PDB-7mwz: Structure of drosophila STING in complex with 3'2'-cGAMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mwz

タイトル

Structure of drosophila STING in complex with 3'2'-cGAMP

要素

STING

キーワード

IMMUNE SYSTEM / STING / cyclic dinucleotide receptor

機能・相同性

3'2'-cGAMP

機能・相同性情報

生物種

Drosophila eugracilis (ハエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Slavik, K.M. / Ragucci, A.E. / Kranzusch, P.J.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila.
著者: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J.

履歴

登録	2021年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2021年9月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7mwz.ent.gz	471 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mwz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7mwz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7mwz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7mwz_validation.xml.gz	55.5 KB	表示
CIF形式データ	7mwz_validation.cif.gz	76.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/7mwz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lt1C 7lt2C 7mwyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xhb-1 1slq-2 4xz4-d 2f7b-2 6jnn-d 6xrl-d 3dbs-d 2v9s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: STING

B: STING

C: STING

D: STING

ヘテロ分子

165 kDa, 4 ポリマー
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1

A: STING

B: STING

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
82.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: STING

D: STING

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	50.923, 95.046, 140.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.934, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	STING 分子量: 40901.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila eugracilis (ハエ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-4UR / 3'2'-cGAMP / 2-amino-9-[(2S,5R,7R,8R,10R,12aR,14R,15R,15aS,16R)-7-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2,10,15,16-tetrahydroxy-2,10-dioxidooctahydro-12H-5,8-methanofuro[3,2-l][1,3,6,9,11,2,10]pentaoxadiphosphacyclotetradecin-14-yl]-1,9-dihydro-6H-purin-6-one 分子量: 674.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₃P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1-0.2 M sodium acetate pH 4.8, 0.2 M ammonium formate, 20-22% PEG-3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.84 Å / Num. obs: 89677 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4600 / CC_1/2: 0.561 / R_pim(I) all: 0.759 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: SAD-phased model of the selenomethionine derivative

解像度: 2→48.84 Å / SU ML: 0.3635 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.0548
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	2004	2.24 %
R_work	0.2472	87540	-
obs	0.2479	89544	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10943	0	90	511	11544

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	11262
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4356	15194
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0374	1666
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0031	1905
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7181	4178

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.05	0.4093	146	0.3841	6162	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.05-2.11	0.4208	143	0.3562	6211	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.11-2.17	0.3592	148	0.3421	6219	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.17-2.24	0.3321	128	0.3164	6287	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.24-2.32	0.3548	154	0.3138	6243	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.32-2.41	0.3513	134	0.3101	6199	X-RAY DIFFRACTION	99.29
2.41-2.52	0.3168	150	0.3071	6176	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.52-2.65	0.3658	141	0.3066	6250	X-RAY DIFFRACTION	99.81
2.65-2.82	0.3344	139	0.2913	6276	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.82-3.04	0.319	140	0.2736	6277	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.04-3.34	0.3038	152	0.2618	6248	X-RAY DIFFRACTION	99.74
3.34-3.83	0.253	145	0.224	6271	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.83-4.82	0.2298	139	0.1996	6315	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.82-48.84	0.2415	145	0.2044	6406	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0351926246888	-0.30832303588	-0.00969487982625	2.22723838867	0.827372469783	4.56216884983	-0.0670699108827	0.0128181378556	-0.26709784601	0.188827726532	-0.239231203392	0.540483343027	-0.359857783561	-0.86021368904	0.173849411477	0.407975454344	0.000542373929055	0.0101009815119	0.584186275672	-0.044993238312	0.683377439251	-34.6594927194	2.22153181867	18.8005057265
2	2.39117298347	0.254627710205	1.08019625275	3.09251423764	-0.729335181146	2.06188900873	0.141063824478	-0.28493358468	-0.12131704731	0.070097375864	-0.011189450042	0.284107695004	0.102912229862	-0.256735724905	-0.150141541647	0.221018549644	0.0339513715348	0.0435277160172	0.306469160146	-0.0214207241401	0.311304940665	-37.6614436927	-17.4709007236	-15.1446761618
3	5.11591915809	-0.914888876728	-0.622646068013	5.70512455845	0.788843397031	7.55273583038	0.0770420946272	0.579313891242	0.468637880539	0.567666177797	-0.0140258325155	0.953077265231	0.0561933029877	-0.690634026052	-0.0164764890943	0.376568517204	-0.065513161768	0.0392434911397	0.455716970388	0.00603812922439	0.673146801444	-29.6491495082	-25.2898839172	22.8774483713
4	4.5447258916	1.70559307665	-2.91206026431	2.71788558675	0.745805468662	5.86214519976	-0.198683571268	0.0946002154073	0.148449798929	0.387472607996	-0.0725286574587	-0.46802789162	1.08502055356	1.29760976902	0.170333512885	0.754008024181	0.174557944564	0.0735937448321	0.883926088525	0.240786790353	0.825390543446	-8.77962488775	-22.7045479772	17.7815033125
5	2.30252051189	0.204535798963	-1.00520450401	2.03322824412	0.0526455578948	2.00800266456	0.0672265176893	-0.204924719369	0.0437458655295	0.155058304498	-0.0881724898096	-0.317551215764	-0.147211231129	0.0582630154508	0.0358692094511	0.256594439393	0.0255601622872	-0.0276503386853	0.304342424187	-0.0163785004485	0.390018619179	-14.3861731884	-2.70423851265	-13.0721006585
6	6.95387713178	-0.303611197223	-3.28403023817	6.92779888749	-0.107702766579	7.2978526164	-0.077529246322	-0.320515533669	0.632939869582	-0.477668632887	0.451253576992	-0.97169653706	0.384447719916	0.784784270926	-0.21275249585	0.40207125417	-0.00690743244025	-0.00241262975979	0.37502869944	0.0371937014752	0.521930954014	0.645716730816	-14.9484028761	45.4655156512
7	3.11403684582	-2.3895342326	-1.53336999028	4.79291980042	1.97032998785	5.90528236433	0.289659429851	0.967193836152	0.589814441903	-1.20590197037	-0.604449333052	0.659436609193	-0.346475500212	-1.17162192216	0.318665083316	0.957680078714	0.124628840507	-0.151028711532	0.7157813899	-0.00719425498826	1.00591659495	-18.1013068895	-7.59411509682	44.6881042279
8	-0.0434105444365	0.0552983779658	-0.758309148319	1.14600558227	0.752608819714	8.91719100779	-0.0203337508543	0.120331703799	-0.288120972923	-0.00361317367075	-0.0923859336165	0.470283473155	0.529047996984	-0.970409100285	0.124441498984	0.702080446385	-0.0752349439085	0.0290837643689	0.65603551376	-0.0809819333654	0.890861502109	-19.278209561	-7.40784031137	66.3040041765
9	2.04028947228	-1.16024577217	0.0324397839343	3.35674952441	-0.195566411171	1.83389307023	-0.0280597488053	0.291879268528	-0.0482285972349	-0.329148765083	0.0925134791664	0.158096045642	0.141216004031	-0.124807957725	-0.0334648308772	0.539376032203	-0.149931354903	-0.0378800728106	0.396878185241	-0.0665550067374	0.286191191348	-16.8191171766	11.050650024	83.6715165117
10	0.293935040649	-0.171174499036	1.02686161794	3.22316952303	-2.94304266175	4.22487384925	0.159858155322	0.112146383455	0.243351344929	-0.678599079044	-0.219954126134	0.113808951344	0.477998553406	0.374915399691	0.00723273067646	0.863348460359	-0.0165665692705	-0.113900108865	0.619675957947	0.0163947629017	0.686993575742	1.54899193385	13.2108723456	55.6844400735
11	1.6842575819	0.147680352836	0.333581794112	3.01062844573	1.25692076403	2.9360704947	0.130462208829	0.152341723889	-0.208041413878	-0.167692605925	0.1861190986	-0.716749464377	-0.0289536536493	0.528542037824	-0.315944638177	0.572330334745	-0.100159294434	-0.0102628920318	0.521337529874	-0.197918330165	0.643719345445	6.50732615975	-7.18576882756	83.9122737243

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid -14 through 162 )	A	A	-14 - 162	1 - 177
2	2	chain 'A' and (resid 163 through 337 )	A	A	163 - 337	178 - 351
3	3	chain 'B' and (resid -14 through 45 )	B	C	-14 - 45	1 - 60
4	4	chain 'B' and (resid 46 through 141 )	B	C	46 - 141	61 - 156
5	5	chain 'B' and (resid 142 through 337 )	B	C	142 - 337	157 - 352
6	6	chain 'C' and (resid -13 through 45 )	C	D	-13 - 45	1 - 59
7	7	chain 'C' and (resid 46 through 108 )	C	D	46 - 108	60 - 122
8	8	chain 'C' and (resid 109 through 176 )	C	D	109 - 176	123 - 188
9	9	chain 'C' and (resid 177 through 337 )	C	D	177 - 337	189 - 349
10	10	chain 'D' and (resid -13 through 176 )	D	F	-13 - 176	1 - 144
11	11	chain 'D' and (resid 177 through 333 )	D	F	177 - 333	145 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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