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Yorodumi- PDB-6pi7: Crystal structure of the TDRD2 extended Tudor domain in complex w... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pi7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the TDRD2 extended Tudor domain in complex with an antibody fragment and the PIWIL1 peptide | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Fab / TUDOR domain / PIWIL1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information piP-body / primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / pi-body / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / P granule organization / piRNA binding / : / piRNA processing / sperm DNA condensation ...piP-body / primary piRNA processing / mRNA cap binding complex binding / pi-body / piRNA-mediated retrotransposon silencing by heterochromatin formation / P granule organization / piRNA binding / : / piRNA processing / sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / chromatoid body / dense body / P granule / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / Hydrolases; Acting on ester bonds; Endoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / fertilization / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / spermatid development / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / regulation of translation / spermatogenesis / single-stranded RNA binding / mRNA binding / protein kinase binding / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Liu, K. / Min, J.R. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Methods / Year: 2020 Title: Lesson from a Fab-enabled co-crystallization study of TDRD2 and PIWIL1. Authors: Chen, S. / Zhang, W. / Min, J. / Liu, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6pi7.cif.gz | 466.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6pi7.ent.gz | 382.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6pi7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3pnwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 24957.850 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TDRKH, TDRD2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9Y2W6 #2: Antibody | Mass: 24612.137 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Antibody | Mass: 26348.326 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #4: Protein/peptide | | Mass: 1774.991 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q96J94*PLUS #5: Chemical | ChemComp-UNX / Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.46 Å3/Da / Density % sol: 64.48 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 20.0% (V/V) PEG 3350, 0.2 M tri- lithium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97934 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 16, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection twin |
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Reflection | Resolution: 2.8→48.48 Å / Num. obs: 51311 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 11.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 580022 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 3pnw Resolution: 2.8→48.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 14.663 / SU ML: 0.151 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.053 Details: The model was refined with refmac5 twin option and prosmart restraints derived from PDB entries 5ucb and 6b57.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 165.78 Å2 / Biso mean: 79.148 Å2 / Biso min: 45.22 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.8→48.48 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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