+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4yfj | |||||||||
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Title | Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib | |||||||||
Components | Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / GNAT FOLD / ANTIBIOTIC RESISTANCE / STRUCTURAL GENOMICS / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID | |||||||||
Function / homology | Function and homology information | |||||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | |||||||||
Authors | Stogios, P.J. / Xu, Z. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib Authors: Stogios, P.J. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4yfj.cif.gz | 141.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4yfj.ent.gz | 111 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4yfj.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yf/4yfj | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 1bo4S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20163.826 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: aac(3)-Ib / Plasmid: PNIC-CH / Details (production host): PNIC-CH / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q51407 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.8 Details: 28% PEG 8000, 0.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M imidazole pH 7.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS HTC / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→25 Å / Num. obs: 18322 / % possible obs: 89.9 % / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.99 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Redundancy: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 93.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1BO4 Resolution: 2.2→24.357 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.28 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→24.357 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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