PDB-7mxb: Crystal structure of the S/T protein kinase PknG from Corynebacte...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mxb

タイトル

Crystal structure of the S/T protein kinase PknG from Corynebacterium glutamicum in complex with AMP-PNP

要素

Serine/threonine protein kinases

キーワード

TRANSFERASE / metabolic control / glutamate metabolism / bacterial protein kinase / tetratricopeptide repeats

機能・相同性

機能・相同性情報

non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lisa, M.N. / Alzari, P.M.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: A Tetratricopeptide Repeat Scaffold Couples Signal Detection to OdhI Phosphorylation in Metabolic Control by the Protein Kinase PknG.
著者: Lisa, M.N. / Sogues, A. / Barilone, N. / Baumgart, M. / Gil, M. / Grana, M. / Duran, R. / Biondi, R.M. / Bellinzoni, M. / Bott, M. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2021年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mxb.cif.gz	669.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mxb.ent.gz	449 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7mxb_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mxb_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7mxb_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	7mxb_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/7mxb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mxjC 7mxkC 2pziS 4y0xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7mxb-2 5u2g-1 4zmj-d 3egh-d 5z9t-d 4je0-d 6ch2-2 2dxi-2 6n4y-3 1yew-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Serine/threonine protein kinases

B: Serine/threonine protein kinases

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Serine/threonine protein kinases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
78.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine/threonine protein kinases

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
78.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.663, 42.741, 175.327
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.311, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 125 through 208 or resid 217...
d_2	ens_1	chain "B"

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ARG	MET	A	3 - 86
d_1	2	ens_1	GLY	ILE	A	95 - 339
d_1	3	ens_1	GLN	LEU	A	341 - 368
d_1	4	ens_1	ALA	ARG	A	374 - 671
d_2	1	ens_1	ARG	ARG	B	1 - 655

#1: タンパク質	Serine/threonine protein kinases 分子量: 77717.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (バクテリア) 株: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 遺伝子: Cgl2751 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NM29
#2: 化合物	ChemComp-MAP / MAGNESIUM-5'-ADENYLY-IMIDO-TRIPHOSPHATE 分子量: 529.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆MgN₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 910 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.63 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 100 mM Tris-HCl, 17% w/v PEG 20 k, 100 mM MgCl2, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.68 Å / Num. obs: 78954 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 30.29 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / R_merge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4080 / CC_1/2: 0.675 / R_pim(I) all: 0.374 / R_rim(I) all: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4Y0X, 2PZI

4y0x

2pzi

解像度: 2.2→43.02 Å / SU ML: 0.3042 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.5355
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2457	4029	5.1 %
R_work	0.2093	74908	-
obs	0.2111	78937	98.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→43.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10369	0	68	910	11347

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0023	10656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5624	14500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0414	1656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	1874
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4224	3984

Refine LS restraints NCS

タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.36260955474 Å

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.3895	111	0.3319	2335	X-RAY DIFFRACTION	89.27
2.23-2.25	0.3262	145	0.2827	2418	X-RAY DIFFRACTION	93.4
2.25-2.28	0.3394	128	0.2723	2466	X-RAY DIFFRACTION	97.48
2.28-2.31	0.3237	142	0.2699	2555	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.31-2.34	0.2774	143	0.2532	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.2824	130	0.2476	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.38-2.41	0.2852	141	0.2367	2545	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.41-2.45	0.2843	122	0.2417	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.45-2.49	0.2517	143	0.2348	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.49-2.53	0.3023	149	0.245	2568	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.53-2.58	0.3077	120	0.2444	2587	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.58-2.63	0.3095	144	0.2354	2592	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.63-2.68	0.2762	143	0.2368	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.74	0.2749	154	0.2353	2519	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.74-2.8	0.2746	133	0.2401	2591	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.8-2.87	0.275	122	0.2211	2646	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.87-2.95	0.2386	131	0.2293	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.95-3.04	0.2791	167	0.2252	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.78
3.04-3.14	0.2925	157	0.2091	2593	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.14-3.25	0.2225	144	0.2131	2583	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.25-3.38	0.2327	152	0.2074	2578	X-RAY DIFFRACTION	99.53
3.38-3.53	0.2245	147	0.1987	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.46
3.53-3.72	0.2267	124	0.185	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.27
3.72-3.95	0.2073	139	0.1842	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.1
3.95-4.26	0.2006	139	0.1741	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.18
4.26-4.68	0.202	140	0.1662	2587	X-RAY DIFFRACTION	98.88
4.68-5.36	0.212	123	0.1746	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.04
5.36-6.75	0.2499	149	0.2011	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.36
6.75-43.02	0.1954	147	0.1912	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.12

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -23.2340740934 Å / Origin y: -5.34186423319 Å / Origin z: -43.4368659692 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.120913441992 Å²	0.00516397101627 Å²	0.00319771687274 Å²	-	0.108634424688 Å²	0.00660437599898 Å²	-	-	0.121091867732 Å²
L	0.0430886334854 °²	-0.0125161487384 °²	0.0939522207743 °²	-	0.0302498283277 °²	-0.00857186156543 °²	-	-	0.0731718428741 °²
S	-0.00511233940839 Å °	0.0278313417827 Å °	-0.00385010899909 Å °	-0.0248665764194 Å °	-0.00220927651128 Å °	-0.00580421607353 Å °	-0.00743217227778 Å °	0.0431985705837 Å °	-9.89425033854E-6 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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