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万見
- PDB-7mrs: Zebrafish CNTN4 APPb complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrs
タイトルZebrafish CNTN4 APPb complex
要素
  • Amyloid-beta A4 protein
  • Contactin-4
キーワードCELL ADHESION / Ig superfamily / amyloid precursor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


convergent extension / regulation of Notch signaling pathway / cell-cell adhesion mediator activity / vasculature development / axon extension / regulation of neuron differentiation / Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / axonogenesis / central nervous system development ...convergent extension / regulation of Notch signaling pathway / cell-cell adhesion mediator activity / vasculature development / axon extension / regulation of neuron differentiation / Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / axonogenesis / central nervous system development / axon guidance / brain development / cell-cell adhesion / neuron projection development / heparin binding / membrane => GO:0016020 / axon / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Amyloid-beta precursor protein / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. ...Amyloid-beta precursor protein / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta A4 protein / Contactin-4 precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Bouyain, S. / Karuppan, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R15NS108371-01 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface.
著者: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S.
履歴
登録2021年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contactin-4
B: Amyloid-beta A4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3432
ポリマ－54,3432
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.980, 88.190, 89.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Contactin-4 / Contactin 4


分子量: 33217.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cntn4, zgc:153573 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08C52
#2: タンパク質 Amyloid-beta A4 protein


分子量: 21126.209 Da / 分子数: 1 / Fragment: E1 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: appb / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B0CM02
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: batch mode / 詳細: 75 mM NaCl, 10 mM Na-HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→89.77 Å / Num. obs: 13383 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 58.35 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.174 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.93→3.1 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.163 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2111 / CC1/2: 0.697 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 1.227 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KTM, 5E4S

3ktm

5e4s


解像度: 2.93→44.09 Å / SU ML: 0.3882 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.1231
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 1281 10.03 %
Rwork0.2399 11496 -
obs0.2441 12777 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→44.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2814 0 0 17 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032890
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58663938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.58641053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.93-3.040.39751290.38491134X-RAY DIFFRACTION87.22
3.04-3.180.36331380.33751183X-RAY DIFFRACTION91.1
3.18-3.350.33291370.28121233X-RAY DIFFRACTION94.55
3.35-3.560.36871340.27241265X-RAY DIFFRACTION94.78
3.56-3.830.30841430.24221285X-RAY DIFFRACTION98.08
3.84-4.220.2641450.22651287X-RAY DIFFRACTION97.15
4.22-4.830.23431500.19361323X-RAY DIFFRACTION98.99
4.83-6.080.23261470.19671358X-RAY DIFFRACTION99.87
6.08-44.090.25751580.23161428X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.499800915572.89307939608-1.368332271973.58080357948-1.045905626871.71676489420.314141176183-0.1494001390560.2696580447680.622953694023-0.1858927752890.358134434087-0.220623824415-0.121601938456-0.1517150797590.4631594095350.004085776019130.1253227382130.284707106737-0.03592812979550.74089236834568.259547889155.512615368136.6891021392
20.6832273277070.805193231602-0.06001067180284.618783158820.7568037363132.096778838430.274577472338-0.3132574905240.1876775920030.103304103496-0.219185202280.0686638092936-0.2599394386180.0533574261147-0.01607928784490.253701088504-0.003913953862380.04980248401020.28794054254-0.001335567328890.71211436839595.945694343976.404466385919.8363886458
34.822971134720.329619606235-0.08548582881864.843508378733.110544473975.975675397070.0425216797905-0.6641887695990.01017935786680.1293136316660.2052081489040.084561986328-0.5731411746810.190714081272-0.2763646528830.533998371638-0.06950586249860.2411768451730.498522885483-0.06927695852420.9970794342108.190548084101.85675341539.9050852615
44.24163057021-0.518947254870.2569478056695.42415770159-1.21561126083.27412668907-0.281956475456-0.5214318284670.0041887895588-0.396934932684-0.365697326654-0.3187820627380.09187052280260.0279082660120.627069839510.3948986651510.1321778673170.2227834688090.3294185712150.05286043947081.3863006289696.623240376662.231734727915.0125777983
54.61057814673-0.9113346934782.389172462650.68745923241.185673580416.742991858010.252967460764-0.117384591143-1.736282311180.111271539780.0384769716538-0.07317782591451.9402233103-0.11492239967-0.2796718586180.6011205528090.05494386577580.002222830101290.3898869261580.06245655227911.57729013847100.38299621451.93902069216.4643534972
61.84068264614-1.227192710270.9560921593053.72579176222-1.086711975186.589296736820.0940079327460.206833081149-0.3017013966430.0643081883623-0.407585043208-0.682441256161.033012536211.085860887290.2736528601370.490667836990.281889032105-0.03594054330440.3596615721090.01080681732231.48315499874101.45803206755.603796149918.1127551549
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 598 through 737 )AA598 - 7371 - 140
22chain 'A' and (resid 738 through 812 )AA738 - 812141 - 215
33chain 'A' and (resid 813 through 901 )AA813 - 901216 - 298
44chain 'B' and (resid 124 through 141 )BB124 - 1411 - 18
55chain 'B' and (resid 142 through 173 )BB142 - 17319 - 50
66chain 'B' and (resid 174 through 192 )BB174 - 19251 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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