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Yorodumi- PDB-7jtg: Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jtg | |||||||||
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Title | Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody RM11-43 | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HCV / broadly neutralizing antibodies / bNAbs / E2 core / IGHV1-69 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex | |||||||||
Function / homology | Function and homology information host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Macaca mulatta (Rhesus monkey) Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1 | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | |||||||||
Authors | Tzarum, N. / Wilson, I.A. / Law, M. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Immunity / Year: 2021 Title: HCV Env immunization elicits a rapid VH1-69-like broadly neutralizing antibody response in rhesus macaques Authors: Tzarum, N. / Chen, F. / Lin, X. / Giang, E. / Velazquez-Moctezuma, R. / Augestad, E.H. / Nagy, K. / He, L. / Davidson, E. / Chavez, D. / Prentoe, J. / Stanfield, R.L. / Lanford, R. / Bukh, J. ...Authors: Tzarum, N. / Chen, F. / Lin, X. / Giang, E. / Velazquez-Moctezuma, R. / Augestad, E.H. / Nagy, K. / He, L. / Davidson, E. / Chavez, D. / Prentoe, J. / Stanfield, R.L. / Lanford, R. / Bukh, J. / Wilson, I.A. / Zhu, J. / Law, M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jtg.cif.gz | 291 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jtg.ent.gz | 196.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jtg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jtg_validation.pdf.gz | 740.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jtg_full_validation.pdf.gz | 745.3 KB | Display | |
Data in XML | 7jtg_validation.xml.gz | 22.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7jtg_validation.cif.gz | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jtg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jt/7jtg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jtfC 6bkbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Antibody , 2 types, 2 molecules AB
#1: Antibody | Mass: 24301.438 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
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#2: Antibody | Mass: 23254.746 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Macaca mulatta (Rhesus monkey) / Production host: Homo sapiens (human) |
-Protein / Non-polymers , 2 types, 47 molecules E
#3: Protein | Mass: 20707.395 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N448D Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1 Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: B9V0E2 |
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#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Sugars , 2 types, 2 molecules
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
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#5: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.1 Å3/Da / Density % sol: 60.29 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.6 / Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium sulfate, pH 6.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→30 Å / Num. obs: 26778 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 64.18 Å2 / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1146 / CC1/2: 0.63 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6BKB Resolution: 2.6→29.75 Å / SU ML: 0.473 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 32.3991 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 71.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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