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- PDB-7mrn: Mouse CNTN5 APP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mrn
タイトルMouse CNTN5 APP complex
要素
  • Contactin-5
  • N-APP
キーワードCELL ADHESION / Ig superfamily / amyloid precursor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ECM proteoglycans / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation ...Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / ECM proteoglycans / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / TRAF6 mediated NF-kB activation / Lysosome Vesicle Biogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / presynapse assembly / Platelet degranulation / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of presynapse assembly / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / microglia development / regulation of synapse structure or activity / synaptic assembly at neuromuscular junction / axo-dendritic transport / axon midline choice point recognition / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / astrocyte activation involved in immune response / mating behavior / regulation of spontaneous synaptic transmission / ciliary rootlet / Golgi-associated vesicle / PTB domain binding / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / nuclear envelope lumen / intracellular vesicle / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / suckling behavior / signaling receptor activator activity / dendrite development / modulation of excitatory postsynaptic potential / presynaptic active zone / neuromuscular process controlling balance / negative regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of multicellular organism growth / transition metal ion binding / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of neuron differentiation / spindle midzone / positive regulation of T cell migration / smooth endoplasmic reticulum / forebrain development / side of membrane / positive regulation of chemokine production / clathrin-coated pit / Notch signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / extracellular matrix organization / neuron projection maintenance / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of mitotic cell cycle / cholesterol metabolic process / axonogenesis / positive regulation of calcium-mediated signaling / dendritic shaft / adult locomotory behavior / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / GABA-ergic synapse / locomotory behavior / positive regulation of JNK cascade / sensory perception of sound / microglial cell activation / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / neuromuscular junction / visual learning / recycling endosome / memory / positive regulation of interleukin-6 production / long-term synaptic potentiation / cognition / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / endocytosis / neuron differentiation / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of tumor necrosis factor production / apical part of cell / synaptic vesicle / cell-cell junction / mitotic cell cycle / regulation of translation / heparin binding / presynaptic membrane / regulation of gene expression / growth cone
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid-beta precursor protein / Contactin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bouyain, S. / Karuppan, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R15NS108371-01 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface.
著者: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contactin-5
C: N-APP
B: Contactin-5
D: N-APP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2524
ポリマ－106,2524
非ポリマー00
水00
1
A: Contactin-5
C: N-APP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1262
ポリマ－53,1262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Contactin-5
D: N-APP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1262
ポリマ－53,1262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.010, 137.010, 385.372
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Contactin-5 / Neural recognition molecule NB-2


分子量: 33395.023 Da / 分子数: 2 / 断片: FN1-FN3 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cntn5 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68500
#2: タンパク質 N-APP


分子量: 19730.727 Da / 分子数: 2 / 断片: E1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: App / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12023
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM Na-citrate pH 5.5, 10% Isopropanol, 25% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→74.79 Å / Num. obs: 17993 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 114.08 Å2 / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.073 / Rrim(I) all: 0.229 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.83 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.323 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4233 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.444 / Rrim(I) all: 1.396 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KTM, 5E52

3ktm

5e52


解像度: 3.5→64.64 Å / SU ML: 0.4177 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6588
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 1799 10 %
Rwork0.2433 16183 -
obs0.248 17982 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 136.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→64.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 0 0 6326
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00196477
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4888806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0435988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00351126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.46452336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.590.32631370.30621234X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.70.39541350.27621219X-RAY DIFFRACTION100
3.7-3.820.34821360.27861222X-RAY DIFFRACTION99.93
3.82-3.960.32731370.26911230X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.110.30651350.26461219X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.30.26011390.22631243X-RAY DIFFRACTION100
4.3-4.530.2571360.2121229X-RAY DIFFRACTION99.93
4.53-4.810.25091380.20451241X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.180.2361380.18621242X-RAY DIFFRACTION100
5.19-5.710.23641380.19911241X-RAY DIFFRACTION100
5.71-6.530.29511400.24751263X-RAY DIFFRACTION100
6.53-8.220.3331410.23931264X-RAY DIFFRACTION100
8.23-64.640.29631490.27871336X-RAY DIFFRACTION99.46
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.350301881480.8514445772020.4052676099069.09118470329-2.377973488533.79246066176-0.190941886816-0.287295519596-0.09866444569610.06350362193950.4550415246151.119109820850.00417251155433-0.222852701701-0.1816185517190.760029523680.05577380790860.02769100020440.6042416031190.09089404507110.78856443181-26.988607102363.9859677867-47.2864674118
21.79191031633-2.040109786020.3314412157077.934091174253.763681894084.450374654580.3802811076170.2389263646650.244988351881-0.315122370517-0.2927835811740.185069677475-0.3822464594610.138949098647-0.1002018877880.7981706341260.03977711693542.62322109086E-50.4906267373670.1118601445920.700251917697-8.5313222375935.0918705138-53.8170290307
32.266842163560.228258813155-2.84937811547-0.779197111492-0.432031881513.32597403627-0.3123325837360.097590760364-0.536427722048-0.169822600680.422560776904-0.1513206690661.442993757260.357905154144-0.09171571515971.137843125360.1551127961630.06226221578520.758202647277-0.007314141027480.821816204919-4.2712355721225.0469248987-60.7643204887
49.57856653256-2.12888482137-1.363787188139.06300327937-1.378174424734.154317347840.2581489477660.582324343083-0.172157808468-0.352703490587-0.2927486642760.603621944016-0.07981731111480.329767386881-0.05408831370221.106003704630.434967239694-0.1391535007620.815359606384-0.1447943624070.555643024487.1787152878625.832606209-92.3205372876
51.20962671962-2.316964242491.793114812036.531899177431.907941765852.07326612149-2.907375609111.41094378939-4.29574714558-0.984063392094-2.49477964972-2.89245023582-0.765167307392.952118340060.3326171414781.398775936560.1049556898550.6860730015391.65448189178-0.896901126654.7877065193724.067132864319.8320740066-45.2551388044
60.756036325247-1.460545372980.6630593680033.561582042850.09052244987084.705797124830.656300673245-1.826500962031.82751457447-0.627738879642.333652277-4.683005550681.277474554212.58265064962-1.572373169580.8899204777210.272768091914-0.02214015747632.32164900577-0.7315245250962.8652878602922.79690704730.1204918949-43.7554767101
77.468404925280.07567067985483.72940398755.47459385521-2.323840715783.87431526575-0.421323267986-0.962813837807-0.784321634745-0.7588191892760.8766075130320.203435504152.03943368938-0.29512187122-0.5406891727732.124194120910.334870563626-0.2574501459671.10717872430.06246624611611.4708317823318.231721220819.1324267471-38.0358642753
83.141708372960.623798531684-2.846455042153.245289417143.295670744238.02833478974-1.15394173670.0969566664897-0.332552751206-2.1175379020.1823677551650.802846615689-0.1608215447710.220459470271.152494442981.330769478850.082433419737-0.01037650556770.8418446914790.1449185444950.984721032215-1.3086760445525.4596095734-46.0878118205
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158.19037744292-1.52302328731.809387219177.33298298771-0.0506657823939.075205512640.0254997772005-1.186218088860.05886839733990.09714710449870.6949452162720.9983756949620.324336845035-1.54355168663-0.6373053208650.900130742254-0.02983921407420.06477962553711.147223455050.3914957820620.957619933321-28.489752340347.6207810311-27.1658404139
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 670 through 763 )AA670 - 7631 - 89
22chain 'A' and (resid 764 through 831 )AA764 - 83190 - 157
33chain 'A' and (resid 832 through 881 )AA832 - 881158 - 207
44chain 'A' and (resid 882 through 968 )AA882 - 968208 - 285
55chain 'C' and (resid 32 through 57 )CB32 - 571 - 20
66chain 'C' and (resid 58 through 87 )CB58 - 8721 - 44
77chain 'C' and (resid 88 through 119 )CB88 - 11945 - 61
88chain 'C' and (resid 120 through 133 )CB120 - 13362 - 75
99chain 'C' and (resid 134 through 189 )CB134 - 18976 - 131
1010chain 'B' and (resid 669 through 762 )BC669 - 7621 - 83
1111chain 'B' and (resid 763 through 814 )BC763 - 81484 - 135
1212chain 'B' and (resid 815 through 881 )BC815 - 881136 - 197
1313chain 'B' and (resid 882 through 969 )BC882 - 969198 - 267
1414chain 'D' and (resid 30 through 109 )DD30 - 1091 - 48
1515chain 'D' and (resid 110 through 188 )DD110 - 18849 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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