	0.9826	-0.1837	0.5286	21.1131	24.2178	-23.0198
18	6.5413	1.9205	-2.4524	2.5377	1.0061	2.7244	0.1181	-0.7285	-0.0708	0.8639	-0.0278	-0.4211	0.0625	0.3761	-0.0339	0.5682	-0.0496	-0.024	0.5262	-0.1063	0.3295	11.597	20.8015	-16.6623
19	5.3654	2.2439	-2.4452	6.7687	0.1165	3.3331	-0.2945	0.4919	-0.2036	-0.7678	0.0261	-0.3378	0.1956	-0.4669	0.3407	0.3079	0.0202	0.0768	0.4702	-0.0373	0.3312	-13.1565	-15.1928	-40.0026
20	2.3272	1.692	1.539	8.3693	0.8994	4.9867	-0.1154	-0.4154	-1.7456	0.1099	-0.1251	-1.0067	0.4836	0.7837	0.1968	0.401	0.1018	0.1875	0.8392	0.0735	0.7532	-11.3905	-24.3426	-29.3828
21	8.5004	4.5617	-5.8185	9.2803	-3.2509	4.0204	0.0478	0.4406	-0.1189	-0.0378	0.0519	0.3398	0.0864	-0.416	-0.053	0.2415	0.0027	-0.0201	0.3754	-0.0475	0.1967	-18.6114	-15.8829	-36.8123
22	3.5317	0.3459	-3.9157	2.3199	-0.7687	4.102	0.3923	-0.1717	0.3878	0.0615	-0.0681	0.3515	-0.2964	0.0926	-0.3192	0.2984	-0.0559	0.0775	0.4365	-0.017	0.3845	-25.1618	-10.7854	-27.2565
23	6.4869	1.0324	-0.9355	4.5589	0.6769	5.678	0.55	-0.1801	0.8257	0.0472	-0.2591	-0.1473	-0.5028	0.1601	-0.1668	0.2872	-0.0582	0.0784	0.3231	-0.0525	0.4094	-16.9826	-4.8553	-30.6351
24	5.0275	4.532	-4.3612	5.3373	-6.3272	7.9737	0.343	-1.4582	-0.1928	0.4706	-0.45	-1.3129	-0.4841	1.6646	0.227	0.7358	-0.1685	0.0235	1.141	-0.1373	0.5771	-15.5738	-7.501	-16.1364
25	6.7072	-0.8585	1.2319	2.5704	-1.7642	4.7486	-0.0768	0.4744	-0.4884	-0.1152	0.0415	0.8549	0.9658	-1.247	0.0052	0.7574	-0.1962	0.3391	0.8356	-0.0971	0.6858	-14.3129	9.6268	-13.3184
26	8.0092	0.6589	-1.5955	6.0636	-1.8903	3.1552	-0.0205	0.2037	0.5782	0.9277	-0.0825	1.1274	0.0554	-1.0766	0.0319	0.5222	-0.0634	0.2098	0.6817	-0.0632	0.5408	-11.2147	19.6243	-16.4881
27	3.9163	0.5466	-1.5355	1.4105	-0.9621	3.7318	-0.6134	-0.2747	-0.4557	0.9843	-0.1646	0.6303	0.6974	-0.3922	0.7744	0.6618	-0.1052	0.2269	0.4707	-0.0485	0.3698	-0.872	12.0095	-16.3868
28	5.074	-0.8035	-3.0905	0.9831	1.5655	3.4477	-0.2406	-0.5542	-0.8896	1.6118	-0.3328	0.0937	1.2799	-0.2986	0.7951	1.0542	-0.0642	0.2221	0.53	0.0291	0.3934	0.2908	8.2166	-10.1409
29	7.9801	2.4894	-2.4773	3.0656	-3.0947	3.1566	0.2533	-1.8349	-0.1567	1.4876	-0.1112	-0.5247	0.9923	-0.3337	0.0783	0.8545	-0.0021	-0.1554	0.8829	0.0129	0.4893	7.8016	18.6037	-5.048
30	5.2054	-5.3327	5.0419	5.5071	-5.224	4.9632	-0.3338	-0.6696	0.3575	0.7007	0.6369	0.02	-0.8173	-0.1625	-0.2395	0.5723	-0.0359	0.0726	0.4955	-0.0659	0.4233	10.806	26.5537	-21.2007
31	5.8847	0.7426	0.4457	5.023	-0.9632	5.8452	0.1791	-0.1093	0.7702	0.6692	0.3001	1.6675	-0.4998	-0.8345	-0.3458	0.4973	0.0243	0.2509	0.5048	0.0997	0.8166	-42.7613	-15.6749	-18.4169
32	7.2041	0.5602	-6.6704	3.2367	-1.4332	8.7693	-0.4687	-0.6377	-0.2842	0.7686	0.1797	0.2346	0.53	0.2408	0.274	0.3445	-0.0225	0.0706	0.5531	0.0414	0.3225	-30.1899	-20.0561	-18.092
33	7.2553	-6.5114	5.8022	5.8426	-5.1227	6.6199	0.3424	0.5094	-0.4165	-0.5335	-0.9834	-0.2574	0.7883	0.6009	0.6763	2.0614	0.0155	0.465	0.9784	-0.0467	0.9794	-39.7241	-15.1248	0.6553
34	8.8723	-3.0027	-4.7598	3.7843	5.3822	8.1731	0.1417	-0.3069	-0.6446	1.0228	-0.5016	-0.3966	1.0986	0.9811	0.434	0.5634	0.0582	0.0395	0.6304	0.0335	0.3609	-29.6768	-25.4978	-12.7035
35	8.6367	-0.3812	-2.5246	6.5164	-3.9131	3.2419	0.2886	-1.0185	1.051	1.2657	0.1445	-0.1559	0.4965	0.5179	-0.5365	1.2543	-0.4474	-0.1188	1.4455	-0.0496	0.7124	-24.9286	-12.313	-3.9498
36	6.1711	-4.6992	6.7039	4.0602	-4.9975	7.3445	0.2642	-1.5331	-0.5435	1.3886	-0.1964	0.7647	-0.681	-0.0262	-0.4436	0.5927	-0.2621	0.1068	1.036	0.057	0.5051	-20.5083	-3.956	-19.2001

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:19)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 20:54)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 55:88)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 89:113)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 114:141)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 142:152)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid -1:15)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 16:36)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 37:51)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 52:141)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 142:152)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 153:157)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 1:23)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 24:53)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 54:86)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain C and resid 87:121)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain C and resid 122:135)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain C and resid 136:152)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid -1:23)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 24:44)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain D and resid 45:62)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain D and resid 63:89)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain D and resid 90:123)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 124:152)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 2:16)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain E and resid 17:59)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain E and resid 60:92)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain E and resid 93:121)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain E and resid 122:141)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain E and resid 142:152)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain F and resid 2:59)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain F and resid 60:88)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain F and resid 89:96)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain F and resid 97:120)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain F and resid 121:141)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain F and resid 142:152)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)