[日本語] English
万見
- PDB-4yfj: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfj
タイトルCrystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib
要素Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / GNAT FOLD / ANTIBIOTIC RESISTANCE (抗微生物薬耐性) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES (アメリカ国立アレルギー・感染症研究所) / NIAID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Xu, Z. / Evdokimova, E. / Yim, V. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside acetyltransferase AAC(3)-Ib
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年3月18日ID: 4W83
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase
B: Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0009
ポリマ－40,3282
非ポリマー6727
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.024, 77.024, 128.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 3'-N-acetyltransferase


分子量: 20163.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aac(3)-Ib / プラスミド: PNIC-CH / 詳細 (発現宿主): PNIC-CH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q51407
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 28% PEG 8000, 0.25 M (NH4)2SO4, 0.1 M imidazole pH 7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 18322 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 35.99
反射 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.694 / Mean I/σ(I) obs: 3.46 / % possible all: 93.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BO4

1bo4


解像度: 2.2→24.357 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 916 5 %Random selection
Rwork0.1789 ---
obs0.1817 18302 90.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→24.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2390 0 35 230 2655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9953358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.975876
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003426
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1999-2.31580.31971330.25012508X-RAY DIFFRACTION93
2.3158-2.46070.2741300.2252488X-RAY DIFFRACTION92
2.4607-2.65050.29271300.20672458X-RAY DIFFRACTION90
2.6505-2.91690.2481270.2082430X-RAY DIFFRACTION89
2.9169-3.3380.24991300.18612475X-RAY DIFFRACTION90
3.338-4.2020.21151320.15112506X-RAY DIFFRACTION90
4.202-24.35860.21271340.16122521X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.2678-1.47370.83577.2247-2.12045.78660.23250.2018-0.1206-0.0503-0.0269-0.01390.2455-0.2063-0.22750.2274-0.0194-0.01970.3307-0.08170.2714-31.25944.3563-15.1916
26.24444.95220.74648.69790.88911.92670.1245-0.1129-0.3208-0.1013-0.0791-0.28140.28510.1164-0.03960.25940.0478-0.02160.3401-0.01260.2164-19.04034.3563-9.9901
38.5658-1.1533-5.02484.91722.99774.3924-0.1876-0.6336-0.03960.54810.06340.01380.7158-0.36520.18570.5769-0.0175-0.06260.48790.05510.2668-19.31073.15354.7897
46.7317-6.16076.12775.4353-5.58835.4351-0.1562-0.5436-0.4272-0.14780.53890.03980.1948-0.7953-0.46030.3328-0.07060.08460.6318-0.09520.4726-31.79223.42133.4475
55.6837-2.3867-1.62245.2324-0.01037.36560.1654-0.07580.68750.1718-0.01730.2628-0.52690.0689-0.07160.2758-0.0820.07180.2752-0.05370.4553-13.576632.1566-7.0536
63.71943.09721.88986.32193.63493.57350.102-0.48030.6070.1735-0.08850.3786-0.27160.111-0.00470.3052-0.06650.09690.4614-0.11910.3926-22.853326.8413-1.3842
78.05454.24730.74232.64560.9349.026-0.1417-0.04750.6285-0.097-0.08440.4856-0.2415-0.24270.18170.22990.03150.11520.3423-0.08050.4443-30.331426.2941-4.3719
88.7682-8.1244-4.01448.61235.23855.45230.0713-0.63920.51740.22560.5214-0.57350.03620.6232-0.54480.3452-0.1032-0.01170.53250.02470.3686-19.234615.20045.8086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 24:73)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 74:143)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 144:165)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 166:176)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 22:84)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 85:126)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 127:144)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 145:176)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る