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Yorodumi- PDB-6azz: Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission block... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6azz | ||||||
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Title | Crystal structure of Pfs25 in complex with the transmission blocking antibody 1190 | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / Transmission blocking vaccine / malaria / antibody / EGF-like domain | ||||||
Function / homology | Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Orthogonal Prism / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Molecular definition of multiple sites of antibody inhibition of malaria transmission-blocking vaccine antigen Pfs25. Authors: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / ...Authors: Scally, S.W. / McLeod, B. / Bosch, A. / Miura, K. / Liang, Q. / Carroll, S. / Reponen, S. / Nguyen, N. / Giladi, E. / Ramisch, S. / Yusibov, V. / Bradley, A. / Lemiale, F. / Schief, W.R. / Emerling, D. / Kellam, P. / King, C.R. / Julien, J.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6azz.cif.gz | 463.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6azz.ent.gz | 380.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6azz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6azz_validation.pdf.gz | 482.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6azz_full_validation.pdf.gz | 490.7 KB | Display | |
Data in XML | 6azz_validation.xml.gz | 44.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6azz_validation.cif.gz | 63.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6b08C 6b0aC 6b0eC 6b0gC 6b0hC 1z27S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AD
#3: Protein | Mass: 20104.156 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Production host: Homo sapiens (human) |
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-Antibody , 2 types, 4 molecules FCEB
#1: Antibody | Mass: 23986.904 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23035.406 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Non-polymers , 3 types, 427 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ACT / #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.085 M Tris pH 8.5, 0.17 M sodium acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Sep 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→40 Å / Num. obs: 51230 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.5 Å / Redundancy: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5894 / Rpim(I) all: 0.33 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1Z27, 1276 Fab Resolution: 2.4→39.179 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.04
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→39.179 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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