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- PDB-7mxb: Crystal structure of the S/T protein kinase PknG from Corynebacte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7mxb | ||||||
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Title | Crystal structure of the S/T protein kinase PknG from Corynebacterium glutamicum in complex with AMP-PNP | ||||||
![]() | Serine/threonine protein kinases | ||||||
![]() | TRANSFERASE / metabolic control / glutamate metabolism / bacterial protein kinase / tetratricopeptide repeats | ||||||
Function / homology | ![]() protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lisa, M.N. / Alzari, P.M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A Tetratricopeptide Repeat Scaffold Couples Signal Detection to OdhI Phosphorylation in Metabolic Control by the Protein Kinase PknG. Authors: Lisa, M.N. / Sogues, A. / Barilone, N. / Baumgart, M. / Gil, M. / Grana, M. / Duran, R. / Biondi, R.M. / Bellinzoni, M. / Bott, M. / Alzari, P.M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 669.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 449 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7mxjC ![]() 7mxkC ![]() 2pziS ![]() 4y0xS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
#1: Protein | Mass: 77717.570 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / BCRC 11384 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: Cgl2751 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion Details: 100 mM Tris-HCl, 17% w/v PEG 20 k, 100 mM MgCl2, pH 8.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 21, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9801 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→46.68 Å / Num. obs: 78954 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.29 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.054 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.514 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4080 / CC1/2: 0.675 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 0.64 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4Y0X, 2PZI Resolution: 2.2→43.02 Å / SU ML: 0.3042 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.5355 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→43.02 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 1.36260955474 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -23.2340740934 Å / Origin y: -5.34186423319 Å / Origin z: -43.4368659692 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |