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- PDB-7lt1: Structure of the cGAS-like receptor human MB21D2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lt1
タイトルStructure of the cGAS-like receptor human MB21D2
要素Protein MB21D2
キーワードIMMUNE SYSTEM / cGAS-like receptor / cGLR / nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / cadherin binding / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Mab-21-like, nucleotidyltransferase domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleotidyltransferase MB21D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Morehouse, B.R. / Slavik, K.M. / Kranzusch, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila.
著者: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J.
履歴
登録2021年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MB21D2
B: Protein MB21D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,4695
ポリマ－107,1812
非ポリマー2883
水00
1
A: Protein MB21D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7823
ポリマ－53,5901
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein MB21D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6862
ポリマ－53,5901
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.170, 127.822, 198.235
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 Protein MB21D2 / Mab-21 domain-containing protein 2


分子量: 53590.297 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MB21D2, C3orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IYB1
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 100 mM MES, pH 6.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.56 Å / Num. obs: 50814 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 61.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/av σ(I): 12.6 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4680 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.823

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→46.13 Å / SU ML: 0.368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.4946
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 1982 3.94 %
Rwork0.2471 48367 -
obs0.2479 50349 98.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6398 0 15 0 6413
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00156550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.398856
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0356984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00281117
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.73842438
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.52841390.49983381X-RAY DIFFRACTION97.29
2.46-2.530.48531390.46213410X-RAY DIFFRACTION98.75
2.53-2.60.55251390.44993402X-RAY DIFFRACTION98.64
2.6-2.680.4181410.40893393X-RAY DIFFRACTION96.82
2.68-2.780.42921400.36153390X-RAY DIFFRACTION98.36
2.78-2.890.33861420.32533407X-RAY DIFFRACTION98.75
2.89-3.020.36371390.30363446X-RAY DIFFRACTION98.49
3.02-3.180.3561410.30293443X-RAY DIFFRACTION98.95
3.18-3.380.31441390.27753473X-RAY DIFFRACTION99.15
3.38-3.640.27231420.25173466X-RAY DIFFRACTION99.18
3.64-4.010.25841400.23253429X-RAY DIFFRACTION97.62
4.01-4.590.24411450.19663516X-RAY DIFFRACTION99.78
4.59-5.780.20771460.2083543X-RAY DIFFRACTION99.95
5.78-46.130.18411500.193668X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.48039724809-0.2342267804460.6444592096990.463163395249-0.005277783618240.1910727825720.01167469760840.1533459946470.09490251601510.334278689263-0.387894090907-0.278436903023-0.855618972528-0.9971536594930.0002071816169121.360647206080.2510998732520.08644864740140.9729240158380.03415992159181.1080562655231.2971788627108.2592484233.92816052383
20.896204998675-0.822896512643-0.9227163521831.5214381850.2470658103980.6824221330370.263502741260.009886932546110.0298884569166-0.126354470862-0.3114875212640.000323918665106-0.106162447317-0.332243888458-8.21297218463E-50.9068081099270.14576877008-0.005315687659390.829637646328-0.05333309731750.79508052781527.027868275887.453119369824.1684439297
31.41783206102-0.619193375476-0.9226679320811.101448808170.2369583478822.636361877770.0124054340411-0.0162711510884-0.1328312412760.0203494774002-0.122616814886-0.06717018652820.00626266331614-0.2276486156341.37007290859E-50.627322978392-0.0266706089492-0.00390063060850.661016430129-0.03166155565720.70466024824730.880244457174.67440878825.3797629057
41.11523134173-0.557035085270.04858786896750.381567345302-0.1873481066482.33104114684-0.1195293220850.07547040123540.00788400279155-0.09249584973930.161023023864-0.0895225153408-0.36878435737-0.2479068425332.33293942909E-50.727866395370.0276595151180.0184951087160.6300494046-0.01554238117340.68768771484542.420728597888.11805861812.3053259672
50.76322667992-0.6679051972540.2871322102991.67010944968-0.01393769429490.9929034841290.02225954593080.135008334947-0.0513923305038-0.100261410486-0.0763514223268-0.0961054648083-0.30436590275-0.0227009391843-4.64180764873E-50.9637073619550.1143055821920.05321114574950.8586119970990.05777508994030.76111303549335.811520216794.08559859080.335401829187
60.841709884857-0.724955145980.1454050863710.464126668341-0.1430000986750.0949913055785-0.0746897243459-0.207166279664-0.362177427225-0.0534154262297-0.3278041421750.2427988110711.371153531950.819457705173-2.14721029974E-51.29210105901-0.2500631976220.06202735954290.973653238212-0.009204570845331.092636974231.90731099116.98174568531.3306015297
70.252267577126-0.7354499779320.3240055853742.19091771513-0.8705499792962.037801457920.223828065763-0.1858570846660.07001689704680.0719228518395-0.232041838436-0.0619817639231-0.3819776494760.193611482494-5.09951635114E-50.890739497795-0.2204249883560.2382477330980.877700961281-0.01592708502070.86521714148927.356382031547.126712785251.0695044211
80.5420413696880.00334955227024-1.073244330621.15811429160.6192085586791.52213463645-0.02248701665560.2333382176930.0789296038273-0.00136129877598-0.1255025158640.442620746492-0.0807742755321-0.31472397027-8.44611681029E-50.611233087424-0.1982073120960.04674223481750.9860495914970.02497835742940.99235125082919.809658275638.665563971541.9865542711
90.926323807705-2.0578057035-1.06290784571.665150181620.8572480894623.279768172320.0864547226944-0.105167443637-0.1208933938060.0898688178718-0.125835550897-0.101932783074-0.34605872233-0.329207613446-2.52771187012E-50.815956665141-0.06465688579530.05509171290680.970173464310.04442323940680.95362128097923.41106079439.181972489635.5685691132
102.48896418452-0.314403506865-0.2270521699750.3769186835090.1103280596231.394518646020.1896493825850.605556642767-0.0486824114429-0.509458421925-0.1690410634520.247952327668-0.116461172753-0.5536703999919.4105693637E-50.910858561353-0.1141037233180.003645985514780.989321404389-0.02335812480290.94504638842125.476015580935.625447706423.0030115112
110.0224253428714-0.2468237443370.4733028347860.239696894629-0.05625814571120.2467923656640.4782284162270.0289471660358-0.851997592066-0.4259406121280.486376650196-0.1695045313420.7264962172280.928527300395-0.0001933888497451.084271466340.002958329317410.09736209500631.106686697640.02609921749490.99456927715342.570306642121.955422537.9785112319
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 28 through 52 )AA28 - 521 - 25
22chain 'A' and (resid 53 through 127 )AA53 - 12726 - 100
33chain 'A' and (resid 128 through 242 )AA128 - 242101 - 215
44chain 'A' and (resid 243 through 341 )AA243 - 341216 - 314
55chain 'A' and (resid 342 through 430 )AA342 - 430315 - 403
66chain 'B' and (resid 28 through 52 )BB28 - 521 - 25
77chain 'B' and (resid 53 through 216 )BB53 - 21626 - 183
88chain 'B' and (resid 217 through 263 )BB217 - 263184 - 230
99chain 'B' and (resid 264 through 328 )BB264 - 328231 - 295
1010chain 'B' and (resid 329 through 406 )BB329 - 406296 - 368
1111chain 'B' and (resid 407 through 431 )BB407 - 431369 - 393

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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