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- PDB-7jtg: Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jtg
タイトルStructure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core from genotype 6a bound to broadly neutralizing antibody RM11-43
要素
  • Envelope glycoprotein E2
  • RM11-43 Fab heavy chain
  • RM11-43 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / HCV / broadly neutralizing antibodies / bNAbs / E2 core / IGHV1-69 / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1 (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tzarum, N. / Wilson, I.A. / Law, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al123365 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Al106005 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: HCV Env immunization elicits a rapid VH1-69-like broadly neutralizing antibody response in rhesus macaques
著者: Tzarum, N. / Chen, F. / Lin, X. / Giang, E. / Velazquez-Moctezuma, R. / Augestad, E.H. / Nagy, K. / He, L. / Davidson, E. / Chavez, D. / Prentoe, J. / Stanfield, R.L. / Lanford, R. / Bukh, J. ...著者: Tzarum, N. / Chen, F. / Lin, X. / Giang, E. / Velazquez-Moctezuma, R. / Augestad, E.H. / Nagy, K. / He, L. / Davidson, E. / Chavez, D. / Prentoe, J. / Stanfield, R.L. / Lanford, R. / Bukh, J. / Wilson, I.A. / Zhu, J. / Law, M.
履歴
登録2020年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RM11-43 Fab heavy chain
B: RM11-43 Fab light chain
E: Envelope glycoprotein E2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9095
ポリマ－68,2643
非ポリマー6462
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5390 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.956, 65.343, 215.871
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 RM11-43 Fab heavy chain


分子量: 24301.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 RM11-43 Fab light chain


分子量: 23254.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 47分子 E

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein E2


分子量: 20707.395 Da / 分子数: 1 / Mutation: N448D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Recombinant Hepatitis C virus HK6a/JFH-1 (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B9V0E2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium sulfate, pH 6.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 26778 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 64.18 Å2 / CC1/2: 0.92 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 1146 / CC1/2: 0.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BKB

6bkb


解像度: 2.6→29.75 Å / SU ML: 0.473 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.3991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2692 1367 5.12 %
Rwork0.2223 25348 -
obs0.2248 26715 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4429 0 42 46 4517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00424577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80416227
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0483714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005785
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3972634
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.690.45831140.37282221X-RAY DIFFRACTION88.35
2.69-2.80.34921460.31972487X-RAY DIFFRACTION99.81
2.8-2.920.37131220.28962541X-RAY DIFFRACTION99.96
2.92-3.080.341170.28232557X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.270.32831250.2812559X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.520.33591290.24742552X-RAY DIFFRACTION99.96
3.52-3.880.25211420.22442552X-RAY DIFFRACTION100
3.88-4.440.24631440.18792561X-RAY DIFFRACTION100
4.44-5.580.20391630.16892590X-RAY DIFFRACTION99.96
5.58-29.750.25541650.20612728X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.480564387191.95146624322-2.474408409454.59898303247-4.696714216285.273946960550.680391389542-0.1940068580540.6408864696990.950804789104-0.1875877035550.53587672715-1.95018143826-0.398776902265-0.5303095420330.6743543354490.0754558563439-0.01561201805940.596771181524-0.09117444183980.565020255604-10.03259108663.1411182348367.9934288369
21.336232764120.5439535624150.962337406973.02235605136-0.9368804074423.35660727041-0.1146565085280.1157588641350.0208066156955-0.0714805079110.0590322048346-0.165431961716-0.2599922285970.1730609312540.09871848959070.567790103858-0.078219057114-0.02286233683370.444604823656-0.004054125367350.451493611551-0.830452787247-1.8050707457973.9145211005
31.742100342320.264411835966-0.298795152532.73005359814-0.4314401259472.42106054531-0.205901464997-0.178183661314-0.373317708827-0.273495221424-0.3423736709950.121807465141-1.724388311350.4239758935610.9123066380460.6663440298340.00390149759752-0.05419278143070.355644137739-0.01516723686590.533200757192-2.660416903734.6474837434969.4485486508
43.254485075530.222615658838-0.2754299888612.272793159731.310477393820.8536409223330.0861389017451-0.443184101913-0.51590296898-0.1415459512180.1345565578030.517860652029-0.24902462265-0.246409576355-0.3021290891390.491197625331-0.116609010049-0.0126367761810.436320571145-0.005021724311180.604796046128-3.25719001468-7.8252324521778.2470507262
52.801852621340.7474879143241.800792940082.69082604732.090343251172.88238680382-0.183949293441-0.359495195757-0.001846736093960.1878440187230.1344900229860.3789370118510.309081296511-1.087978033290.03596778786280.539379956294-0.08060565796770.08711722798340.453768910296-0.1047611889050.554641318769-7.32777886174-8.372557546676.1934774892
60.2104776113130.576519156290.03181171230262.09923952566-1.030298997513.265236297370.0803306490115-0.1384847975040.056263417180.248776164259-0.2295301433640.794080342006-0.694020966093-0.8224697944880.1441316476930.432888504930.2282177440690.02690620285710.65055845601-0.174796715890.717994581956-25.364537321-5.0116252722344.6869956815
74.61261176873-1.555919773391.360354776962.765394108780.6511005098652.81998079926-0.2917291556760.000538752982716-0.5992143215190.211702180460.2036056739020.2412058885560.7374562864470.05042059378420.004996778714730.636586764648-0.1901933065960.01631449067450.4332390323610.01646562162230.412494826168-1.24562791733-24.127612960368.3165965934
81.73341795196-0.6488549340070.6972008275272.345138541320.4544716944332.699007613020.144969828926-0.5495017794-0.4970525973750.163779740654-0.1520617697120.4157984783720.920698712225-0.699214632701-0.01618939811080.705422314373-0.236507698719-0.00293316307870.5894656761910.05774866561620.53525044522-8.72234126543-23.352402062372.5666278818
90.208007632961-0.698634566123-0.2191402087973.40035137343-0.4630772277622.24920401420.02891713509310.213206104744-0.7512738302610.866077004410.109940101457-0.803436797916-0.02133975518970.2406653068880.09566500284410.383466636634-0.194164850199-0.05028585133090.4568648301330.01542985517550.4721094520723.43892950855-15.020056483371.329611944
101.20250228830.1680863799822.322432760170.4249229555921.144262928276.121389610540.521928927602-0.281479459294-0.1840294611380.4162855316830.199337680543-0.09045170253830.6830538020460.167604827251-0.6870665034650.771839708894-0.2616820824840.01579089602020.665692692482-0.07211441976820.456839188802-16.92416059-28.865380114852.7025458548
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 70 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 88 through 100A)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 100B through 111 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 112 through 214 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 38 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 39 through 90 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 91 through 102 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 103 through 113 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 128 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 129 through 150 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 151 through 174 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 175 through 212 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'E' and (resid 421 through 436 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 437 through 452 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 453 through 535 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 536 through 555 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 556 through 645 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る