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- PDB-6cko: Crystal structure of an AF10 fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6cko
タイトルCrystal structure of an AF10 fragment
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
  • Protein AF-10
キーワードDNA BINDING PROTEIN/TRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN-TRANSFERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / intestinal epithelial structure maintenance / canonical Wnt signaling pathway / nucleosome binding / DNA damage checkpoint signaling / histone binding / methylation / DNA repair ...[histone H3]-lysine79 N-trimethyltransferase / histone H3K79 methyltransferase activity / histone H3K79 trimethyltransferase activity / intestinal epithelial structure maintenance / canonical Wnt signaling pathway / nucleosome binding / DNA damage checkpoint signaling / histone binding / methylation / DNA repair / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain ...: / : / : / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 domain / Histone H3-K79 methyltransferase / Histone methylation protein DOT1 / Histone-lysine N-methyltransferase DOT1 (EC 2.1.1.43) domain profile. / : / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / Protein AF-10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, H. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2018
タイトル: Structural and functional analysis of the DOT1L-AF10 complex reveals mechanistic insights into MLL-AF10-associated leukemogenesis.
著者: Zhang, H. / Zhou, B. / Qin, S. / Xu, J. / Harding, R. / Tempel, W. / Nayak, V. / Li, Y. / Loppnau, P. / Dou, Y. / Min, J.
履歴
登録2018年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-10
B: Protein AF-10
C: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
D: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,85436
ポリマ－29,3314
非ポリマー52332
水48627
1
A: Protein AF-10
C: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子

A: Protein AF-10
C: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子

B: Protein AF-10
D: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子

B: Protein AF-10
D: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,70972
ポリマ－58,6628
非ポリマー1,04764
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
crystal symmetry operation8_457x-1/2,-y+1/2,-z+21
Buried area14870 Å2
ΔGint-493 kcal/mol
Surface area30160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.701, 122.558, 65.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-10 / ALL1-fused gene from chromosome 10 protein


分子量: 8744.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT10, AF10 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE3 / 参照: UniProt: P55197
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific / Histone H3-K79 methyltransferase


分子量: 5920.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: dot1l / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1Q4W7, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物...
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 24 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % / Mosaicity: 0.19 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→44.72 Å / Num. obs: 28326 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 206554 / Scaling rejects: 0
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.372 / Num. unique obs: 1780 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.592 / Rrim(I) all: 1.5 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
Aimless0.5.31データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→44.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.097 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: SAD phasing with shelxd/e.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 1361 4.9 %
Rwork0.2082 --
obs0.2095 26663 99.97 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.83 Å2 / Biso mean: 43.911 Å2 / Biso min: 15.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----1.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→44.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1783 0 32 27 1842
Biso mean--42.39 42.34 -
残基数----233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0191839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4671.9862455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98733832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3255233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.6752685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.21115353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2161512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.292.45930
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2842.446929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.033.6531157
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 108 -
Rwork0.287 1946 -
all-2054 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.57675.0587-0.405110.1013-3.06094.82470.0002-0.1136-0.0751-0.4352-0.07110.08660.3659-0.10570.07090.3782-0.03330.06790.28550.03010.254526.29330.23547.23
213.2354-5.45752.06547.69110.93541.24240.1217-0.5457-0.25040.32050.1127-0.1529-0.2964-0.0419-0.23430.6897-0.0664-0.01510.33950.06610.350286.3936.51181.441
311.45727.18521.33985.92051.11840.90220.054-0.1761-0.3260.0358-0.0479-0.0450.1201-0.1212-0.00610.1755-0.01950.02560.09220.00090.033636.49246.53255.952
49.442-7.03437.28015.6621-5.37485.64710.006-0.04530.07050.2056-0.0112-0.31340.0280.03160.00510.2730.0643-0.08040.23690.00780.187578.34843.31263.303
54.99044.1805-0.37755.7116-0.69051.1895-0.0484-0.1621-0.13550.06710.0136-0.1655-0.0032-0.03120.03470.1226-0.00950.02340.0886-0.03220.022340.5654.6560.914
63.8826-5.47972.43069.8888-4.41262.2183-0.05480.00940.2240.2319-0.0905-0.396-0.07240.09810.14530.19490.0242-0.04060.18070.02570.128277.57346.13255.648
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A730 - 750
2X-RAY DIFFRACTION2B730 - 750
3X-RAY DIFFRACTION3A751 - 795
4X-RAY DIFFRACTION4B751 - 795
5X-RAY DIFFRACTION5C559 - 608
6X-RAY DIFFRACTION6D559 - 608

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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