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- PDB-7msq: Complex between the Fab arm of AB-3467 and the SARS-CoV-2 recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7msq
タイトルComplex between the Fab arm of AB-3467 and the SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD)
要素
  • AB-3467 Fab Heavy Chain
  • AB-3467 Fab Light Chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 receptor binding domain AB-3467 / ANTIVIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Immunizations with diverse sarbecovirus receptor-binding domains elicit SARS-CoV-2 neutralizing antibodies against a conserved site of vulnerability.
著者: Burnett, D.L. / Jackson, K.J.L. / Langley, D.B. / Aggrawal, A. / Stella, A.O. / Johansen, M.D. / Balachandran, H. / Lenthall, H. / Rouet, R. / Walker, G. / Saunders, B.M. / Singh, M. / Li, H. ...著者: Burnett, D.L. / Jackson, K.J.L. / Langley, D.B. / Aggrawal, A. / Stella, A.O. / Johansen, M.D. / Balachandran, H. / Lenthall, H. / Rouet, R. / Walker, G. / Saunders, B.M. / Singh, M. / Li, H. / Henry, J.Y. / Jackson, J. / Stewart, A.G. / Witthauer, F. / Spence, M.A. / Hansbro, N.G. / Jackson, C. / Schofield, P. / Milthorpe, C. / Martinello, M. / Schulz, S.R. / Roth, E. / Kelleher, A. / Emery, S. / Britton, W.J. / Rawlinson, W.D. / Karl, R. / Schafer, S. / Winkler, T.H. / Brink, R. / Bull, R.A. / Hansbro, P.M. / Jack, H.M. / Turville, S. / Christ, D. / Goodnow, C.C.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S1
B: Spike protein S1
D: AB-3467 Fab Heavy Chain
E: AB-3467 Fab Light Chain
H: AB-3467 Fab Heavy Chain
L: AB-3467 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,71420
ポリマ－144,1896
非ポリマー1,52514
水2,954164
1
A: Spike protein S1
H: AB-3467 Fab Heavy Chain
L: AB-3467 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2349
ポリマ－72,0943
非ポリマー1,1406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spike protein S1
D: AB-3467 Fab Heavy Chain
E: AB-3467 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,48011
ポリマ－72,0943
非ポリマー3868
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.764, 115.494, 240.758
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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抗体 , 2種, 4分子 DHEL

#2: 抗体 AB-3467 Fab Heavy Chain


分子量: 25758.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 AB-3467 Fab Light Chain


分子量: 23359.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Spike protein S1 / Spike glycoprotein


分子量: 22975.688 Da / 分子数: 2 / 断片: receptor binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 177分子

#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: Protein complex (5 mg/mL in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 100 mM BisTrisPropane (pH 6.9), 800 mM KSCN, 10% (v/v) ...詳細: Protein complex (5 mg/mL in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) was mixed with an equal volume (2 uL) of well solution comprising 100 mM BisTrisPropane (pH 6.9), 800 mM KSCN, 10% (v/v) glycerol, and 18%(m/v) PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→48.15 Å / Num. obs: 68595 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 22.5 / Num. measured all: 938116 / Scaling rejects: 3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.29-2.3513.40.7475988044600.8820.2080.776497.5
10.76-48.15120.03590117540.9990.010.03656.498.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.93 Å48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7kzb (RBD) and 7czx

7kzb

7czx


解像度: 2.29→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.2446 / WRfactor Rwork: 0.1942 / FOM work R set: 0.8314 / SU B: 13.529 / SU ML: 0.16 / SU R Cruickshank DPI: 0.2843 / SU Rfree: 0.2233 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2447 3368 4.9 %RANDOM
Rwork0.1942 ---
obs0.1966 65175 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 156.23 Å2 / Biso mean: 50.259 Å2 / Biso min: 22.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20 Å2
2--1.63 Å2-0 Å2
3----1.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9674 0 88 164 9926
Biso mean--76.33 43.78 -
残基数----1253
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01310058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0159062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7221.65413700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3231.58220925
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.18851254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40122.922462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.177151524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4451540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022371
LS精密化 シェル解像度: 2.294→2.353 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 239 -
Rwork0.256 4650 -
all-4889 -
obs--97.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5227-0.126-1.28730.8927-0.85752.08710.10830.49240.13810.12580.1034-0.02010.0995-0.4146-0.21170.2330.0202-0.03650.2210.04970.1642-21.588-16.41255.767
20.7671-0.4225-0.23182.3814-0.59412.0950.0120.0305-0.08490.23920.10960.0932-0.32570.2643-0.12170.192-0.05930.00830.10650.04020.130119.2979.9024.714
30.66580.5887-0.52190.6785-0.58730.7027-0.0271-0.099-0.1145-0.0234-0.0959-0.0521-0.04010.11680.1230.11640.07280.06460.08610.0920.1322.76444.87329.029
41.25670.6978-0.96320.399-0.50250.8418-0.02450.08510.1167-0.01660.0330.07830.0359-0.0916-0.00850.12660.06890.06740.10160.07260.1488-16.16947.85727.325
51.07620.7476-0.84840.7217-0.46930.7627-0.11680.0613-0.1003-0.08390.0501-0.10230.065-0.080.06680.10690.06980.05870.10630.08040.138713.3030.04830.982
60.35290.5357-0.41550.9863-0.79650.69530.06590.0130.08730.11760.00330.1352-0.12610.0121-0.06920.14760.09160.0910.08870.09350.129111.59119.132.779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION2B334 - 528
3X-RAY DIFFRACTION3D1 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4E1 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5H1 - 228
6X-RAY DIFFRACTION6L1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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