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- PDB-7mws: Crystal structure of tamarin CD81 large extracellular loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mws
タイトルCrystal structure of tamarin CD81 large extracellular loop
要素CD81 protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Receptor protein / PROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


: / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / immunological synapse formation ...: / CD4-positive, alpha-beta T cell costimulation / osteoclast fusion / positive regulation of B cell receptor signaling pathway / myoblast fusion involved in skeletal muscle regeneration / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / regulation of macrophage migration / macrophage fusion / immunological synapse formation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / tetraspanin-enriched microdomain / positive regulation of B cell activation / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / cholesterol binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / immunological synapse / positive regulation of receptor clustering / protein localization to plasma membrane / protein localization / receptor internalization / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / basolateral plasma membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tetraspanin, conserved site / Transmembrane 4 family signature. / Tetraspanin, animals / Tetraspanin, EC2 domain superfamily / Tetraspanin/Peripherin / Tetraspanin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural insights into hepatitis C virus receptor binding and entry.
著者: Kumar, A. / Hossain, R.A. / Yost, S.A. / Bu, W. / Wang, Y. / Dearborn, A.D. / Grakoui, A. / Cohen, J.I. / Marcotrigiano, J.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD81 protein
B: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4645
ポリマ－20,9842
非ポリマー4813
水1,18966
1
A: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6862
ポリマ－10,4921
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CD81 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7783
ポリマ－10,4921
非ポリマー2862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.263, 113.263, 113.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 CD81 protein


分子量: 10491.831 Da / 分子数: 2 / 断片: second extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saguinus oedipus (ワタボウシタマリン)
細胞株: HEK293T GnTI- cells / 遺伝子: CD81 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T GnTI- cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 株 (発現宿主): 9606 / 参照: UniProt: Q9N0J9
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, and 55% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.04 Å / Num. obs: 22547 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 40.1 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.87 Å / Num. unique obs: 1651 / CC1/2: 0.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALAデータスケーリング
Coot0.8.9.2 ELモデル構築
DIALS7.0.077データ収集
MOSFLM7.2.2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G8Q

1g8q


解像度: 1.8→40.04 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1186 5.27 %
Rwork0.207 --
obs0.2083 22509 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1415 0 32 66 1513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3791987
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5421052
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008256
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.88180.31261740.28762619X-RAY DIFFRACTION100
1.8818-1.9810.25611600.25242615X-RAY DIFFRACTION100
1.981-2.10510.23661600.21852624X-RAY DIFFRACTION100
2.1051-2.26760.27441160.20222693X-RAY DIFFRACTION100
2.2676-2.49580.22821610.19882631X-RAY DIFFRACTION100
2.4958-2.85690.22251530.19092673X-RAY DIFFRACTION100
2.8569-3.5990.22971060.2142712X-RAY DIFFRACTION100
3.599-400.22481560.20292756X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.1892 Å / Origin y: 42.1044 Å / Origin z: 3.7853 Å
111213212223313233
T0.2045 Å20.0573 Å20.0635 Å2-0.3352 Å20.0243 Å2--0.2475 Å2
L4.3461 °2-0.6488 °23.3478 °2-2.3775 °2-1.0494 °2--6.0486 °2
S0.0404 Å °-0.5268 Å °0.0222 Å °-0.0211 Å °-0.1089 Å °0.026 Å °0.2043 Å °-0.4456 Å °0.0262 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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