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- PDB-6z2l: Structure of Plasmodium falciparum P113 bound to antibody P3.2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z2l
タイトルStructure of Plasmodium falciparum P113 bound to antibody P3.2
要素
  • FAb fragment - VH chain
  • FAb fragment - VL chain
  • Surface protein P113
キーワードCELL INVASION / protein complex / Fab-antigen / invasion
機能・相同性symbiont-containing vacuole membrane / side of membrane / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / plasma membrane / Surface protein P113
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Campeotto, I. / Higgins, K.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Mbio / 年: 2020
タイトル: The Structure of the Cysteine-Rich Domain of Plasmodium falciparum P113 Identifies the Location of the RH5 Binding Site.
著者: Campeotto, I. / Galaway, F. / Mehmood, S. / Barfod, L.K. / Quinkert, D. / Kotraiah, V. / Phares, T.W. / Wright, K.E. / Snijders, A.P. / Draper, S.J. / Higgins, M.K. / Wright, G.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structure of the cysteine-rich domain of Plasmodium falciparum P113 identifies the location of the RH5 binding site
著者: Campeotto, I. / Galaway, F. / Mehmood, S. / Barfod, L.K. / Quinkert, D. / Kotraiah, V. / Phares, T.W. / Wright, K.E. / Snijders, A.P. / Draper, S.J. / Higgins, K.M. / Wright, G.J.
履歴
登録2020年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine / reflns / reflns_shell
Item: _refine.ls_d_res_low / _reflns.d_resolution_low ..._refine.ls_d_res_low / _reflns.d_resolution_low / _reflns.number_all / _reflns.number_obs / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI / _reflns.pdbx_redundancy / _reflns.percent_possible_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.d_res_low / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Surface protein P113
B: FAb fragment - VL chain
C: FAb fragment - VH chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,6664
ポリマ－73,5703
非ポリマー961
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.921, 96.921, 177.898
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Surface protein P113


分子量: 23057.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Lys methylation method was used resulting on methylation of some Lys residues
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: P113, PF3D7_1420700 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8ILP3
#2: 抗体 FAb fragment - VL chain


分子量: 24827.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 FAb fragment - VH chain


分子量: 25684.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4SO4, 0.1M MES pH=6.5, 20% w/v PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→96.92 Å / Num. all: 1636680 / Num. obs: 62581 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.2 % / CC1/2: 0.994 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 26.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4310 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 1.422 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (19-MAR-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
autoPROCデータ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U0R

4u0r


解像度: 1.95→96.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.15 / SU Rfree Blow DPI: 0.131 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.128
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2257 3110 4.98 %RANDOM
Rwork0.2047 ---
obs0.2058 62481 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 138.89 Å2 / Biso mean: 43.14 Å2 / Biso min: 13.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.2067 Å20 Å20 Å2
2--4.2067 Å20 Å2
3----8.4135 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→96.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4929 0 5 395 5329
Biso mean--79.98 50.3 -
残基数----631
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1713SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes854HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5039HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion674SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4475SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5043HARMONIC20.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6848HARMONIC21.13
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion6.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.15
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.96 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 60 4.8 %
Rwork0.2353 1190 -
all-1250 -
obs--99.77 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65070.2665-0.066900.12850.41150.0881-0.02680.1974-0.0689-0.11420.10640.15790.0070.0261-0.04820.0037-0.0461-0.0913-0.0508-0.058610.517951.055-17.6815
20.06690.40010.3620.5160.13830.31650.094-0.1442-0.06120.062-0.1315-0.01170.0015-0.00980.0374-0.0803-0.00620.0121-0.0654-0.0162-0.05120.44260.2223-14.9419
30.0220.31750.09690.40170.02870.191-0.0415-0.0423-0.1155-0.0236-0.0022-0.0784-0.0949-0.04590.0437-0.07750.03730.004-0.0868-0.0292-0.03927.5246.8685-29.5479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 197
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B11 - 223
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C20 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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