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万見
- PDB-7mk7: Augmentor domain of augmentor-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mk7
タイトルAugmentor domain of augmentor-beta
要素ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein
キーワードCYTOKINE / cell signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ERK5 cascade / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by LTK / Signaling by ALK / carbohydrate transmembrane transporter activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding ...positive regulation of ERK5 cascade / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by LTK / Signaling by ALK / carbohydrate transmembrane transporter activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cytokine activity / positive regulation of neuron projection development / receptor tyrosine kinase binding / periplasmic space / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ALK and LTK ligand 1/2 / ALK and LTK ligand 1/2 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltodextrin-binding protein / ALK and LTK ligand 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42815184462 Å
データ登録者Krimmer, S.G. / Reshetnyak, A.V. / Puleo, D.E. / Schlessinger, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis for ligand reception by anaplastic lymphoma kinase.
著者: Li, T. / Stayrook, S.E. / Tsutsui, Y. / Zhang, J. / Wang, Y. / Li, H. / Proffitt, A. / Krimmer, S.G. / Ahmed, M. / Belliveau, O. / Walker, I.X. / Mudumbi, K.C. / Suzuki, Y. / Lax, I. / ...著者: Li, T. / Stayrook, S.E. / Tsutsui, Y. / Zhang, J. / Wang, Y. / Li, H. / Proffitt, A. / Krimmer, S.G. / Ahmed, M. / Belliveau, O. / Walker, I.X. / Mudumbi, K.C. / Suzuki, Y. / Lax, I. / Alvarado, D. / Lemmon, M.A. / Schlessinger, J. / Klein, D.E.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein
B: ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9264
ポリマ－93,2422
非ポリマー6852
水25214
1
A: ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9632
ポリマ－46,6211
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9632
ポリマ－46,6211
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.569, 56.775, 94.408
Angle α, β, γ (deg.)75.598, 77.348, 61.785
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

-
要素

#1: タンパク質 ALK and LTK ligand 1,Maltodextrin-binding protein / Augmentor beta / AUG-beta / Protein FAM150A


分子量: 46620.910 Da / 分子数: 2
変異: D108A, K109A, E198A, N199A, A241H, K245H, K265A, A338V, I343V
由来タイプ: 組換発現
詳細: Augmentor beta residues 60-129 followed by C-terminal MBP tag
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ALKAL1, malE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UXT8, UniProt: A0A2Y0TBT9
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.87 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 4.9, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.428→50 Å / Num. obs: 33843 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 58.3076599347 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.131 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 2.428→2.57 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 5220 / CC1/2: 0.806 / Rsym value: 1.017 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ANF

1anf


解像度: 2.42815184462→46.8693459097 Å / SU ML: 0.443242208387 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91362251049 / 位相誤差: 33.5049052651
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272785621752 1688 5.00459545198 %
Rwork0.214388970917 32041 -
obs0.21730694854 33729 94.7763290997 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.8147726441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42815184462→46.8693459097 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5381 0 46 14 5441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004929201102315587
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7465644770477689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474023497872897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00480810271838982
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.73286291033248
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4282-2.49960.5096436492931270.4215333553272394X-RAY DIFFRACTION85.0252951096
2.4996-2.58030.3356467584381430.3185073831572723X-RAY DIFFRACTION96.1099932931
2.5803-2.67250.3549428582761410.2918518424852671X-RAY DIFFRACTION95.9072305593
2.6725-2.77950.3112663030821430.2766313004512712X-RAY DIFFRACTION95.9986550101
2.7795-2.9060.3209696746421400.2725854575992665X-RAY DIFFRACTION95.8319098053
2.906-3.05910.3354692284881450.2724103479612751X-RAY DIFFRACTION96.6622162884
3.0591-3.25080.327447055791440.2593785212542724X-RAY DIFFRACTION96.4033613445
3.2508-3.50170.2813866397321420.2231857376662693X-RAY DIFFRACTION95.2620967742
3.5017-3.85390.2278815404551370.1947531533092626X-RAY DIFFRACTION93.6610169492
3.8539-4.41120.2387272881231440.1804981796752731X-RAY DIFFRACTION96.5413028878
4.4112-5.55620.2511905619561380.1788736313582636X-RAY DIFFRACTION93.7795807978
5.5562-46.8690.2458788359571440.1859513795592715X-RAY DIFFRACTION96.1654894046
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1107167435-2.20249332672-1.923702748187.224771878895.168811004053.97344449440.13193304947-0.06751558491880.242697883796-0.5423194797860.321423765109-0.6133704906460.08378130384760.153157134611-0.4372114933150.537328225920.03833696227650.02251403935940.418320212080.163204913490.75244339767857.650083775774.9469941033106.551601419
22.55528626186-1.49703233794-0.5449840945043.372847590910.2759497587241.76564874855-0.323314868048-0.1410536177070.1814898862180.4627726225710.323493598267-0.258862237435-0.0686999590212-0.03070304475160.01377099893250.4199422224530.120233960991-0.05454912616070.3612929369920.1674395297620.62923787675242.6199339341101.553427694126.661765008
30.1551901016510.09793463342450.2806312811268.23167012116.53524026625.6614866372-0.1090238748960.0106747267624-0.0203330482807-0.2553268748050.744321675109-0.778329205672-0.1892870091230.476738213828-0.65516757990.439368420795-0.04397406901450.08201127204890.4574910956450.1385858553020.76844174884162.640334311253.929653691788.4232710193
42.369323227721.29935245729-0.4258173854852.77819176835-0.4214308188211.88753452141-0.4016405458830.15856355502-0.168225279422-0.7842654809820.375990628251-0.224052170815-0.01176189414730.03995938554510.00160570232520.69938791292-0.1712983303990.09989238495280.3971630447110.1238516987250.63618602517448.840540073120.238428394668.2758511754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 83 through 166 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 167 through 475 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 85 through 140 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 141 through 475 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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