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- PDB-7mqy: Zebrafish CNTN4 APLP2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mqy
タイトルZebrafish CNTN4 APLP2 complex
要素Fusion protein of CNTN4 and APLP2
キーワードCELL ADHESION / Ig superfamily / amyloid precursor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion mediator activity / transition metal ion binding / side of membrane / endomembrane system / axonogenesis / axon guidance / central nervous system development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell-cell adhesion / heparin binding ...cell-cell adhesion mediator activity / transition metal ion binding / side of membrane / endomembrane system / axonogenesis / axon guidance / central nervous system development / serine-type endopeptidase inhibitor activity / cell-cell adhesion / heparin binding / axon / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar Binding Protein, Amyloid A4 Protein; Chain A / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus ...Sugar Binding Protein, Amyloid A4 Protein; Chain A / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / PH-like domain superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Amyloid beta (A4) precursor-like protein 2 / Contactin-4 precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Bouyain, S. / Karuppan, S.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R15NS108371-01 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Members of the vertebrate contactin and amyloid precursor protein families interact through a conserved interface.
著者: Karuppan, S.J. / Vogt, A. / Fischer, Z. / Ladutska, A. / Swiastyn, J. / McGraw, H.F. / Bouyain, S.
履歴
登録2021年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of CNTN4 and APLP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7211
ポリマ－43,7211
非ポリマー00
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.660, 44.980, 99.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: 抗体 Fusion protein of CNTN4 and APLP2 / Contactin-4 / Amyloid beta (A4) precursor-like protein 2 / Zgc:153573 / Aplp2 protein


分子量: 43721.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cntn4, zgc:153573, aplp2 / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08C52, UniProt: A2BID8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM Na-acetate pH 5.2, 30% (w/v) PEG 8,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→99.31 Å / Num. obs: 20199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 41.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2266 / CC1/2: 0.909 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 0.646 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E4S, 3KTM

5e4s

3ktm


解像度: 2.46→49.96 Å / SU ML: 0.3052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.6289
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2209 1959 9.92 %
Rwork0.1891 17780 -
obs0.1923 19739 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→49.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2825 0 0 120 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042921
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67633983
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475434
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047517
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.98061073
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.46-2.520.33821290.25791152X-RAY DIFFRACTION91.24
2.52-2.590.31311320.24681213X-RAY DIFFRACTION93.99
2.59-2.660.23771390.23371253X-RAY DIFFRACTION95.54
2.66-2.750.29221340.23541216X-RAY DIFFRACTION96.5
2.75-2.850.28141410.22871262X-RAY DIFFRACTION97.3
2.85-2.960.31111370.22691248X-RAY DIFFRACTION97.12
2.96-3.10.25931400.23321267X-RAY DIFFRACTION98.53
3.1-3.260.23611400.20731290X-RAY DIFFRACTION99.37
3.26-3.470.19521420.19571293X-RAY DIFFRACTION99.45
3.47-3.730.21951430.18971301X-RAY DIFFRACTION99.72
3.73-4.110.19451440.1761298X-RAY DIFFRACTION99.79
4.11-4.70.18371420.15271287X-RAY DIFFRACTION100
4.7-5.920.1881460.15481333X-RAY DIFFRACTION100
5.92-49.960.19531500.1671367X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14305726569-0.1063837048271.266656797580.5360039163340.002031376565054.28425543591-0.1299749247130.3674694754730.0875313214580.09036100903230.127398758377-0.0611386308208-0.4851963515471.4074523198-0.004904470214440.817787146946-0.177111389302-0.006063009778431.031972004110.06200032087860.35428659266843.90413661720.7153595452103.463669437
23.756377604860.4514308800950.971722660295.98076367686-1.147309393264.895347615230.094833291486-0.4667532508820.3695561243990.348437045947-0.3211453169440.542910282821-0.374606582535-0.5758343013810.193336697670.2337443075270.00884967268380.04656752268360.377527487939-0.1086366366350.36429319849133.741808667231.481009338365.5743865698
33.581927701190.317429228319-0.2797547194933.907937285510.9509109815184.3406473086-0.08268166993230.4826863904020.0420765474111-0.3315953257790.1613134426680.136138042829-0.0297384116039-0.0499946044449-0.06444700595720.237364300135-0.02239397428130.01320955578560.152269690160.01611564336820.33236796824153.115780768119.250127985839.747740081
45.030387254641.351541895060.06001974930344.03787433605-0.07200423830492.703896119080.172185322523-0.806303354707-1.002540575910.0829371355395-0.147500021744-0.007649738533910.460364822571-0.324870096377-0.01777367454470.292087899144-0.0538842693339-0.008530896866330.2912209093560.1297590433690.35184178309738.793364708614.511732319959.947773692
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 598 through 702 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 703 through 801 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1036 through 1126 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1127 through 1199 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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