PDB-7mrk: Chicken CNTN4 APP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7mrk

タイトル

Chicken CNTN4 APP complex

要素

Amyloid-beta A4 protein
Contactin-4

キーワード

CELL ADHESION / Ig superfamily / amyloid precursor protein

機能・相同性

機能・相同性情報

Golgi-associated vesicle / transition metal ion binding / axon guidance / serine-type endopeptidase inhibitor activity / heparin binding / neuron projection / cell adhesion / apoptotic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus ...
類似検索 - 分子機能

Basigin-like / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Bouyain, S. / Karuppan, S.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface.
著者: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S.

履歴

登録	2021年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7mrk.cif.gz	415.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7mrk.ent.gz	281.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7mrk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/7mrk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7mqyC 7mrmC 7mrnC 7mroC 7mrqC 7mrsC 3ktmS 5e4sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hsz-d 6gbh-2 6krz-1 6gbh-1 6gbg-d 1fgk-d 6jbz-d 2yg8-d 4f64-d 1fgi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (30) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (30) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (3) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (2) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (30)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (30)
#46 - 2003年10月
トリプシン (Trypsin)
類似性 (7)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (3)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (2)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (7)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Amyloid-beta A4 protein

B: Contactin-4

C: Amyloid-beta A4 protein

D: Contactin-4

ヘテロ分子

108 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amyloid-beta A4 protein

B: Contactin-4

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Amyloid-beta A4 protein

D: Contactin-4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.450, 65.510, 158.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.919, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121
Space group name Hall	C2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

#1: タンパク質	Amyloid-beta A4 protein 分子量: 20582.480 Da / 分子数: 2 / 断片: E1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DGJ7
#2: タンパク質	Contactin-4 / CNTN4 分子量: 33558.238 Da / 分子数: 2 / 断片: domains FN1-FN3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CNTN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1P3U6
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 150 mM (NH4)2SO4, 50 mM Na-cacodylate pH 6.5, 30% (v/v) PEG 550 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→64.14 Å / Num. obs: 82428 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 35.78 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.772 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4511 / CC_1/2: 0.805 / R_pim(I) all: 0.326 / R_rim(I) all: 0.839 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KTM, 5E4S

3ktm

5e4s

解像度: 2.05→32.41 Å / SU ML: 0.2393 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.7305
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2248	1938	2.42 %
R_work	0.1834	78072	-
obs	0.1844	80010	96.74 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→32.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6322	0	7	508	6837

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0031	6493
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5905	8853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0483	979
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2585	2367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1	0.3233	126	0.2545	5186	X-RAY DIFFRACTION	90.99
2.1-2.16	0.2421	131	0.2228	5319	X-RAY DIFFRACTION	92.94
2.16-2.22	0.2415	132	0.2062	5389	X-RAY DIFFRACTION	94.02
2.22-2.29	0.243	150	0.2033	5400	X-RAY DIFFRACTION	94.63
2.29-2.38	0.2253	119	0.1969	5564	X-RAY DIFFRACTION	96.24
2.38-2.47	0.2597	137	0.205	5513	X-RAY DIFFRACTION	96.47
2.47-2.58	0.2512	149	0.2083	5586	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.58-2.72	0.244	138	0.2132	5660	X-RAY DIFFRACTION	98.29
2.72-2.89	0.2481	141	0.2135	5663	X-RAY DIFFRACTION	98.72
2.89-3.11	0.2564	141	0.2063	5778	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.11-3.42	0.2337	145	0.1881	5745	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.42-3.92	0.2295	145	0.1701	5753	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.92-4.94	0.1896	144	0.1455	5819	X-RAY DIFFRACTION	99.62
4.94-32.41	0.1865	140	0.166	5697	X-RAY DIFFRACTION	95.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.01375134696	4.0323751577	2.72408779196	2.94092332214	0.939584976917	2.35060984815	-0.435551790275	0.0540059774758	0.430031087945	-0.309911033404	0.430627646039	0.666361278428	-0.664026211278	-0.288794911632	-0.0877546319888	0.501780753047	0.0813094731997	-0.000429920659493	0.3575452758	-0.00619331792692	0.451214746508	13.8350629894	85.7932961279	56.8389484253
2	5.89300803222	0.449308904367	-1.43309460924	9.02388625593	-0.256393353806	5.56073445932	-0.29594689445	-0.464404582359	0.893895484342	0.221480037004	0.380803517353	0.59714283335	-0.993984343741	-0.431153485269	-0.059156612101	0.5317598832	0.0297243290838	-0.0411118980694	0.31426228249	-0.111781660212	0.520914316521	16.1866614785	89.2022160167	60.2417183292
3	2.79636029375	2.02665077185	2.57588985529	2.9126487315	3.21077801418	3.70218702677	0.0229307820518	0.327121127611	1.12657653055	-0.88667984224	0.218235239681	-0.073853515527	-1.20560716464	0.765256051646	0.00270279572574	0.653351855712	-0.0522282403692	-0.0086321401276	0.359688301349	-0.0469375181539	0.480575501819	23.3989475309	88.2718631779	52.315951335
4	3.43231581422	0.815189368359	0.248731173192	5.79779069647	0.716135429806	2.49659001625	-0.141017503518	-0.221763344205	0.119215816009	0.0875195464294	0.119788489679	-0.0997982962507	-0.427439197849	0.0877292312755	-0.0198114687215	0.389337388108	-0.0253340176517	0.0504461112639	0.327099148738	-0.104586458928	0.327974180268	21.2990249671	80.7349287043	57.6103923605
5	5.56744154961	-0.158690173832	0.282496884111	2.15297392269	-0.259016756584	6.94849003186	-0.172396344599	0.315473056507	2.07435924086	1.14943400518	-0.51751135735	1.83795464136	-1.69045219522	-0.708270145793	-0.20938261561	0.769377240312	0.133363909742	0.0339101644187	0.720811627186	-0.149968968227	1.09212433984	5.99185012457	93.5413674473	60.5564861356
6	2.23745761332	0.0585562635856	-0.0414433754122	4.98996593122	0.00281709436074	5.09483730825	-0.101335908642	-0.542470150784	1.08303275932	-0.0505216479851	0.191927303276	0.456999711761	-0.480324793177	-0.253240363277	-0.0208315941535	0.364301654765	0.0292287944251	0.00218504691903	0.267077860052	-0.067054064591	0.351539564707	16.4136114689	79.76128012	56.1270251478
7	3.73677799758	3.92745994382	-2.04543258595	4.25380891922	-2.74339248553	6.01828632228	-0.265374860706	-0.710511788014	-0.427285638918	-0.344907512548	-0.0555290214484	-0.743959356781	0.38517260107	0.609930181537	0.15488556744	0.335950657055	0.019553303152	0.0335818532191	0.362488563952	-0.0864146295368	0.347131585447	25.176432583	63.6045003712	59.6644447856
8	2.80497359569	-2.20117376542	0.494857977884	6.09746955411	-3.23374250083	8.63200915872	0.230770886388	0.623004141543	-0.156650717035	-1.0132397734	-0.448343805736	-0.278867998717	0.274182716611	0.438200140475	0.263471715884	0.406759586412	0.0362076453612	-0.00683620408187	0.470594656143	-0.149798701475	0.289559166976	26.6681021473	63.489202687	45.2801200713
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10	3.4089694932	1.31939909847	0.443935485001	8.03866054009	-0.852929100934	3.9921782443	0.243777218353	0.0672670238575	-0.329426760741	0.114731646035	-0.157205853226	0.338223510854	0.0691821708677	-0.0232423103814	-0.120289932864	0.219377610333	-0.00505975406849	-0.0111211017917	0.272853746502	-0.115445507082	0.24518875523	21.50772314	64.7488864306	51.1851316554
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27	6.1661528948	-1.34747502718	-3.07531911791	1.48140106279	1.59901411479	6.15092058001	-0.0575265349523	0.436096727563	0.0609503341985	-0.303557229885	-0.292596653639	0.397399500093	-0.344120101197	-0.197727870434	0.31088476763	0.51966347725	0.0453836289526	0.0380953325447	0.335824134513	0.0865866749481	0.370731744611	77.4236395249	31.0563953868	99.1037057313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 76 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 77 through 94 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 95 through 109 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 110 through 119 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 120 through 133 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 134 through 146 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 147 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 162 through 189 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 595 through 658 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 659 through 698 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 699 through 759 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 760 through 798 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 30 through 54 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 55 through 76 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 77 through 109 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 110 through 119 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 120 through 133 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 134 through 146 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 147 through 161 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 162 through 189 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 596 through 688 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 689 through 708 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 709 through 781 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 782 through 809 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 810 through 900 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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