+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lt1 | ||||||
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Title | Structure of the cGAS-like receptor human MB21D2 | ||||||
Components | Protein MB21D2 | ||||||
Keywords | IMMUNE SYSTEM / cGAS-like receptor / cGLR / nucleotidyltransferase | ||||||
Function / homology | Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / cadherin binding / protein-containing complex binding / Protein MB21D2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Morehouse, B.R. / Slavik, K.M. / Kranzusch, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: cGAS-like receptors sense RNA and control 3'2'-cGAMP signalling in Drosophila. Authors: Slavik, K.M. / Morehouse, B.R. / Ragucci, A.E. / Zhou, W. / Ai, X. / Chen, Y. / Li, L. / Wei, Z. / Bahre, H. / Konig, M. / Seifert, R. / Lee, A.S.Y. / Cai, H. / Imler, J.L. / Kranzusch, P.J. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7lt1.cif.gz | 393 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7lt1.ent.gz | 281.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7lt1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7lt1_validation.pdf.gz | 448.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7lt1_full_validation.pdf.gz | 455 KB | Display | |
Data in XML | 7lt1_validation.xml.gz | 27.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7lt1_validation.cif.gz | 36.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/7lt1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53590.297 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 29-491 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MB21D2, C3orf59 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8IYB1 #2: Chemical | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.2 M ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 100 mM MES, pH 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 18, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→49.56 Å / Num. obs: 50814 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 61.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/av σ(I): 12.6 / Net I/σ(I): 12.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4680 / CC1/2: 0.848 / Rpim(I) all: 0.823 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.4→46.13 Å / SU ML: 0.368 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 40.4946 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 97.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→46.13 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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